中南地区在经过全面进剿股匪后，虽然在一些地区基本平息了匪患，但在大别山区、鄂西及广东一部分地区，仍有小股土匪及散匪活动，而在广西全省、广东一部、湖南西部及湖北西南部地区，土匪活动仍然十分猖獗，且有发展蔓延之势。为了迅速扭转中南地区剿匪作战的被动局面，1950年3月中旬，中南军区召开了高干会议，会上全面总结了前期剿匪作战的经验教训，严厉批评了某些地区存在的平分兵力，缺乏重点，党、政、军工作配合不够，执行政策上“宽大无边”的偏差，以及急于求成、轻敌麻痹的思想。指出：今后剿匪作战须采取有重点地进剿清剿，有阵地地向前推进，占一块清一块，然后再搞另一块或几块地区，方才是解决问题的办法；力量不足时，某些次要地区可暂时空白起来，将土匪有意识、有步骤在往一个地区或几个地区压缩，尔后集中力量一鼓而歼灭之。同时重申了必须正确认识和运用“首恶必办、胁从不问、立功受奖”的基本政策，反对“宽大无边”的右倾偏向。于是，从4月开始，中南地区各剿匪部队又先后投入重点清剿土匪的作战中。
4月下旬，湖南省军区以湘西为中心区，常德分区之太浮山区、邹杨分区之武岗和龙、扳山地区为进剿重点，集中第46军和地方武装4万多人，实行党政军民总体战，对以沅陵为中心的湘西14个县境内的股匪，展开清剿。至6月中旬，解放军在湘西中心区共歼灭1.5万多人，其中南昌击毙湖南中统特务头子陈通焕以及1000多人，生俘曾在八面山漏网的匪首暂编第二军军长陈子贤以及5000多人，迫使包括匪师长罗文、司令翟润生、旅长曾庆明等匪首和匪众8000余人，向解放军投降。与此同时，解放军对常德、邹阳等地区股匪的重点清剿也取得了胜利。先后剿灭了太浮山区“湘鄂反共救国军第4路纵队”侯宗汉部，“中国国民党反共救国军湖南游击队”尹立言、匡国军、李吉生、张云卿等部7000余人，以及其他股匪。随后，各剿匪部队按照“捉尽匪首，收尽匪枪，组织好民兵和地方武装”三条标准，对所有控制区进行深入的驻剿。驻剿部队与当地人民政府一道，深入发动群众，开展“父劝子、子劝父、妻劝夫、弟劝兄、亲劝亲、友劝友、匪劝匪”的“七劝”运动。很多土匪在军事清剿的压力和群众性的政治规劝下，纷纷自首。一些漏网的散匪也在觅食、借宿和走路时被群众捕获。古丈县农民张高升父子在田里拔草，匪首张平从山林里偷偷地钻出来，求他们给两套衣服和一餐饱饭，张高升以回家取衣为名，报告了剿匪部队。剿匪部队即刻出动，将张平击毙。保靖县青坪乡青年妇女王善明，不顾个人安危，带领妇女儿童上山贴标语、散传单，深入匪穴喊话，曾先后劝降土匪30多名。辰溪县一位姓王的老太太，也招降了100多名土匪。曾在湖南率国民党军起义的程潜、陈明仁两将军，也争取和劝降20余股土匪。经过7月、8月、9月三个月的驻剿，基本肃清了湘西中心区和常德、邹阳地区的散匪。
湘西边缘区的残余土匪，乘解放军集中力量在中心区清剿时，获得了喘息机会，又由分散走上集中，并在台湾当局指使下，大肆作乱。台湾当局指使湘西边缘区土匪“迅速扩充实力，积极扩大游击区，待机配合反攻大陆”，并且委任大特务头子蒋琴为“华南反共救国军第3方面军”副总司令，统一指挥湘西边缘残匪。1950年6月蒋琴从台到湘西的靖县，并从国民党那里带来了一大包盖好“国防部关防”的空白委任令，对大批匪首封官加委和许愿，企图以高官厚禄唆使匪徒加紧破坏革命，挽转其残局。
湖南军区根据中南军区的指示，决定集中第46军主力、第136师和地方武装共4万多人，与湖北、四川等省的友邻部队协同，会剿湘西边沿地区的股匪，并以湘西军区（兼第47军）为主，组成南北两个进剿指挥部，分别由湘西军区司令员曹里怀、副司令员刘贤权提任指挥。
1950年10月15日开始，南北两个方面的剿匪部队分头行动。围剿以龙山为中心的湘西北部地区股匪的部队，经过10多天的连续拉网式合击，将几股主要土匪全部击溃，并使散匪陷入包围圈中。紧接着部队又实行严重的重点搜剿。在搜剿“湘鄂边区反共救国军”总司令翟波平匪部时，翟匪在包围圈中同解放军兜圈子，总也捉不住他。后来剿匪部队以排为单位铺开搜剿，经过半个月的梳篾搜剿，至10月底，翟波平匪部参谋长和几个支队长被活捉，但就是不见翟匪本人。部队在加紧搜剿的同时，又开始争取攻势。一天翟匪贴身警卫被解放军击毙。勤务兵也被活捉，深藏在石洞中的翟波平在走投无路情况下，自己出洞投降。匪首投降，匪众也都纷纷交枪自首。如此动作，北线剿匪部队先后又剿灭了历史性贯匪师兴周、杨树才和贾奇才等股匪4000多人。担任南线会剿的部队，采取长距离奔袭包围，而后再进行拉网式清剿的办法，也消灭土匪5500多人。奉蒋介石亲令到湘西组织指挥土匪暴乱的特务头子蒋琴，到大陆还不到3个月就被擒。被擒之时还念念有词称：“我是自投罗网的”。
会剿第一阶段结束后，湖南军区根据中南军区的指示，下令剿匪部队除留下部分兵力仂：同地方进行清剿外，主力部队即刻转向九龙山、凤凰、麻阳边沿和晃县边境及通道地区进行会剿，又消灭股匪8000多人。至1950年12月底，剿匪部队基本上肃清了湖南历史性的匪患，彻底粉碎了蒋介石在湖南建立“大陆游击根据地”的企图，打破了“湘西土匪永剿不灭”的迷信传说。正如湘西人民给剿匪部队写信说的一样“神仙办不到的事情，被你们办到了。”
广西剿匪。1950年1月底，瑶山外围的大股土匪大部被歼，只有小部窜入瑶山内部。2月初，剿匪部队乘胜向瑶山中心地区股匪展开进剿。山内残存的土匪，都是最反动的匪首和骨干分子，并有战斗经验。当剿匪部队在外围作战时，主要匪首甘兖生、林秀山、韩蒙轩、杨创奇、白浪涛等妄图顽抗。他们一面采取了极残暴的手段，威胁群众上山，空室清野，控制群众接受解放军，不从者杀全家。匪首李开鉴部即在务本、十锦、王锦等地杀群众180余人，匪首刘才南部一次竟杀群众70余人。另一方面又将通往瑶山的主要道路阻塞，在险要隘口、山头构筑工事，大量搜刮瑶民粮食，准备长期固守。
2月2日，剿匪部队以13个营兵力，对金秀、老山、圣堂山等进行奔袭式合围。经过10多天清剿，全歼土匪骨干8000多人，匪首杨创奇被活捉。
这一胜利对残存瑶山的土匪是一个惨重的打击，瑶山已无大股土匪，匪组织系统也已全部被打烂。只有小股土匪，到处流窜，其主要匪首也只能带其歼余藏匿深山，不敢出外活动。于是，剿匪部队即实行分片包干，在瑶山外围和腹地进行搜剿和驻剿。在搜剿土匪的同时，党、政、军机关组织4200多人的工作队，深入到大小瑶山78个乡，发动群众。工作队的工作很快产生的威力，瑶民广大群众很快被动员起来，投入到剿匪反霸，建立人民政权的工作。随后解放军在发动起来的瑶民协助下，无山不上、无洞不入、无地不搜；同时又加强对土匪政治攻势，对罪大恶极者坚决地杀掉，而对自新匪首和匪众进行宽大处理。人民解放军先后镇压了一批匪首和顽固分子，引起了土匪的震动。特别是在镇压匪首、国民党桂东军政区副司令甘兖生、国民党第126军军长林秀山等人以后，土匪内部分崩离析，纷纷投降自首。在清剿瑶山土匪期间，解放军还配合地方政府，通过报枪、献枪、缴枪等方式，总计收缴土匪、恶霸地主的枪支6万余支，这不仅武装了民兵，而且消除了散匪聚集再起的条件。瑶山作战2个月，共歼匪3.8万多人，主要匪首无一漏网。在这段时间里，广西军区集中17个团兵力，对桂南地区和灵山、永淳、钦州等重点地区的股匪，给予了沉重打击，歼匪5万余人。到1951年5月，广西全省共计歼灭土匪33万多人，如期完成了毛泽东规定的剿灭广西股匪任务。1950年3月以后，中南其他地区重点清剿股匪的作战，也取得了胜利。在鄂湘的边尚区和湖北恩施地区歼匪1.1万余人。在广东地区，重点清剿了英德、清远、阳山、江之角州和海南岛等地区的股匪，歼灭6.8万多人。至1951年5月，中南全区取得了歼灭土匪47.8万多人的重大胜利，使中南匪情得以控制，并接近彻底平息匪患。
刘、邓、贺决胜“新淮海”。西南地区是解放最晚的地区。到1950年3月，许多地区的剿匪作战部队犯了“对匪患的认识不足，战术上又分散使用兵力”的错误，所以西南地区的土匪实际上还没有遭到严重打击，土匪的气焰仍然十分嚣张。以刘、邓、贺为首的西南局、西南军区，决心把西南的剿匪作战，看作新形势下的一场“淮海战役”，发誓要打赢这一战役。为此，从1950年3月15日刘、邓、贺发出《关于组织一元化剿匪斗争的指示》，要求各地区建立专署、县、区剿匪委员会或剿匪生产委员会，组织了广泛的剿匪统一战线，委员会主任、副主任由党委书记担任。对土匪的有力打击使社会治安逐渐恢复正常，经济恢复工作顺利进行。为此，毛泽东高度赞扬了西南军区的剿匪工作，指出：“西南军区对于剿匪工作极为认真，剿匪中执行的各项政策亦是正确的，故取得了很大成绩。”为了取得剿匪斗争的更大胜利，西南局把剿匪反霸减租退押运动称为西南反封建斗争的“淮海战役”，是军队的中心任务，务必在1950年之内全部肃清土匪，为土改创造条件。
解放军驻四川、云南、西康、贵州部队，遵照西南局和西南军区指示，于1950年3月、4月间，在举行西昌战役的同时，先采取分片包干办法对成股匪组织会剿。驻川东的解放军，先后集中33个营的兵力和地方武装相配合，由川东军区副司令员曾银山指挥，从1950年4月6日开始，对川东地区的股匪进行清剿。到1950年底，解放军剿匪部队共歼灭匪特19-3万多人，剿灭“黔东北人民自卫军”史肇周部、“川黔湘鄂人民自卫军”陈全、陈长捷部、“西南剿共总指挥”周共光部及盘踞在长江、乌江和川湘、川黔公路的股匪，肃清了川东地区的股匪，解除了土匪对解放军入川供给线的威胁。与此同时川南军区也于1950年3月开始，先后集中第15军及毕节、西昌、乐山等6个军分区部队4万多人，由秦基伟将军统一指挥，对川南地区股匪进行清剿。至1950年底，共歼匪29.3万多人。川西军区，先后出动4个师5万多人的兵力，3月18日平息起义后又叛变的原国民党军第302师；4月中旬，扑灭龙潭寺地区的土匪暴乱；7月底，与歼灭川西邛安、康定等4个军分区部队一道，经过3次会剿，歼灭川西汶川、彭县交界地、川康地区等少数民族地区的数股土匪2.6万余人。至1950年底，川西军区歼匪8.3万多人。川北地区军区也在1950年全年中，取得了歼匪8万多人的胜利，基本上消除了匪患。1950年驻川解放军共歼匪60余万人，基本消除了川境匪患。
云南省的剿匪作战，自陈赓将军率第四兵团进驻后，即行开始。1950年2月陈赓先后以2个军部、7个师暂时转为地方武装，并分别充实滇南、滇西等军分区的领导机关，加强剿匪力量。但由于当时云南还尚未完全解放，主力在滇南作战，因此对土匪打击不力。4月间土匪乘机作战，至5月中旬发展到4.5万多人，且烧、杀、掠、抢无恶不做，气焰异常嚣张。鉴于这一严峻的势态，云南军区果断决定：自5月中旬起，各剿匪部队采取分片包干之办法，分赴各地区清剿大股土匪。驻滇南第13军、驻滇北的第15军第43师和驻滇西的第14军第42师等部队，先后对盘踞楚雄、玉溪、新平、昭通、华坪、永胜等地的股匪展开围剿。至9月底歼匪8000多人。随后剿匪部队转向边境地区。10月，云南军区由司令员陈赓、政治委员宋任穷、副司令员郭天民等组成剿匪委员会，指挥边沿地区的剿匪作战，并组织对腹心地区的清剿。至1950年底，云南省剿匪取得了重大胜利，歼匪6.2万余人，收复了一度为匪占领的10多座县城。
贵州匪乱在整个西南地区可谓重灾区。1950年3月间，土匪曾迫使解放军撤出不能控制的23座县城，并在交通沿线修筑碉堡。为扭转贵州剿匪被动局面，贵州军区司令员杨勇、政治委员苏振华决定：除以一部主力加强交通沿线防务外，集中大部主力部队，组成东西两个机动作战集团，对全省大股土匪展开清剿。东集团由第46师之第138团和第46师第140团f营）组成，西集团由第46师所属第139团、第140团、第14l团各一个营和第45师第135团三营组成。至5，）q.底，共歼匪3.9万多人。6月、7月间，东西集团对股匪王福堂展开再次围歼，歼匪9500多人，并活捉匪首王福堂。7月，贵州军区成立由杨勇司令员、苏振华政委、尹先炳副司令员、潘焱参谋长等组成的剿匪委员会，加强了全省剿匪工作的统一领导，连续组织3次较大规模的围剿股匪的战斗。至9月初，共歼匪4万多人，剿灭“黔东北反共人民自救军”、“川黔湘反共自救军”、“黔东南绥靖司令部”等重大股匪，活捉并惩处了吴登仁、关河清和谢世钦诸匪首。