离新家不远的地方，有一个烧纸陶器的小村——瓦窑村。林徽因常常去小作坊里看师傅们做陶坯。解放后她跟学生们讲：“你们知道吗？烧窑和制坯过去是传子不传女的。而且妇女是不许进作坊的。”她说，“我好不容易花了大价钱才买通这一关，进作坊以前还要对祖师牌位磕头。制坯师傅的那一双手呀！真了不起！他把坯泥放在一个转盘上，用脚踩来控制转动，两手不停地上下捋着塑形。”
她越说越兴奋，双手学着师傅的动作，往下说：“多少次出现了优美的造型，我在一旁求师傅‘停下来，停下来，就要这个’。但是那师傅半闭着眼，脸上毫无表情，根本不理睬我。他的手仍在不停地动作。”她像演员一般模仿着师傅的表情和动作。
“我不知道他要做什么。那些优美的造型一次又一次地出现，一次又一次地消失，我抱的希望也越来越大。”她满脸淘气地说：“最后只见他的手从下往上快速而熟练地一捋，这才停了下来，露出笑容得意地看着我。啊！原来是一个痰桶”。当时在场的学生林洙说：“我们都忍不住大笑了起来。林徽因是快乐的，和她在一起也永远是快乐的。当然最快乐的是梁思成。 ”
本想在这里能长期安居，却未曾想日本很快占领了越南，云南已经濒临于战火的前线。此时中央研究院历史语言研究所、社会科学研究所、中央博物院决定从云南迁往四川以保护它们的大批善本书和珍贵文物，因常常需要借用他们的书的营造学社也决定随之一起迁移。
临出发时，梁思成受伤的脚趾感染破伤风，必须留在当地治疗，只得由林徽因独自带领一家老小随同大队人马一起动身。
这又是艰辛的一路，半路上儿子发起了高烧，林徽因在到达毕节时，带着女儿去买药，在回旅馆的途中，她看到一个已改成学校的孔庙，便兴致勃勃地前去参观，想指点女儿看屋子的结构，女儿却很不高兴，不肯进去，林徽因便训斥女儿说：“我们到了一个地方如果要参观，一定要看看这地方的县政府、重要机关、学校、孔庙以及街道布置法、城墙的建筑法才对，不是单看铺子卖什么东西就算完事的。”林徽因的女儿在日记里写下了这段话。
在林徽因眼里，“无论哪一个巍峨的古城楼，或一角倾颓的殿基的灵魂里，无形中都在诉说，乃至于歌唱，时间上漫不可信的变迁；由温雅的儿女佳话，到流血成河的杀戮。”
行过荒畦，也要在荒茫里看见碎星，拂过荒烟，也要在荒莱里看见流云，总之，在生命的荒途里，也要发现生命荒阙的意义，林徽因将人生谱成的诗歌缺一阙顺流，却不缺少逆水推舟的洪韵。
在又一次艰难跋涉后，1940年12月13日，林徽因带领着家人终于来到了四川南溪县的李庄。坐在船上的孩子们都欢喜得同声大喊：“李庄！李庄！”
此时，李庄就是他们梦中的桃源，能在这风雨倾盆的天下紧紧抓住一枝，也要颤颤巍巍地开放出一朵柔弱的乱世之花。
林徽因一家在李庄安顿下来，在这个风雨飘摇的年代，摇摇坠坠地在这里安顿了5年。李庄，让林徽因写成了《十一月的小村》：
我想象我在轻轻的独语：
十一月的小村外是怎样个去处？
是这渺茫江边淡泊的天；
是这映红了的叶子疏疏隔着雾；
是乡愁，是这许多说不出的寂寞；
还是这条独自转折来去的山路？
是村子迷惘了，绕出一丝丝青烟；
是那白沙一片篁竹围着的茅屋？
是枯柴爆裂着灶火的声响，
是童子缩颈落叶林中的歌唱？
是老农随着耕牛，远远过去，
还是那坡边零落在吃草的牛羊？
是什么做成这十一月的心，
十一月的灵魂又是谁的病？
山坳子叫我立住的仅是一面黄土墙；
下午透过云霾那点子太阳！
一棵野藤绊住一角老墙头，斜睨
两根青石架起的大门，倒在路旁
无论我坐着，我又走开，
我都一样心跳；我的心前
虽然烦乱，总像绕着许多云彩，
但寂寂一湾水田，这几处荒坟，
它们永说不清谁是这一切主宰
我折一根柱枝，看下午最长的日影
要等待十一月的回答微风中吹来。
这就是那个武陵人到达的桃花源，只是没有桃花。
然而一路舟车劳顿的辛苦以及这里阴冷的天气让林徽因的健康达到了一个临界点，她几乎在这里丧失了性命。1941年，林徽因肺结核复发了，而这个时候梁思成还在重庆请求重庆政府教育部资助营造学社的经费。
没有任何医疗条件，孩子太小，母亲年纪又太大，林徽因唯只有自己苦苦支撑。梁再冰说：“我早上起床时时看到她床边挂着许多被汗湿了的毛巾。看到她一天比一天病得厉害。我那时真怕会失去妈妈，但又不能给她任何实际的帮助。”
梁思成回来了，但他却带来林徽因的三弟林恒在成都上空迎击日机阵亡的噩耗，这个弟弟跟他们相依为命了多年，林徽因很爱他，他的死让林徽因精神又遭到了沉重打击。后来林徽因写下诗：《哭三弟恒——三十年空战阵亡》：
弟弟，我没有适合时代的语言
来哀悼你的死；
它是时代向你的要求，
简单的，你给了。
这冷酷简单的壮烈是时代的诗
这沉默的光荣是你。
……
弟弟，我已用这许多不美丽言语
算是诗来追悼你，
要相信我的心多苦，喉咙多哑，
你永不会回来了，我知道，
青年的热血做了科学的代替；
中国的悲怆永沉在我的心底。
啊，你别难过，难过了我给不出安慰。
我曾每日那样想过了几回：
你已给了你所有的，同你去的弟兄
也是一样，献出你们的生命！
已有的年轻一切；将来还有的机会，
可能的壮年工作，老年的智慧。
可能的情爱，家庭，儿女，及那所有
生的权利，喜悦；及生的纠纷！
你们给的真多，都为了谁？你相信
今后中国多少人的幸福要在
你的前头，比自己要紧；那不朽
中国的历史，还需要在世上永久。
你相信，你也做了，最后一切你交出。
我既完全明白，为何我还为着你哭？
只因你是个孩子却没有留什么给自己，
小时我盼着你的幸福，战时你的安全，
今天你没有儿女牵挂需要抚恤同安慰，
而万千国人像已忘掉，你死是为了谁！
林徽因不再去字斟句酌作诗的漂亮，在死之面前，字字句句都是引魂的经幡。离去，曾缺少的送别，让我以诗引你归来，再送你去往忘川。还你一个送别，记住你离去的悲壮，如在那易水之上“此地别燕丹，壮士发冲冠。昔时人已没，今日水犹寒。”
林徽因和梁思成在这里的条件比昆明更为艰苦，梁思成所申请到的微薄的资助很快就被通货膨胀吞噬。而他们住的地方房间多以木板和竹篾抹上泥做墙，房顶上是竹制顶篷，老鼠和蛇常常出没其间，床上臭虫成群结队。
林徽因苦苦挣扎了好几个月，才慢慢退烧，但她从此失去了健康，只能天天卧床，从卧室的窗户中看着外面的小院，呆呆的望着，如雨中失去天空的鸟梳翎着寂寞的情绪，孤独地写诗《一天》：
今天十二个钟头，
是我十二个客人，
第一个来了，又走了，
最后夕阳拖着影子也走了！
我没有时间盘问我自己的胸怀，
黄昏却蹑着脚，好奇地偷着进来！
我说，朋友，这次我可不对你诉说啊，
每次说了，伤我一点骄傲。
黄昏黩然，无言地走开。
孤单的，沉默的，我投入夜的怀抱。
行至天涯，来时只有一人荒畦的履痕，去时只有星光铺陈的路程，孤独至此，人生若是一场庄生蝶梦，也要在梦醒时分，独留下花的记忆。
林徽因孤独地在荒茫的大地上放牧着她的情绪，如一匹孤独的狼孤独地吼向明月，以一声孤绝的长啸冲破寂寞的暗夜，林徽因也以一首孤独的诗吼向寂寞，在病痛的床上，她孤军奋战于这个更孤独的战场。