1958年初，他乘火车南行，沿着新修的宝成铁路采访，过大散关（宝鸡市附近的关口），穿秦岭隧道，游巴山蜀水，然后顺流而下，去巫峡到武汉，沿途风物人情，山川形胜，“旅思添诗思”，他创作了大量的诗篇。他还写了散文《陈仓道上》，记录了过大散关的见闻感受，对大散关的险峻、秦川沃野的丰收景象和人文历史都给予了生动的描绘。
1958年3月7日，邓拓与画家华君武合作，以诗配画的形式，开始了一诗一画的写作。三月十二日，又与画家宗其香合作“诗配画”。邓拓的笔名“左海”，是取故乡福建居于大海之左的意思。从此，“左海”笔名的诗作，先后同多位著名画家合作，一画一诗，趣意盎然地吸引读者。从1958年至1965年，邓拓诗意勃发，文思泉涌，除了前面说的诗配画之外，还有游历江南，寻访内蒙、两广的行吟采风诗，还写了一些与友人赠答的唱和诗，以及为工农兵人物组画题款的题画诗。有不少篇章虽信手拈来，却发人深思，很有特色。比如《雄鹰》《咏鸽》《黑天鹅》《赠赵丹同志二十韵》《题吴作人的〈漠上图〉》等，寓意深刻，透露出对社会和人生的深沉思考。尤其是一些短小的咏物诗，开了小品哲理诗的先河。
1958年，邓拓受到当时党的主要领导人不公正的批评，被调离了人民日报社，到北京市委去任文教书记。1959年2月，报社为他举行欢送会。会上邓拓朗诵了他的《留别〈人民日报〉诸同志》的辞别诗：“笔走龙蛇二十年，分明非梦亦非烟；文章满纸书生累，风雨同舟战友贤；屈指当知功与过，关心最是后争先；平生赢得豪情在，举国高潮望接天。”对于当时的情景，曾任报社文艺部主任、著名的作家袁鹰回忆说：“他一句一句地念着，有的略加解释，如念到第三句时，他说前几天还有位老同志说他‘书生意气未能无’，语气之间，有点自责，也有点自信。邓拓同志在台上神态安详，感情真切；如十年来他多次在这讲台上作报告时一样，只是声调中略带着一点怅惘的情味。”
调离繁忙的新闻领导工作，给邓拓的写作提供了条件。不久，他整理收集了三十年代发表的历史论文，以《论中国历史的几个问题》为题出书，也汇集了解放后写作的三篇文章。其中《论〈红楼梦〉的社会背景和历史意义》是当时一篇重要的文学论著，作者以史学家的眼光对这部伟大作品的社会背景和历史意义，以及作品的思想倾向和人物形象进行了深入的分析，显示了邓拓对明清历史的熟悉和深刻的分析能力。邓拓在业余时间爱好翻阅研究古代诗人和史学家的作品。1958年，受中华书局之约，他主持编选了（新编唐诗三百首）。这年秋天，邓拓查阅了清代画家华嵒的诗集《新罗山人离垢集》四卷，用毛笔在文内作题注和眉批达十五次。三言两语，论艺说文。他对华嵒的生平经历，作了许多考证诠释，在充分掌握了材料后，1961年他写了两篇关于新罗山人艺术的评论文章，不少观点源于这些评语。
“健笔终存天地间”
1961年，我国社会主义建设进入一个不寻常的历史时期，天灾人祸，造成了物质生活的困难和精神生活的匮乏。正直的人们在思考，善良的人们在探索。多年的政治运动，让有的作者变得谨慎，而有一些作者则越发进行深入地积极地思索。作为一个历史知识丰富、对社会问题思考深沉的政论作者，邓拓以杂文随感，投入到对社会问题的解剖中。
1961年初，《北京晚报》为了活跃和丰富版面，贯彻百花齐放、百家争鸣的方针，编辑部找到了擅长写杂文的邓拓，在晚报上开辟《燕山夜话》专栏。邓拓曾解释说，燕山是北京的一条主要山脉，夜话是夜晚谈心的意思。1961年3月9日，《燕山夜话》以“马南邨”的笔名在晚报“五色土”副刊上刊出，开篇是《生命的三分之一》，针对当时有些人面对物质生活的困难，意志消退，精神生活空虚，轻意抛掷时光，有感而发。文章发表后，不少读者来信表示欢迎。此后，他一共发表了一百五十多篇“夜话”文章。邓拓自己说过：“我写燕山夜话都是谈所见所闻所感的；如果仅仅所见所闻，那只是录音机，必须有所感，才能成为自己的东西，成为有思想的东西。”这可以看出作者写作的用心，他的写作追求“有思想的东西”。六十年代初，冒进浮夸，主观武断的思想作风在一些人的头脑中相当严重，说大话说假话变成时兴货，对此，邓拓秉笔直言，给以抨击。《夜话》文章选题，有的是编辑部约定拟成的，有的是读者来推荐的，有的是作者自己捕捉到的某一生活感受。这种作者、编者、读者的共同合作使“夜话”一百五十三篇文章，题材广阔，绚丽多彩，史实掌故和人情风物，都包罗其中了。文章旁征博引，娓娓而谈，于政论中见情趣，于知识中见思想，形成了作者自己史实、识见、情趣熔于一炉的杂文风格。
这以后，1961年9月，北京市委的《前线》编辑部受《夜话》专栏的启发，特约请邓拓、吴晗、廖沫沙几位中国文化造诣深厚的作家，定期撰写杂文，在《前线》杂志上开辟了“三家村札记”的专栏，从1961年到1964年7月，专栏共登六十五篇文章，其中邓拓写了十八篇。选题也同《燕山夜话》一样，针对思想修养和社会问题有感而发。1961年10月，他写了著名的杂文《伟大的空话》，批评那些专讲空话，爱说大话的人，对这种恶习鞭笞得十分明确和有力。在我们今天遭到了一场劫难之后，更体味到作者的思想难能可贵。
除了杂文写作之外，这时期代表邓拓文学成就的还有两类。一是文艺性的散文，包括游记和特写；另一类是文学艺术的评论文章。这些文章大部分收集在出版的《邓拓散文》中。文艺散文有《可贵的山茶花》、《一个新发现的神话世界》、《从天安门到全中国》、《令人怀恋的漓江》、《听琴记》、《国殇、诗魂、诗的永生》等篇。其中《令人怀恋的漓江》和《可贵的山茶花》是邓拓散文创作中风格秾丽隽永的代表。这些文章师法我国古代明清散文家托物言志、创造意境的表现手法，又体现出知识性和文学性浑然交融的特色。
另一类是邓拓对于艺术的考证研究，和对文艺作品的评述。邓拓的涉猎广泛，兴趣广泛，对古书画的收藏和对古文物的鉴赏，兴致尤浓。1959年，他受任为中国历史博物馆筹建小组的负责人，利用工作之便，对馆藏文物进行了鉴别和研究，他还把自己收藏的珍贵文物捐献给国家。对些有争议的古画，他进行研究，先后对苏东坡的《潇湘竹石图》和南唐画家周文矩的《太真上马图》进行了分析甄别，写文章介绍研究成果。尤其是对流散的苏东坡画作，他的言之凿凿的分析文章，为一时之佳话。
由于邓拓对绘画艺术的爱好，他十分关注绘画艺术的创作发展和史实研究。他挤时间去参观画展，写文章积极推荐。他对工农群众的画，十分爱好，专门写了《论中国大众的画》一文加以介绍。他称赞“儿童画风格”，鼓励这些后辈的艺术成就。看了海防前线写生画展以后，写文章赞美他们是“从战火中迸射出艺术之花”。从1958年起，他先后发表了十多篇绘画艺术的文章，其中也有他深入研究中国古代绘画艺术所写的探讨性的文章，在学术和史料方面都很有价值。此外，他还写有一些戏剧和电影评论。这是他的创作获得了大丰收的时期。
不幸的是，好景不长，“文革”灾难突然降临，真理的声音窒息了，思考者被打入冷宫。邓拓的《夜话》是在1962年9月写完《三十六计》后收笔的，但他的创作活动仍然继续着。直到1964年7月，他仍以辛辣明快的文笔写作《三家村札记》。1963年11月21日还以“左海”的笔名在《光明日报》上发表了《郑板桥和板桥体》这样尖锐泼辣而有思想分量的文字。
1962年夏天，在中国的政治生活中出现了过分夸大阶级斗争的倾向，特别是在1964年，江青出于不可告人的目的，抡起文霸的棍棒，以莫须有的罪名，对一些作品进行无理的挞伐，任意诬为毒草，一时间，文艺界一片肃杀之气。1965年，邓拓基本上没有了创作，但在这年年底，当看到文痞姚文元在上海报纸公开批判《海瑞罢官》的时候，邓拓在1965年12月12日的《北京日报》上，以向阳生的笔名发表了《从〈海瑞罢官〉说到道德继承》的长篇论文，认为这是学术问题，可以展开讨论，对姚文元等的做法表示了极为不满。
可是，在林彪、“四人帮”围剿《海瑞罢官》之后，终于向《燕山夜话》和《三家村札记》举起了屠刀，政治上的高压不断加到邓拓头上。邓拓曾说，他欠下了许多酬不尽的文字债，此时此情，使他预感到今后能够写作的机会不多了。1966年初，他排除了眼前的干扰，整理了早已构思的一篇关于画家吴作人艺术生涯的散文，对艺术家的创作道路进行了分析。在江青、姚文元之流举起文化专制的大棒，抡向文学艺术界、摧毁文化学术人士的时候，作者写这样的文章是一个严峻的抗议。谁能料到，这篇《吴作人艺术生涯》的散文，竟是邓拓最后的笔墨。
1966年5月18日凌晨，邓拓不幸含冤去世，他以自己的生命向江青、姚文元一伙作了最后的抗争。临死前，他在给中共北京市委领导的遗书中，对江青一伙泼给他的污秽，进行了有力的驳斥，对党和人民表示了耿介诚实的胸怀。邓拓是不幸的，几十年来，出生入死，不避斧钺，磨炼了他的笔和意志。然而，在人妖鬼魅罗织的文网中，他却罹难陷身，毁灭了笔以至生命。邓拓有诗说，“莫道书生空议论，头颅掷处血斑斑”，这好像是谶语，血的教训令人痛心！
“千古文章未尽才”，“健笔终存天地间”。他的战友杨述在写给他的挽诗中赞扬他。这个评价代表了喜爱他的读者们的心声，邓拓以他大量的饱蘸血泪的文字，证明他的生命永存。
1981年7月