中平六年（189）十月，西河郡（今山西离石）黄巾郭太领兵攻打河东郡（今山西夏县西北）。，董卓派部将牛辅率军进讨，被黄巾军击败。第二年二月，郭太率领部流动到东郡（今河南濮阳县西南），攻占郡县。
初平元年正月（190），一些关东（古代函谷关以束地区区，古代函谷关在今河南灵宝东北）各州郡牧守起兵，讨伐董卓，北方，推算渤海郡（今河北南皮县东北）太守袁绍为盟主。董卓进京后任命的冀州（今河北临漳县西南）牧韩馥、充州（今山东金乡县西北）刺史刘岱、豫州（今安徽毫县）刺史孔伷、陈留郡（今河南开封东南）太守张邈等人都在此时参加讨伐董卓。各州郡牧守各自拥兵数万，袁绍自称车骑将军，与河内（今河南武移向西南）在河内太守王匡驻军；韩馥驻守在邺城；孔伷驻扎在颖川郡（今河南禹县）。。刘岱、张邈、柬郡（今河南濮阳太守桥琩西南）。，山阳郡（今山东金乡县西北）太守袁遗、济北郡（今山东长清县东南）相鲍信、行奋武将军曹操等人驻守在酸枣县（今河南延津西南）。；南方，长沙太守孙坚的起兵北上，和后将军袁术在鲁阳结盟讨伐董。
同年（190）二月，董卓被关东军气势很盛，对洛阳形成威胁，又董卓女婿牛辅率兵三万人讨伐攻打河东白波黄巾军大败，担心两方连接决定迁都长安，杨彪、黄琬一再劝阻，被董卓在二月初五日乙亥把因灾异减免了黄琬、杨彪等人的职务，伍琼、周毖仍然认为不能迁都，董卓就在初十日庚辰，以向敌通讯而杀死了当初举荐袁绍、刘岱等人升官的周毖与伍琼等人。但董卓又后悔杀了二人，就重新任用黄琬、杨彪。迁都的前，董卓派李儒用鸩酒毒死了废帝弘农王刘辩，又与众臣议论要发大军对对抗关东诸侯军，但被郑泰劝阻，董卓派荆州刺史刘表任，派任辽东太守公孙度，以此来牵制反董卓势力力。董卓又胁迫献帝迁都长安。，又驱赶逼迫洛阳百姓数百万人同行。途中百姓遭军队掠夺践踏，加上因饥饿劳累累，死者不计其数。董卓又下令将洛阳的宫殿、官府、百姓房等全部烧毁，方圆二百里变成一片灰烬。董卓本人屯兵洛阳，与关东军相对抗。到达长安后，又因袁绍带头反对自己，大杀袁氏，自从袁绍叔父太傅袁隗以下，袁氏死的五十多人。
公元190年（初平元年），董卓为防后院起火，征召京兆尹盖勋为议郎，皇甫嵩当时统兵三万驻扎在扶风郡，盖勋秘密与皇甫嵩商议讨伐董卓。但董卓同当时的征召皇甫嵩为城门校尉，想寻找机会将他杀死掉。皇甫嵩应召将行，长史梁衍劝说皇甫嵩迎接前来的汉献帝并奉他的命令讨伐董卓，对联结关东诸将，消灭董卓势力。皇甫嵩不听从，盖勋因为自己兵弱不能独立，啊回到洛阳。皇甫嵩一到，主管官员就秉承董卓的意思，上奏朝廷，将他交给审判，想把他杀掉掉。
皇甫嵩的儿子皇甫坚寿跟董卓有交情，从长安跑到洛阳，投奔董卓。董卓正摆宴设酒，大会和朋友，皇甫坚寿抢步上前，与其他辩理，并且要以大义，叩头落泪。在座的宾客深受感动，纷纷替皇甫嵩请求情。董卓这才离开席位站起来，拉皇甫坚寿和自己坐在一起，并派人释放皇甫嵩，任命他为议郎。后又升任御史中丞。
初平元年（190）开始，曹操率军参加关东军讨伐董卓，驻在酸枣县（今河南延津西南）。。曹操见众军都畏惧敌人逗留不进，于是率领五千多人和鲍信、鲍韬以上以及张邈部将卫兹等部大约二三万人进军，准备进军占据成皋（今河南荥阳汜水镇）。。到荥阳汴水（今河南荥阳西南）。，与董卓部将徐荣遭遇。双正激战一天，曹操人等大败，曹操身中流箭，乘马受伤。曹操堂弟曹洪将战马让给曹操，连夜逃回酸枣，鲍信背伤，鲍韬、卫这等人战死，部众损失大半撤军离去。（参见汴水之战）。曹操见关东诸军十余万人，日置酒高会，不思进取，就建议各部队占据险要的地方，然后分兵袭击骚扰关中。诸将不听。曹操就与部下将领夏侯扬州（今安徽寿阳）招募的士兵，有一千多人，两次北上，驻扎在河内郡（今河南武陟县西南。
初平元年（190年）正月，由于董卓专权，控制汉皇帝，当时任河内太守王匡与各自的地的各路英雄（大多是关东地区区）以讨伐董卓为名义起兵。王匡与袁绍在河内郡驻扎军队，接着群雄互相结为联盟，共同推举袁绍为盟主。后来，王匡派从事韩浩率领兵马，在孟津（离现在河南省孟州县西南方三十五里有一个带，隶属于河内郡河阳县）驻守，并且派遣“泰山兵”到河阳津驻守。不过，由于董卓虚张声势，派王匡部队误认为对手方会从平阴县（现在的河南省孟津县为东方，隶属于司隶河南尹）渡过黄河，而死守黄河岸边。使得董卓得以用精锐部队经过小平津渡过黄河到他后方袭击，最后王匡部队几乎全部消灭吗。王元匡在得知自己的军队被全灭后，返回家乡招募兵马。没多久，收获数千名强悍又勇猛的士兵。
初平元年，乌程侯长沙太守孙坚从长沙北上，杀了拖延讨伐董卓的荆州刺史王敏和南阳太守张咨后，千里跋涉到达鲁阳，与后将军袁术相见。袁术选择和孙坚结成联盟，又上表推荐他为破虏将军，兼领豫州刺史。而袁术得以南下占据南阳郡，给孙坚提供粮草补给，被刘表上书推荐为南阳太守。公元190年（初平元年）冬季，孙坚派长史公仇称带兵去催促军粮，为这，他在鲁阳城东门外集合官员，设置帐饮酒，给公仇称送行。董卓不听劝孙坚起兵，派几万步兵骑兵前往鲁阳迎战。孙坚正和部属喝酒谈笑，胡轸的先派骑兵突然出现。孙坚命令部队整顿阵容，不能随便动，自己就喝酒谈笑自若。敌人的骑兵越来越多，孙坚这才慢提起身离开席位，引导将士们有条不紊地进入城内。孙坚对部将们说：“刚才我之所以不立即起身的人，恐怕士兵相互践踏，你们不能进入了。“胡轸发现孙坚兵马整齐、纪律严明，斗志旺盛，不敢攻城，把兵撤离开（参见鲁阳之战）。
初平元年（190）六月，董卓废坏流行已久的汉五铢钱，改铸小钱流通，在这，洛阳、长安等地的铜像、铜货、铜钟等人都被破坏使用来铸钱。董卓改变货币造成了货币制度混乱，从这以后，“钱货不走”，实物交换盛行。但是钱币不运行的真正原因在于战乱引起的商业城市经济的衰败和自然经济的发展。
初平元年二月（190），太尉黄琬因反对董卓迁都长安，被免职。黄琬（140－192），字子琰，江夏郡安陆县（今湖北安陆县北）人，黄琼的孙子，与祖父黄琼同为东汉名臣。年轻时以聪明著名，后来任五官中郎将。因党锢之祸，禁锢二十年之久。灵帝光和（178－184）末，征拜为议郎，后来历任青州刺史、侍中、右扶风、将作大匠、少府、太仆、豫州牧等官。黄琬在豫州（今安徽毫县）牧任内，政绩为天下之最，被封为关内侯。董卓把持朝政，因黄琬名臣，征召他为司徒，后来升任太尉。董卓迁都计划意义，黄琬恳切劝谏不可，冒死驳董卓的建议，董卓于是黄琬名族，不敢加害。后来授光禄大夫，又任司隶校尉，与司徒王允共同谋划诛杀董卓。初平三年，董卓部下的将领李雇等人攻破长安，黄琬下狱而死。
初平元（190）二月，司徒杨彪均被免职。杨彪（141－225），字文先，弘农华阴县（今属陕西）人。名臣杨震代孙，也为东汉名臣。从小受家学，以孝廉起家，历任议郎、侍中、京兆尹、五官中郎将、颖川太守、南阳太守、少府、太仆、卫尉等工作。灵帝光和（178－184）年之间，宦官王甫派门生贪污公家财物七千余万。杨彪不畏权势，告发这件事，王甫因此被杀，天下人心中大快。中平六年（189），杨彪任授司徒。初平元年，董卓召集公卿，商议迁都长安的事，杨彪切说不可。在这，董卓因灾异为名奏名杨彪。后又担任光禄大夫、大鸿胪官等。兴平元年（194），任太尉、录尚书事，随着献帝迁都洛阳，历尽艰难。汉献帝建安元年（196），曹操迁都到许，专制朝政，诬告杨彪图谋废立的事。杨彪被逮捕关进监狱。后来经过名士孔融营救出狱。魏文帝黄初六年（225），杨彪病死在家，在东汉代显赫的弘农杨氏至此而终。