晋惠帝永兴元年（甲子、304）春季，正月，丙午（初八），乐广忧郁而死。
长沙厉王司马多次与大将军司马颖开战，打败司马颖，前后杀死或俘虏六七万人。战事紧张而司马对侍奉皇上的礼节却从不曾耽搁减少。城中粮食日益困窘，但士卒们却没有背离的想法。张方认为洛阳不能攻克，想返回长安。这时东海王司马越在朝中考虑事情不能成功，癸亥（二十五日），暗地与殿中各位将领趁夜把司马拘捕送到另外的官署。甲子（二十六日），司马越启奏惠帝，下诏书罢免司马的官职，把他关在金墉城。赦免罪犯，改年号为永安。城门打开后，殿中的官兵看到城外的军队并不强，因而感到后悔，又谋划劫出司马来抗拒司马颖。司马越惶惶不安，想杀掉司马使大家断绝这个想法。黄门侍郎潘滔说：“不能这样，将自然有使大家静心的人。”就派人秘密告诉张方。丙寅（二十八日），张方在金墉城带走司马，到军营后，把司马用火烧烤后杀了，连张方军中的兵士也为司马流泪。
朝廷公卿大臣都到邺城向司马颖认错道歉。大将军司马颖进入京城，后又回到邺城镇守。惠帝诏令任司马颖为丞相；给东海王司马越加尚书令职。司马颖派奋武将军石超等人率军队五万人驻扎在洛阳的十二个城门，朝廷中有宿怨的官员，司马颖把他们全部杀了。皇宫禁卫军也全部用自己的军队代替。表奏卢志任中书监，留驻邺城，管理丞相府事务。
河间王司马在郑县停兵驻扎，作为东军的声援，听说刘沈的军队进攻，就回到渭城镇守，派督护虞夔在好县迎战刘沈。虞夔的军队失败，司马恐惧不安，退入长安，急忙召张方回来，张方在洛阳抢掠了官府私家的奴婢一万多人匆忙西归，军中缺乏粮食，把人杀了混在牛马肉中吃。
刘沈渡过渭水驻军，与司马交战，司马连连失败。刘沈派安定太守衙博、功曹皇甫澹带五千精兵袭击长安，攻入长安城门，奋力战斗，直至司马的军帐前。刘沈自己带的兵来晚了，冯翊太守张辅发现衙博的兵后继无援，带兵对这支精兵拦腰截击，杀了衙博和皇甫澹，这支精兵也就失败了，收拢残余而退去。张方派他的部将敦伟趁夜攻打刘沈，刘沈的军队惊慌而溃散，刘沈与部下向南逃跑，被敦伟的兵追上而抓获。刘沈对司马说：“朋友知己之间的恩惠微小，君臣之间的恩义重大，我不能违反天子的诏令，衡量势力的强弱来苟全性命。我在挥袖行动的时候，就预料到性命一定保不住，因此剁成肉酱的酷刑，对我来说如同品尝荠菜一样甘甜。”听后司马发怒，鞭笞刘沈后又将他腰斩。新平太守江夏人张光多次为刘沈出谋划策，司马抓住他而诘问，张光说：“雍州太守刘沈没有采纳我的计策，所以使得大王您得以有今天！”司马认为他壮烈，带他一起参加盛宴，表奏他为右司马。
罗尚逃到江阳，派使者向朝廷奏报情况，朝廷诏令罗尚暂且统领巴东、巴郡、涪陵，来供应军事给养。罗尚派遣别驾李兴向镇南将军刘弘求助粮食，刘弘的参佐考虑到运粮道路遥远，加之荆州本地也粮食紧张，就想从零陵拨出五千斛米给罗尚。刘弘说：“天下是一家，互相不分彼此，我现在供给他，就没有照顾担心西边的忧虑了。”于是给罗尚三万斛米，罗尚靠这些米得以生存。李兴想留下来作刘弘的参军，刘弘将他来参见用的手版夺走而赶他回去。刘弘还派治中何松带兵驻扎在巴东作为罗尚的后援。当时在荆州的流民有十多万户，寄居他乡十分贫困，大多成为盗贼，刘弘分给他们大批田地和种籽，提拔其中贤德的人才，按照资质任用，流民于是安定下来。
三月，乙酉（疑误），丞相司马颖表奏废黜皇后羊氏，幽禁在金墉城，废黜皇太子司马覃为清河王。
陈敏与石冰交战几十次，石冰的人数是陈敏的十倍，但陈敏攻打石冰，每次都获得胜利，于是与周在建康联合进攻石冰。三月，石冰失败逃窜，投奔封云，封云的司马张统杀掉石冰和封云后投降，扬、徐二州于是平定。周、贺循都遣散部众回家，不提功劳封赏。朝廷让陈敏担任广陵相。
河间大司马表奏请朝廷立丞相司马颖为皇太弟。戊申（十一日），惠帝下诏立司马颖为皇太弟，兼任都督中外诸军事，并保留丞相职。宣布大赦。皇太弟的车马及服饰用品都迁到邺城，制度就像魏武帝曹操那时一样。让司马担任太宰、大都督、雍州牧；前太傅刘担任太尉，刘声称年纪已老，坚决辞让不去就职。
皇太弟司马颖超越本分奢侈一天比一天严重，所宠幸溺爱的小人执掌权力，令大家十分失望。司空东海王司马越与右卫将军陈以及长沙王司马过去的部将上官巳等谋划讨伐司马颖。秋季，七月，丙申朔（初一），陈率兵攻入云龙门，用皇帝诏书召集三公及群臣与三部众将领，戒严征讨司马颖。石超奔向邺城。戊戌（初三），宣布大赦，恢复皇后羊氏和皇太子司马覃的地位。己亥（初四），司马越侍奉惠帝向北征伐，司马越担任大都督。征调前侍中嵇绍到惠帝身边任职。侍中秦准对嵇绍说：“现在随行，安危难以预料，你有好马吗？“嵇绍神色严肃地说：“臣子护卫皇帝御车，死与生都要忠于职守，要好马干什么？”
司马越发布檄文召集各地军队，奉诏赶来的队伍云集，行军到安阳，人数有十多万，邺城震惊惶恐。司马颖召集幕僚参佐的询问计策，东安王司马繇说：“天子亲自征伐，应当放下武器身穿白色衣服出去迎接，并向天子请罪。”司马颖不同意，派石超率五万人抵御作战。折冲将军乔智明劝说司马颖尊奉迎接惠帝御驾，司马颖发怒说：“你空有知晓事理的名声，投身到我身边做事。现在皇上被小人们逼迫，你为什么想让我捆绑住自己的手脚去接受刑罚呢？”
陈的两个弟弟陈匡、陈规从邺城赶到惠帝身边，说邺城里已经分崩离析，因此大家都不怎么安排防备。己未（二十四日），石超的军队忽然杀到，惠帝的兵马在荡阴失败，惠帝面颊负伤，中了三箭，百官和侍卫全部溃逃。嵇绍身穿上朝的礼服，下马登上御车，用身体护卫着惠帝，兵士把嵇绍拉到车辕上就砍。惠帝说：“这是忠臣，不要杀！”兵士回答说：“奉皇太弟的命令，只是不侵犯陛下一人而已。”于是杀了嵇绍，鲜血溅到惠帝的衣服上。惠帝从车上掉到草丛中，丢失了六枚御玺。石超侍奉惠帝到自己兵营中，惠帝非常饥饿，石超送上水，左右随从奉上秋桃。司马颖派卢志迎接惠帝。庚申（二十五日），惠帝进入邺城，宣布大赦，改年号为建武。随从想为惠帝洗衣服，惠帝说：“有侍中嵇绍的血，不要洗了！”
陈、上官巳等人侍奉太子司马覃留守洛阳。司空司马越逃奔下邳，徐州都督东平王司马不接纳，司马越就直接回到东海。皇太弟司马颖因为司马越兄弟在宗室中享有声望，下令招他来，司马越没有接受命令应召。前奋威将军孙惠给司马越去信劝说司马越团结藩王，共同辅助王室，司马越让孙惠担任记室参军，让他参与计策的谋划商讨。北军中候苟投奔范阳王司马，司马按照朝廷旨意让苟担任兖州刺史。
当初，三个亲王发兵讨伐赵王司马伦，王浚辖所部脚踩两只船，禁止所属的官员百姓去应三亲王的召募。皇太弟司马颖想去讨伐王浚而没有能成行，王浚内心也想搞掉司马颖。司马颖让右司马和演任幽州刺史，派他秘密杀掉王浚。和演与乌桓单于审登谋划，在与王浚一起到蓟城南部清泉游玩时，伺机杀他。那天赶上天降暴雨，兵器被雨水打湿，徒劳而返。审登认为这是王浚得到上天佑助，就把和演的阴谋告诉了王浚。王浚与审登秘密训练军队，约并州刺史东嬴公司马腾一起围攻和演，把他杀掉了。王浚自己接管了幽州所辖的军队。司马腾是司马越的弟弟。皇太弟假称诏令征召王浚，王浚与鲜卑人段务勿尘，乌桓人羯朱以及东嬴公司马腾共同起兵讨伐司马颖，司马颖派北中郎将王斌以及石超迎击他们。
皇太弟司马颖对东安王司马繇前次让他向惠帝投降的议论十分怨恨。八月，戊辰（初三），拘捕司马繇，把他杀了。当初，司民繇的哥哥琅邪恭王司马觐去世，儿子司马睿继承爵位。司马睿沉毅机敏而又胸怀宽广，任左将军，与东海参军王导要好。王导是王敦的叔伯弟弟，见识胸怀清明广远，因为朝廷多变故，经常劝说司马睿返回封国。等到司马繇被杀，司马睿在邺城侍从惠帝，恐怕遭到灾祸，打算逃回去。司马颖事先命令各关卡渡口，不得放贵族出去。司马睿到河阳，被渡口的官吏拦住。司马睿的随从宋典从后面赶来，用鞭子扫拂司马睿，笑着说：“舍长，朝廷禁止贵族出去，怎么你也被拘在这儿呀？”官吏就让他们过去了。到洛阳，接上太妃夏侯氏一起返回封国。
丞相从事中郎王澄揭发孟玖用邪恶的手段谋取私利，劝说太弟司马颖把他杀掉，司马颖批准。
上官巳在洛阳，残暴横行。任河南尹的周馥，是周浚的堂弟，与司隶满奋等人谋划杀掉上官巳，走露了风声，满奋等人被杀，周馥逃走，得以免死。司空司马越征讨皇太弟司马颖，太宰司马派右将军、冯翊太守张方率两万人的军队前去救援，听说惠帝已进入邺城，就命令张方去镇守洛阳。上官巳与另一支军队的将军苗愿抗拒张方，惨败，回到城里。太子司马覃夜袭上官巳、苗愿，上官巳、苗愿出城逃走，张方进入洛阳。司马覃在广阳门迎着张方叩拜，张方下车把他扶住不让他叩拜，再一次废黜了司马覃和羊皇后。
当初，皇太弟表奏匈奴左贤王刘渊任冠军将军，监理五部匈奴的军政事务，让他在邺城统领军队。刘渊的儿子刘聪，骁勇超人，博览经史典籍，善于写文章，能用三百斤张力的大弓，年轻时到京都游玩，京都名士没有不与他结交的。司马颖让他任积弩将军。