刘锡彤的顶戴丢得糊里糊涂，后来得知是当地的杨秀才从中捣鬼，刘锡彤恨得咬牙切齿，发誓要报仇雪恨。
这刘锡彤也不是个省油的灯，他又花了五千两银子通过他在北京的同学捐了个浙江余杭的县官。刘锡彤到了余杭县之后，贪性不改，对余杭的百姓更加横征暴敛，疯狂剥削。
仓前镇是漕米集中的地方，百姓完粮，陋规极多。交银子有火耗，交粮米有折耗，这也就罢了。刘锡彤为了增加赋税，竟然还对农民采用了“淋尖踢斛”的办法来克扣粮税。
“火耗”起源于明代万历年间，原指碎银熔化重铸为银锭时的折耗。张居正推行“一条鞭法”，赋税一律征银上交国库，把百姓交的碎银熔化重铸为上交的银锭就有了火耗。征税时加征的“火耗”大于实际“火耗”，差额就归官员了。清初的官员沿用了这种做法。而且，“火耗”不断加重：一般州县的火耗，每两达二三钱，甚至四五钱。偏僻的州县赋税少，火耗数倍于正赋。虽然顺治、康熙年间也发过禁令，但并不起作用，以后也就默认了。
“淋尖踢斛”又是怎么回事呢？原来百姓交纳粮食的时候，官府是用斛来装的，百姓将粮食放进斛里，再称重，计算自己完成的粮食份额。谷堆要按尖堆型装起来，会有一部分超出斛壁，就在百姓为交完公粮松一口气时，意外的事情发生了。官吏用迅雷不及掩耳盗铃之势对准斛猛踹一脚！此时超出斛壁的部分谷粒会倒在地上，这就是“淋尖踢斛”，踢出的部分就是所谓粮食运输中的损耗，不许纳粮人扫回去，这部分就成为官吏的合法收入。其实一向都由官府留下按职务高低、亲疏关系等私分了。
因为清朝明令禁止量米时用脚踢，抚台也有布告，溢出的米准许粮户扫取，但是余杭县却仍旧不改。那么这些受欺负的农户叫苦连天。农民求杨乃武出面与刘知县交涉，于是杨乃武又与刘锡彤针锋相对地斗了一场。
杨乃武代农民写状子，向衙门陈诉粮胥克扣浮收，请求官府剔除钱粮积弊，减轻粮户额外负担。指使淋尖踢斛的正是刘锡彤，杨乃武这么做无异于与虎谋皮，反而被仓前镇收粮官何春芳反咬一口，说他鼓动农民抗粮不交，代农民包交漕米，从中渔利。刘锡彤立即传杨来讯问。杨乃武据理力争，刘锡彤理亏，便说他吵闹公堂，目无王法，将他驱逐了出去。杨乃武又上告杭州府，但此时的知府已不是他老师的知府了，换上了一个叫做陈鲁的人。状子递上去之后，如泥牛入海，毫无声息，余杭钱粮舞弊如故。
杨乃武愤愤不平，于夜间在县衙的墙上贴上一副对子：“大清双王法，浙省两抚台。”这个对联传到巡抚耳朵里，竟然有了作用，还专门派人来余杭县查问此事。幸亏刘锡彤上下打点，才没有再被罢官免职。
自此以后，新仇旧恨加在一块儿，这冤仇便结得更深了。
刘锡彤一直苦于没有机会收拾杨乃武，现在，正好葛家来到衙门登堂叫冤，不觉心中大喜，他知道这次公报私仇的机会来了。
我们再说刘知县。中午，刘锡彤带着一行人来到葛家，此时尸体腐烂加剧，肚腹膨胀。仵作沈祥验得葛品连尸身仰面作淡青色，口、鼻内有淡血水流出，身上起有大泡十余个。但用银针刺探喉部却呈青黑色，擦之不去，不似是砒霜中毒，心下疑惑。门丁沈彩泉问沈祥是死于什么毒，沈祥想起自己曾勘验的一个自服生烟土致死的死者尸体，其特征与此相似，于是就对沈彩泉说是服生烟土中毒而死。沈彩泉认为服生烟土皆为自服，是自杀，不是他杀，葛品连肯定是砒霜毒死。沈祥不服气，于是二人争执起来。本来试毒的银针应该用皂角水多次擦洗，结果也都忘了。争执的结果是谁也说服不了谁，沈祥思虑再三，就报结论说，是中毒而死，但未说明是中的何种毒。
刘锡彤因为有陈竹山之言先入为主，再有仵作的验尸报告，于是坚信葛品连是被人用砒霜毒死，当即将小白菜叫来讯问，问她“毒从何来？”小白菜答“不知”。刘锡彤即将小白菜带回县衙审问。
葛品连事实上就是病死，但牵扯到新科举人杨乃武，出于公报私仇的目的，刘锡彤便顺水推舟地制造了一起轰动全国的冤案。
经三审冤案未明
刘锡彤将小白菜带回了衙门，下午立即升堂审问。追问小白菜毒药从何而来，小白菜供不知情。刘锡彤百般劝诱，小白菜仍说不知是服毒身死，更不知毒药从何而来。刘锡彤见问不出头绪，就直奔主题，逼问其是否认识杨乃武，与其什么关系。又问在杨乃武家住时是否与杨乃武有私情，小白菜说杨乃武只是教她识字读经，并无私情。用了一下午时间，审问依然毫无进展。
夜间再审，刘子翰、何春芳害怕逼问奸情，小白菜会说出他二人来，当夜立即叫阮桂金到狱中诱骗恐吓小白菜说：“葛品连是被毒死的，验尸已经确认。现在四邻、干证连同原告都证明你与杨乃武有私情。待三审之后，判你个谋杀亲夫，就要骑木驴受千刀万剐，凌迟处死，连个尸首都留不下！要想活命，只有说是别人叫你毒死的。你在杨乃武家住过，外面早就说你和杨乃武有关系，如果你说出是杨乃武叫你毒死的，你就不会判死罪了。杨乃武是新科举人，面子大，也不会死。也就是把举人的头衔革掉，明年再考，还是举人。可是如果你说出刘公子之事，毫无对证，那就是诬陷好人，要罪上加罪！你可要想清楚！”小白菜本来没做亏心事，被阮桂金这么一吓竟说不出话来。
第二天升堂，刘锡彤逼问奸情和毒药，小白菜仍表示毫不知情，并一再诉冤，想将自己和杨乃武都洗脱了。刘锡彤恼羞成怒，下令用刑。据当年《申报》记载，小白菜除了受拶刑夹指外，还惨受“烧红铁丝刺乳，锡龙滚水浇背”的酷刑。小白菜疼痛难忍，几次昏死，最终难耐酷刑，只好照阮桂金所教招认了与杨乃武因日久生奸，进而谋害亲夫葛品连的“实情”：同治十二年（1873年）十月初五日傍晚，杨乃武交给一包砒霜，嘱咐自己方便时下手。十月初九日上午，丈夫因流火疾返家，要我买东洋参和桂圆煎汤服用，自己就将砒霜倒入汤中，毒死丈夫。
小白菜作完口供后，已是次日凌晨三更，刘锡彤一得到小白菜的供词，立即派一王姓书办并带民壮阮德等前往澄清巷抓捕杨乃武。杨家人听说葛品连被人毒死，正在诧异，阮德带书办敲开家门，不由分说，就将杨乃武捆绑结实，带到县衙。
杨乃武一到，刘锡彤便审问，叫他供出如何用毒药毒死葛品连。杨乃武脾性刚硬，半夜三更平白无故被带至县衙，本来就窝了一肚子的火，加上刘锡彤毫无根据的讯问，于是杨乃武不但否认与小白菜因奸谋毒之事，还以粗暴的态度顶撞刘锡彤，使刘锡彤大为恼火。由于杨乃武是新科举人，系天子门生，按律规定，对有功名的人不得施加刑罚。刘锡彤束手无策，无法获取定案的口供。于是只得暂时宣布退堂，将杨乃武押入大牢。
第二天，刘锡彤便呈报杭州知府，要求革去杨乃武的举人身份。杭州知府陈鲁又通过浙江巡抚杨昌浚向朝廷具题。
在批文尚未到达之前，杨乃武家人从各种渠道探听消息，得知杨乃武是被小白菜诬陷，并且小白菜的供认说是初五交给其砒霜。于是，杨乃武岳父的干兄弟监生吴玉琨、杨乃武岳父之侄詹善政、杨乃武的堂兄增生杨恭治及沈兆行、冯殿贵等人向余杭知县递交了公禀，证明杨乃武初五日在南乡除灵立继，初六日才回余杭城内。
刘锡彤提案质讯，小白菜畏刑，仍然照前供说。虽然杨乃武没有招供，刘锡彤认为案情已查明，便将情况详报杭州知府，并于十月二十日将杨乃武、葛毕氏及相关案卷解至杭州。但杨家亲戚给杨乃武所作的初六日才回余杭城内的证据却被刘锡彤压下了，没有随卷宗上呈杭州知府。而且为了不让上司驳回案子，他把解送杭州的原供作了篡改：死者口鼻流血改为七窍流血；银针未用皂角水擦洗改为已用皂角水擦洗；初五日给小白菜毒药改为初三日。
随着刘锡彤把案件上交杭州知府陈鲁，该案初审结束，开始进入二审。与时同时，革去杨乃武举人身份的请求也得到同治帝的批复。杭州知府陈鲁是军功出身，看不起读书人，认为他们终日皓首穷经，无所事事，穷酸风流，只顾聒噪惹事，毫无用处。加之他早听说杨乃武惯作谤诗，毁谤官府，认为杨乃武是个不守本分的人；仓前镇粮户闹粮的事，也知道是杨乃武为首。所以此案一解到府，即对杨乃武严刑拷打：跪钉板、跪火砖、上夹棍、吊天平架……一连几堂，杨乃武熬刑不过，只得承认了与小白菜因奸谋毒之事。当陈鲁追问砒霜来源时，杨乃武顺口编造了从杭州办完中举手续回余杭的途中，在本已熟识的仓前镇爱仁堂药店钱宝生处以毒鼠为名购得。
陈鲁得到这一口供，不传钱宝生来对质，却叫刘锡彤转回余杭传讯钱宝生，讯问他卖砒霜的经过。这一举动显然为刘锡彤作假证提供了机会和时间。
刘锡彤在传讯钱宝生之前，恐怕钱宝生顾虑受连累不肯承认，就和一个曾任杭州府幕客的仓前人章濬（即章纶香）相商。章纶香曾做幕客多年，当时是余杭的训导，为余杭绅士中的一个头儿，平日与杨乃武亦合不来，杨乃武写的谤诗中也曾骂过他。章纶香当即向刘锡彤献计，由他先写信通知钱宝生，嘱咐其到案说明情况，叫他大胆承认，并明确表示不会连累他。如果不承认，有杨乃武亲口供词为凭，反而要加重治罪。
钱宝生来到县衙后，说自己不叫钱宝生，叫钱鹿鸣，又名钱坦，爱仁堂是个小药铺，从来不进砒霜，也没有卖砒霜给杨乃武。刘锡彤一再威逼利诱要钱坦做证，钱坦坚决不干。因为清代证人必须与犯人一样被关入牢房，随时准备上堂作证，尤其是卖毒药给人还要承担刑事责任。钱坦的弟弟钱垲听说哥哥被捉到县衙，赶来打听内情，设法营救。他知道陈竹山与刘锡彤很熟，就去恳求陈竹山说情。陈竹山私下里对钱垲说，杨乃武供词中是买砒霜毒老鼠的。卖砒霜的药铺并不知道是毒人，所以承认下来，也没有什么罪，至多是杖责。如果拒不作证，杨乃武已经招供，一旦被查实，就是包庇杀人嫌犯，将与之同罪，被处死刑。如果承认，马上可以请县衙给一张无干的谕帖，这样就不会有拖累了。于是钱垲劝钱坦承认，钱坦也就答应了，当即在门房里出了一张卖砒霜的甘结（旧时交给官府的一种画押字据）。陈竹山拿了甘结去见刘锡彤，刘锡彤得到钱坦具结，亲笔写下“此案与钱坦无干”的保证，让钱坦放心回家，并即刻将具结呈递杭州知府陈鲁。陈鲁得到“钱宝生”的证词，又有杨乃武和小白菜的供认，就认为铁证如山，可以定罪判刑。
同治十二年（1873年）十一月初六日，杭州知府陈鲁以“谋夫夺妇”罪定案，以奸谋杀亲夫罪处小白菜凌迟之刑，以授意谋害他人亲夫处杨乃武斩立决，并上报浙江按察使。
清朝的审级制度分为四级，即县级、府级、按察司、巡抚或总督。知县只有拟结的权力，案件的判决却要由省里按察使司来决定。按察使司会把案子交由知县的上一级即知府来复审结案。知府审结之后，由按察使司交由巡抚批示，再交刑部复审，再交三法司终审。
知府陈鲁的二审必须确定案情及罪刑才能上报，由按察司进行三审。当时浙江按察司按察使是蒯贺荪，他出身举人，不像陈鲁那样蔑视读书人。接到杭州知府陈鲁呈交的案卷后，开始觉得案有可疑。因为考中举人在当时殊为不易，一旦中举，就很可能考中进士，入仕做官，前途无量。他不太相信一个举人会为一个女子而抛弃自己的前程不说，还得赔上自己的性命。
于是蒯贺荪组织了两次讯问。此时，杨乃武、小白菜经过酷刑折磨，均已心灰意冷，毫不抵抗，照前供述。他又找来初审的刘锡彤和二审的陈鲁询问审判经过，是否有不正常的情况。刘锡彤和陈鲁信誓旦旦地说此案铁证如山，绝无冤屈。蒯贺荪见此，也就放心了，遂将案件按照杭州知府的意见上报给了浙江巡抚杨昌浚。
浙江巡抚杨昌浚在当地很有声望，深受百姓的拥戴。收到案件后，为了把案子办得扎实，他认真阅读卷宗，亲自审讯案犯、证人，但杨乃武与小白菜二人早已屈打成招，料想难以翻案，便依样画供。杨昌浚见此，并不草率结案，而决定另辟蹊径，委派候补知县郑锡滜微服到余杭私访，探听民间议论，看是否与案犯所供相符。
郑锡滜未到余杭，刘锡彤就得到了消息，于是事先作好了布置，让陈竹山给钱坦施加压力，警告钱坦按原供交代。郑锡滜到后，刘锡彤又重贿郑锡滜，并设盛宴款待。如此一来郑锡滜此次微服私访结果可想而知，所得的都是一些专为他准备的假情报，郑锡滜却自认为暗访很有效果，回到杭州向巡抚杨昌浚禀报该案确实“无冤无滥”，并汇报了暗访过程。杨昌浚对暗访结果深信不疑，对郑锡滜的办事能力大加赞赏，并加以提拔，去掉了其“候补”，推荐他到外地做了知县。
同治十二年（1873年）十二月二十日，杨昌浚根据审问和暗访的结果，完成了结案报告，认为该案证据确凿，维持原判，上报朝廷。按清制，所有的死刑案件最后一审通过后都必须由巡抚或总督上报朝廷，由朝廷批准后执行。
杨乃武从家人口中得知浙江巡抚即将把该案递交给朝廷审核，心知如果错过此次机会，将永无翻身之机，就在狱中写了一篇亲笔申诉状，陈述了自己实因小白菜诬陷而被拘捕，审判官刑讯逼供而屈打成招的事实。杨乃武委托家人将此呈诉材料向各衙门申诉，但都没有引起浙江巡抚和臬司等地方官员的重视。
告御状沉冤得雪
杨乃武的亲属都认为没有生望了，只有杨乃武的姐姐杨菊贞不死心。她入狱探监，与杨乃武商量，决定上京告御状。杨乃武自拟呈词，历述冤情以及各级官府严刑逼供屈打成招的经过。呈状写好后，由杨乃武的舅父姚贤瑞作“抱告”（明清时原告委托亲属或家人代理出庭的制度），陪同进京。
同治十三年（1874年）四月，杨乃武的姐姐杨菊贞与杨乃武的妻子詹氏和一双儿女，随带杨乃武岳母家的长工王廷南、王阿木，历尽千辛万苦，走了两个月，到达北京。经在京的同乡京官指点，向都察院衙门提出了控诉。在递交申诉材料时，因为清廷规定女子不能至都察院递交申诉材料，杨菊贞就和王廷南、王阿木商量，最后确定由王廷南进都察院递交材料。当时，已经将递交人情况报告给都察院，正准备递交时，走到都察院门前，王廷南心里发怵，突然变卦，借口说自己目力不济，要王阿木代替自己递交，王阿木只得声称自己就是王廷南，递交了申诉材料。
不料都察院以杨菊贞、王廷南、王阿木等人越级上告，违反律制，派人将其押送回乡，责令以后不准再告。同时，下文给浙江巡抚杨昌浚，要求复审此案。杨昌浚将此案交杭州知府陈鲁复审，陈鲁自己判的案子，回到了他自己手里，自然是维持原判。这次告御状以失败告终。