南京国民政府迁渝后，重庆逐步 “中央化”。1938年 8月 1日，行政院国务会议决定，免去重庆市长李宏锟职务，任命蒋志澄为重庆市长。李原为刘湘手下师长，蒋志澄为浙江诸暨人，系宋美龄英美系成员，也是蒋介石派来的亲信。1939年1月30日，国民政府提升重庆为特别市。同年 5月 11日，蒋志澄辞职，国民政府任命贺国光为重庆市长。贺为湖北蒲圻人，1933年 12月19日奉蒋介石命担任国民党军事委员会委员长武汉行营驻川参谋团主任，即日进入重庆。1935年 10月 3日，驻川参谋团改组为国民政府重庆行营，贺任参谋长，代理行营主任。此次出任重庆市长后，国民政府又提升重庆市为行政院直辖市。1939年四川省主席刘湘死后，国民政府派张群继任，遭到地方反对，又改派刘湘手下将领王缵绪出任四川省主席，引起川军七师长联名反对。蒋介石为平息风潮，亲兼四川省主席，派贺国光为秘书长代理省务。贺调成都后， 1939年 12月 5日，国民政府行政院决议吴国桢任重庆市长。1940年 9月 1日，国民政府正式宣布重庆为陪都，10月 1日举行建都庆祝大会。
吴国桢，1903年出生湖北建始。留学美国普林斯顿大学获政治博士学位，曾任大学教授。进入仕途后在外交部武汉交涉公署任特派员、秘书、交际科长，在汉口市任财政局长，出任汉口特别市长等职，颇有政绩。1938年保卫大武汉时，深受蒋介石夫妇重视，延揽至侍从室工作。1938年蒋介石在重庆设最高国防委员会时，派他为政务处长，继而为首任陪都市长。因其受美国教育，憬憧西方民主生活，吴国桢夫妇英语非常流利，常陪同蒋介石夫妇出席国际活动，外国记者评论吴是一颗中国政坛的“希望之星”。 1943年宋子文以行政院副院长兼外交部长作为特使赴美，指定吴以外交次长代理外交部长，因此吴辞去陪都市长职务。宋回国后，吴又出任国民党中宣部长。抗日胜利，继钱大钧出任上海市长。
在市长任内，一套民主作风，与蒋介石法西斯统治相比，所作所为尚能获得一些好评。
1949年初蒋介石被迫作出“总统引退”，上海知名人士以老外交家颜惠庆为首，组织和平代表团至西柏坡中共中央所在地，就国共两党实现和平的可能性进行会谈。毛泽东请他们吃饭时，代表颜惠庆提出上海市长吴国桢是一位十分称职的行政官员，有学识又有能力，共产党把他列为首批战犯，对此表示难以理解。毛笑着说，那丝毫没有关系，傅作义将军也是头等战犯，但他到我们这边来了。你回去告诉吴国桢，让他就呆在那里，既然你们喜欢他，我们让他留在上海当市长。还对周恩来说：“你和吴国桢是同学，由你来负责安排。”在南开中学读书时，周是吴的大哥，吴是小老弟，曾结拜为弟兄，因此周照毛主席的指示争取吴留在大陆，立即指示上海党组织保护吴国桢并敦促其留在岗位上，等待上海解放。遗憾的是吴为报效蒋介石知遇之恩，周的争取努力未能奏效。两人从此天各一方，再未谋面。 1949年 4月，吴出任“台湾省主席”，他认为拯救蒋介石集团，唯一的办法是采用英美式民主政治，这恰恰与老蒋的独裁政治难以并存。后来老蒋对吴摊牌，只要他扶助小蒋，吴可任行政院长（即总理）。这时美国放风，要把吴推到“总统”座上，因此蒋经国一面发动台湾学生搞“反美游行”，一面加害吴国桢。吴在小蒋所制造的一次车祸中，九死一生，一气之下出走美国。小蒋为平台湾内部的不满，指定立法院制造对吴的一套诽谤之言，吴加以反击，造成隔海的舆论大战。台湾作家江南访问吴国桢后写了一本蒋经国的书，揭露了许多鲜为人知的事。小蒋利用台北的帮会在美暗杀江南，恐吓吴国桢。
对于祖国，吴国桢十分怀念。1982年冬，吴的长婿俞益元从大陆带了一张吴与周恩来在南开中学结拜兄弟时的照片。吴见此 67年前之珍贵照片，一时百感交集，回忆亡友之情谊，信笔题词：七十年事，今又目睹；约为兄弟，后为异主；龙腾虎变，风风雨雨，趋途虽殊，旨同匡辅；我志未酬，君化洒土，人生无常，泪断沙埔。
吴对中国大陆进一步研究，对《邓小平文选》认真阅读后，他说：“小平先生想做之事，是扭转乾坤之事，就历史而言能成此种大事者一是要先见得到；二是要后做到……锲而不舍，百折不回，则何事难成之有！不禁为国家为民族企望其早日成功。”
1984年春，应全国政协主席邓颖超和中共中央统战部长杨静仁联合邀请，吴拟于 9月回国参观，并参加新中国成立 35周年庆祝活动。兴奋不已的吴国桢，突然于6月6日病逝美国萨凡寓所，终年 82岁。
贺耀组是继吴国桢之后，第二任陪都市长。贺为湖南宁乡人，与刘少奇、谢觉哉是同乡，感情极好。在上世纪 20年代，中国共产党在湖南闹革命时，他是当地有实力的师长。他同情革命，支持宁乡的工农运动。刘少奇被捕，他联络军政要人，一起保释刘出狱。北伐开始，贺对是否参加举棋不定，后经谢觉哉的开导，才毅然参加北伐，率国民革命独立第二师最早攻入南京。后任军长，并担任首都卫戍司令。蒋介石非常重视他，但又不信任他，利用机会削弱他的军权，使他成为上将文官，先后担任参谋总部次长，驻土耳其大使，国民政府参军长，军委会办公厅主任，还担任过侍从室主任。当时军统实际上是戴笠负责，为了减少人们的攻击，还请贺担任军统名义的局长。贺后又任甘肃省主席，在兰州他又见到了谢觉哉，加上贺的夫人倪斐君思想进步，对中共在兰州的活动多有帮助。国民党甘肃省党部将此情况向重庆告发。
蒋介石接到报告，立即把贺调回重庆。贺是北伐功臣，又是蒋在日本士官校的同学，他的才能一向为蒋敬佩，因吴国桢调走，就派贺继任陪都市长，他在任内做了一件深得民心的事。由于陪都人口增加，电力供应不足，有个中韩餐厅窃电，电力工人前往取缔，该餐厅交际经理田凯持枪杀死电力工人胡世合，引起全市工人的不满，挽联由全市市民、各工厂工人、各校学生送来占满商业中心区。加上舆论沸腾，全市人民十分愤慨，工厂、学校因此停工、停课，致使全市形成瘫痪。凶手田凯是有后台的，即是袍哥义字总社的管事之一，又是警局侦缉队长的盟弟，还在警局挂了一个组长的名义，身背手枪，在重庆是有名恶人，田凯打死工人，警察局长不仅不缉拿凶手归案，反而为他解脱。贺耀组当机立断，找到戴笠，要他限期捉拿凶手，并立即交卫戍总司令部枪毙。同时从优抚恤为工牺牲的工人胡世合，这件事影响面很大，贺能秉公办事，给市民留下很好的印象。
胜利后回到南京，他因反对内战，蒋没有给他实质性的工作，只是国民党中央监察委员和立法院立法委员。在何应钦当上（湖南省参室提供）行政院长后，才请他做个政务委员等闲职。此时，贺暗地组织拥共反蒋的“孙文主义同盟”，于 1949年8月13日在香港参加国民党军政高级人员和立法委员，共 44人通电起义，并在香港《大公报》发表《8？13宣言》，立即得到一批国民党官员的响应，投入拥共反蒋阵营。
同年 11月，中国国民党革命委员会在北京召开国民党民主派代表会议，贺以“孙盟”代表参加，大会通过“孙盟”并入“民革”，贺被选为中央常委。
贺夫妇在北京，毛泽东、周恩来、刘少奇、谢觉哉先后设宴款待。毛泽东说： “贺耀组是我们党的好朋友。”
贺是个有中国文学根底的人，幼时父母给他取名为“耀祖”，参加北伐时他改名为“耀组”，拥共反蒋后又用名“贵严”。由此可见他思想发展的三个历程。
第三任陪都市长张笃伦，湖北安陆人。出身保定军校，与蒋介石在上海都督陈其美总部同过事，但张一直是反对蒋介石的，他曾担任过武汉政府公安局长，受邓演达领导，同时深受董必武、耿丹（中共，为张妹夫）的影响，所以政治态度比较开明。张从 20岁起在国民党军政生涯中闯荡了 30多年，后遇见政学系头子张群，才当上特任官的陪都第三任市长。他想在重庆市实施他的一套“民主政治”，结果遭受国民党 CC与三青团共同围攻，不得不下台。但由于张群的支持，回到湖北当上省主席，此时已是 1948年下半年，刘邓大军大举南下，武汉已是岌岌可危。
当市长期间，他首先支持胡子昂为议长，以后由于二人的配合，重庆在 1946― 1947年的上半年，重庆民主运动蓬勃高涨。那时办一个杂志，要经过国民党、三青团两道关口批准才能出版。著名的民主人士邓初民、马哲民要办周刊，国民党都不批准；后邓初民写了一封信，交给张笃伦批交社会局（三青团的关口），就准予出版。
那时，很多省市是 CC与三青团控制政局，而重庆市则是由政学系主宰。蒋介石手下的三大系―― CC、三青团（复兴社）、政学系，前两个是反共的好战派，只有政学系还有点民主作风，一直主张和谈，反对打内战。
1947年 3月，国民党发动了全面内战。蒋介石在南京主持中央汇报会议，决议把在蒋管区的中共人员，强迫遣送返回延安。当时，主要为南京的梅园中共代表团和重庆中共四川省委（吴玉章公馆）的中共人员最多。按照南京指示，重庆警备司令孙元良为总指挥，派出大批军警包围了三个点。一为省委吴玉章公馆（即现曾家岩50号周公馆）；二为化龙桥红岩村新华日报和 18集团军办事处；三为七星岗新华日报营业部和德兴里采访部。分别包围，划区集中，监守电话，使三个点的通讯联络断绝。
吴老被困在楼上的房里，其他人在楼下也不能见面。吴老大骂反动派，迫使在场的区指挥官不得不接受他的要求，解除楼上下的封锁。吴老同时对监管电话的说，要与市长通话。电话监视是警备司令部稽查处特务队的队长樊敏书，考虑一下替吴老接通了电话。张笃伦在电话中对大发脾气的吴老连声道歉。吴老提出要与红岩村和德兴里的负责同志见面，张与警备司令孙元良商量，果然将红岩村负责人，新华日报经理于刚送来与吴老见面。以后，指挥部安排用汽车把在渝中共人员送回延安，吴老坚决反对。因为坐汽车必得经过胡宗南那一关，恐有麻烦，要求一律用军用飞机直抵延安。张笃伦为吴老要求力争，在渝人员得全部都安全乘机到达延安。
中共四川省委副书记张友渔在回忆文章中说，吴老不仅是我党中央委员，还是曾经与孙中山搞革命的老国民党员，国民党中许多人对吴老都很尊敬。三月五日的撤退，没有受多大损失。张笃伦这样的国民党人是不多的，他确实很尊敬吴老。
张笃伦在湖北省主席的任上，支持“和平运动”反对内战。当时国民党华中的军事长官白崇禧握有大权，既反蒋又反共，张与之格格不入，干不下去了。适张群奉老蒋的旨意，要想巩固西南，作为反共的最后基地，出任“西南长官公署”长官，并成立了一个专管政务的“政务委员会”，自兼主委，派张笃伦为常务委员兼秘书长，实际负责。
张笃伦辞去湖北省主席，到重庆成为西南大区政务领导人。此时大局已定，他对政治已经心灰意冷。表面上他看来不贪污，但夫人沈蔼贞是个找钱的好手，带着大批的美金和家人逃往美国去了。张笃伦在重庆解放前夕，坐上陈纳德的飞机逃至香港。
1958年，张笃伦病死于台湾，只活了64岁。
黔驴技穷的蒋介石，除以台湾为退路外，要以重庆和四川作为在大陆上最后挣扎之地，1948年5月间，派地方军阀王陵基任四川省主席，杨森为陪都第四任市长。
杨森是从贵州省主席调任，乘车由筑抵达海棠溪，前来欢迎他的包括记者在内寥寥数十人。蒋介石起用两个恶名昭著的地方军阀，一是两个军阀在历史上都是著名的反共刽子手，反共方面是坚决的，二是利用川军实力重组部队。果然王陵基在成都打出“四川反共救国军”；杨森在重庆打起“四川反共保民军”扩充部队。部队没有拉出来，学生罢课游行，喊出“反饥饿、反内战、反迫害”，杨森利用《中央日报》制造的《九年不食的杨妹》，还收杨妹为义女，大造舆论以此对抗反饥饿运动。由于爱国学运蓬勃发展，杨森采取暴力镇压。相继杨出任国民党重庆市党部主委，又兼重庆卫戍总司令，发布十杀令，但制止不了人民反蒋情绪。
王陵基的日子也不好过，也在成都镇压爱国学生运动，由川、渝和西康的民意代表在成都召开，提出“王陵基下台”，一时闹得乌烟瘴气，政局混乱一团糟。
蒋介石和代总统李宗仁两个一样走投无路，都跑到重庆来了。李宗仁不愿当傀儡，争权不得，气走香港。一场“九二火灾，烧得人心惶惶。银元券代替法币宣告失败，又出金元券仍然不得人心，老百姓把藏了几十年的银元面市，使中央银行发的通货无法流通，社会秩序十分紊乱，加上民穷财尽，工商凋敝，物价飞涨，重庆人过着一段黑暗的日子，人心期待解放。
国民党要完蛋了，老百姓有一句顺口溜：“灵官幺台，洋参吊命。”这是当时最好的写照，王陵基人称川戏中的王灵官，幺台就是戏演完落幕了！洋参（杨森）吊气，重病垂危，吃点洋参多活几天吧！事实的确如此， 1949年 11月 28日解放军在南温泉炮声隆隆，蒋介石乘军机逃出重庆，杨森从北路逃至成都，一去不复返。
所谓永久陪都也到达了终点。