当东印度公司的工程师威廉兄弟把铁路线修到哈拉巴之前，这里的古城废砖早已被人取走而建成了近代的哈拉巴村。威廉说：“我深信这里就是大石场，有我需要的道碴。”工程队不需什么费用，就用古城砖铺设了93英里的铁轨地基。地下珍贵的文物就这样一天天地从哈拉巴这样的古印度河城址中被破坏消失。
1853 年至 185 6 年，姗姗来迟的印度考古局勘察队造访了哈拉巴及其邻近地区。为首者是亚历山大·坎宁安爵士，他既是一位将军，也是考古学家，时任考古局局长。
在发掘工地上，看到到处是堆积如山的碎砖和方块条地基，考古学家和过路的官方人士都感到索然无味，他们期望能在此找到宏伟的佛教寺院遗址和那些庄严优美的佛像，他们认为这里是著名的佛教朝圣者、中国的唐三藏法师到过并记述过的圣地，他们试图使古代的佛教遗迹重放光华，如果能再从佛塔中找到佛祖的真身舍利子，那才是轰动世界的大发现呢。
从哈拉巴遗址的早期发掘，我们也可以看出19世纪中叶考古学及其技术方法的幼稚和粗疏。那时的西方世界正形成一支考古大军，他们多是由一些略有怪癖的、富有献身精神的专家和业余爱好者组成。在粗疏的挖掘中，他们非常乐意及时展示和宣传自己的发现，但这种狂热往往会把有价值的考古遗迹现象弄得一团糟。早期的考古拓荒者，如发现伟大的爱琴迈锡尼文明的德国人施里曼就犯了不少这样的错误。
就像施里曼迷醉荷马史诗《伊里亚特》而拼命挖掘寻找特洛伊古城一样，坎宁安爵士的考古队是从玄 法师的《大唐西域记》一类的文献记载出发的。他们最初当然没有意识到自己挖掘到的古城的重大价值。何况，建筑和工程的需要，人们仍在继续从这仿佛取之不竭的古城中盗走砖块。
不过，坎宁安也并不像后人所说的那样是个“有眼无珠”的考古局长。他悉心收集到的小古物玩意儿也真不少，比如说，那些绘有花纹的破碎陶片，有着美丽色泽的燧石工具，加工过的贝镯等。其中最引人注目的，是一枚破损了的印章，在后来的一系列重要发现中，它都仍不失为最为经典的印度河文明象征物。
坎宁安发现印章上刻有一只公牛和一种前所未见的符号文字，他意识到这是个重要的发现。由于缺乏对比的同类材料，他推迟了近20年才发表自己的研究成果，而且还错误地认为这枚印章是从文明程度更高的外国传入的，并没有意识到这是公元前2600年的遗物。
历史的机遇就这样与坎宁安爵士交错而过，“哈拉巴文化”遗物还是“养在深闺人未识”。
坎宁安误认为哈拉巴的印章象形符号是公元前四世纪早期婆罗迷字母（梵文）的前身，这是受到古代雅利安人《梨俱吠陀》文献的误导，因为这些口头传说都把当地的土著民说成是未开化的野蛮人。
然而，考德威尔主教却从吠陀文献的蛛丝马迹中，意识到古印度存在过早于雅利安人的城市文明，因为《梨俱吠陀》中谈到那些黑皮肤、无鼻、言谈粗鲁的土著民时说，他们是居住在坚固的城堡和要塞中，而且他们通晓各种技艺，他们应当是具有金属工具和书写文字的国家文明社会的居民。
然而，在坎宁安之后，古印度的考古发掘还是沉寂了数十年之久。