由于慈禧发布了对维新党的逮捕令，康有为逃到天津后坐船南下，慈禧派兵舰追击，走到半道上兵舰没油了，又开回天津，后来才得知这位舰长刘冠雄（后来的民国第一任海军总长）是故意放走他的，因为刘赞成变法。康有为到上海吴淞口后差点被抓，多亏英国领事馆搭救，幸免于难。
梁启超逃到日本使馆，日本使馆不敢收留，伊藤博文说：“救他吧，而且让他逃到日本去吧，到了日本我帮助他，梁启超这青年对于中国是珍贵的灵魂呀！”
梁启超由于得到伊藤博文保护的许诺，打算带谭嗣同一起走，谭嗣同说：“你能逃出虎口我就放心了，愿你将维新大业推行到底，使我中华以崭新的雄姿屹立于世界民族之林，四万万炎黄子孙将永远铭记你们的功德！”
“那你呢？”
“事已至此，我唯有一死殉国。”
梁启超一惊：“怎么在这里等死？不，快收拾一下，你我同去日本，以待东山再起。”
“不，我意已决，”谭嗣同紧握住梁启超的双手，深情地说，“贤弟雄才大略，出走是应该的，没有行者何以图将来？而我则不同，我受皇恩，入主军机，重任在肩，自当负责到底，岂能临难苟免？唯有一死以报国家。快走吧，今日就是诀别，愿君多多保重。”说着两行热泪淌下。
梁启超大为感动：“不，复生（谭嗣同字复生），你不能留下，你比我们都强，你正值壮年，为了中华民族的将来，决不能让你牺牲。”
谭嗣同说：“卓如（梁启超字卓如），你很清楚，外国变法没有不流血的，我国变法不成就因为没有流过血，我谭嗣同愿作为变法流血第一人。卓如，多保重！”
梁启超满面泪痕，紧紧地抱住视死如归的谭嗣同，随后急转奔出。
几天内，维新党谭嗣同、林旭、杨深秀、刘光第、康广仁、杨锐先后被捕。他们被称为“戊戌六君子”。最冤的是杨深秀，别人都是维新党，他不是，他在政变那天顶风上奏诘问光绪被废的原因，结果挂了。“六君子”在狱中志气最高的就是谭嗣同，谭嗣同在监狱内赋诗：“望门投止怜张俭，直谏陈书恨杜根（杜根和张俭都因弹劾当朝奸佞而被害）。手掷欧刀仰天笑，留将功罪后人论。”结果此诗被梁启超改成：“望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。”这样一来意思就变了，谭嗣同的诗中反映了自己意识到因变法中操之过急而导致失败，所以“留将功罪后人论”。而梁启超改后的诗则豪气万丈，毫无反思感，他这么改就是为了让自己今后的维新事业更理直气壮，更好开展。
9月28日，“戊戌六君子”被押到菜市口。监斩官刚毅说：“给他们喝送行酒。”杨锐失魂落魄，哪里喝得下酒。林旭也痛苦地扭过头去，谭嗣同豪爽地说：“来，喝！”林旭见状也把酒接过来，可眼泪却簌簌地流下来：“我辈一死，变法就彻底失败了！”“不，你太悲观了。”谭嗣同昂头挺胸地说，“我辈一死，尸体和鲜血将引起人们的深思，使之觉醒，使之感奋，中国的富强也许就此有望了。来，端起酒杯。”林旭也振奋起来，对杨锐说：“复生说得对，人谁不死，死后扬名也算碧血千秋了。”康有为的弟弟康广仁说：“现在八股已废除，人才将辈出，我辈虽死，中国强矣，若死而中国能强，死亦何妨？”
谭嗣同目光炯炯、气冲霄汉地说：“来，干了这送行酒！”随后谭嗣同被刽子手按着在树墩前跪下。树墩因上面杀人太多，已成了殷紫色，虽让人用刀刮过，但却明显地可以看到一层厚厚的血污。谭嗣同一阵恶心，酒气上翻。他使劲把翻到嗓子眼的酒硬吞回去。威风不可一世的刽子手“刷”地抖掉裹住巨大刀片的红绸子，露出雪白刺眼的刀片。
“待会儿请老哥来个痛快的。”谭嗣同嘴角绽出一丝笑容。刽子手没有说话，反而显得比谭嗣同更紧张，他的手在颤抖。
这时一声号炮响起，刚毅把令箭扔下去：“杨锐勾结康党（康有为一党），图谋叛逆，斩！”杨锐被兵丁逼迫着，颤抖地在纸上画了个圈，随即满脸杀气的刽子手一手提着鬼头刀，一手提着杨锐的衣领，把他拖走。杨锐大哭：“冤枉啊！”
刚毅把令箭一扔：“林旭首创逆谋，颠覆大清，斩！”兵丁把纸笔给林旭，让他画圈。林旭不从，兵丁按着他的手画了个圈，刽子手再次上来，拖走了林旭。
刚毅又把令箭一扔：“谭嗣同大逆不道……”谭嗣同正色道：“不必说了，拿纸笔来。”兵丁吃惊地看了刚毅一眼，然后把纸笔递给谭嗣同，谭嗣同面不改色，画了个圈，此时二声号炮响起，谭嗣同大呼：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！”猛然间第三声号炮响起，刚毅等反倒大惊失色，随着号炮，天空很快被一片阴霾覆盖，午时三刻，却是一片漆黑，刚毅吓得面无人色，万分惊恐地连声喊道：“给我斩！斩！”随着刽子手手起刀落，“六君子”血染尘沙。
然而“六君子”白死了。“六君子”本想以自己的鲜血唤醒国人，但中国人是很难被唤醒的，即便流的是自己的血，流少了，不太疼，不长记性；流多了，就麻木了，更何况流的是别人的血。在“六君子”就义这天围观者上万，他们不关心变法，他们是来看砍头的，他们只知道被杀的是乱臣贼子，至于被杀的人的政治主张，是否应该被杀，他们一概不知。
潘旭澜说：“志士的热血是历史最好的眼药水。”然而这种眼药水对麻木的中国人根本不起作用。许多人都反对谭嗣同最后的做法，鲁迅说：“改革自然免不了流血，但流血并非等于改革，血的应用，好比金钱一般，吝啬固然不行，浪费也太失算，这并非吝惜生命，乃是不肯虚掷生命，因为战士的生命是宝贵的，在战士不多之地，这生命就越宝贵，以血的洪流淹死一个敌人，以同胞的尸体填满一个缺陷，已经是陈腐的话了。从最新战术眼光看，这是多么大的损失。”
李敖说：“在那个时候，我会学梁启超，我会走的，因为梁启超走后他用《新民丛报》发挥那么大力量，最后把坏政府推翻，他不要做烈士，他要做个成功的人，作成功的人应该比作烈士正确。”
“六君子”被杀后，袁世凯被任命为山东巡抚，成为封疆大吏，逐渐成为举足轻重的人物。可是政治上的官运亨通丝毫减少不了他内心的痛苦。他知道光绪最艰难、最危急的时刻是把希望寄托在自己身上的，谭嗣同在最艰难的时刻也是把希望寄托在自己身上的，尽管并不是因为自己的告密才导致“六君子”遇害，但自己毕竟最终还是告密了。一想到光绪被囚禁在瀛台中如笼中之鸟般毫无自由的悲凉局面，一想到“戊戌六君子”在菜市口英勇就义的悲惨情景，他感到无比愧疚。然而，如果就这样沉浸在愧疚和悔恨中难以自拔，那就不是袁世凯了。袁世凯想，事已至此，我怎么办？死去的已经死去，作为生者，只有完成谭嗣同他们未竟的事业，从地方做起，逐步推行变法，走稳健的强国之路，才算对得起死者。由此，袁世凯在山东任上干出了许多利国利民的事，咱们在后面再说。
得到“六君子”被杀的消息时梁启超正在船上。生离死别的关头，谭嗣同大义凛然，劝自己出走，自己却留了下来，等待死亡，这需要多么大的勇气啊！梁启超感到，自己作为生者，与死去的谭嗣同比起来是多么的渺小，想到谭嗣同的音容笑貌，想到谭嗣同的慷慨激昂，想到谭嗣同的激情四溢，梁启超的眼中流出了激动的眼泪……
“戊戌六君子”告别了历史，这是历史上最著名的“六君子”，此前还有四起“六君子”。南宋宁宗时因右丞相赵汝愚受权贵诬陷，杨宏中、周端朝、张道、林仲麟、蒋傅、徐范六人上书抗争，被充军500里，此6人被称为“六君子”。宋理宗时丞相丁大全祸国殃民，陈宜中、黄镛、刘黼、林则祖、曾唯、陈宗上书揭发他的罪行，也被称为“六君子”。明熹宗时魏忠贤乱政，杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章六人因弹劾魏忠贤，被魏杀害。天启六年（1626），魏忠贤继续兴大狱，将周起元、缪昌期、黄尊素、周顺昌、李应升、周宗建逮捕后用酷刑将其杀死。算上袁世凯时期筹办称帝的“六君子”（杨度、严复、刘师培、孙毓筠、李燮和、胡瑛），共6组“六君子”。
“戊戌变法”随着“六君子”之死而彻底失败。许多人说当时光绪没有足够的权力，保守派实力太强，变法必然失败。那么是这样吗？《历史竟可这样读》一书这么说：“从当时的情况看，论天时，危机感笼罩之下，为民族谋出路，得人心，许多士大夫都支持变革，至少慈禧一开始不反对变法，否则，100天都不可能。论地利，至少在湖南有陈宝箴这样坚定的维新派，湖北的张之洞也基本上支持变法，其他地方观望中的封疆大吏假以时日也并非不能跟上来。论人和，皇帝站在了变法中心，一部分大臣，许许多多有科举功名的读书人站到了这边。”确实，变法还是很有希望成功的。然而就是因为维新党求快，操之过急，103天颁布106道诏书，这样变法就如同大换血，在新血还没到位时就把旧血流干了，所以变法必然失败。比如荣禄，并不反对变法，但却被康有为推到了保守派，连此时已故的恭亲王在梁启超笔下都成了守旧派，可见维新党根本不会团结人，不会用好中间力量，导致许多持观望态度的人最终站到了变法的对立面。
黄遵宪说：“几百年积下的毛病，尤其要慢慢来治，这次的失败就是新派人求快两个字的失败。”袁世凯也说：“如果操之过急，必生流弊，且变法主要靠人，必须由明达时务、老成持重如张之洞这样的人来主持，方可成功。新上来的维新党不乏明达勇猛之士，但阅历太浅，办事不缜密，如有疏忽和失误会祸及皇上。”袁世凯的话不幸言中了。英国赫德说：“光绪走的路是对的，但他的顾问康有为等人动作太快，打个比方可以说是狼吞虎咽而不知消化，想要在三个月内吃完三年的粮食，最终必然失败。”总之，维新党输在一个“快”字上。
伊藤博文在戊戌政变时匆忙回国，回国后，作为一个冷静的旁观者，他说：“中国的改革并非不可能，但在那么大的国家里对几乎数千年来继承下来的文化制度、风俗习惯进行有效改革，绝非一朝一夕能办到，要想决议改革，我认为一定要非常强硬的君主及辅弼人物革命似地去彻底改革才行。”