一行人在路途的过程中遇到了嘉年华节，立马忘记了他们还要赶路的这件事玩了起来，小霞和塞蕾娜在玩的过程中，看到一个业余魔术师再挽留他最后一名员工，可惜最后员工还是走人，善良的小霞和塞蕾娜她们被魔术师邀请做助手，然后表演开始了，魔术师的表演实在是无趣，大家纷纷失去兴趣，后来小霞她们也离开了，毕竟在她们眼里，被小智他们看到她们刚才的打扮实在是有些尴尬。后来魔术师想到用椰蛋树们的催眠能力来催眠观众，来实现他的梦想，但火箭对从中作梗，让椰蛋树们暴走，还是小黄和小修用常磐之力安抚好了椰蛋树们，才没有照成太大的动乱，不过当然，火箭队又一次被打飞了；一行人继续旅行到达了松藻镇，遇到了开中药店的清美小姐，清美小姐希望她的派拉斯进化成派拉斯特，但这只派拉斯弱的可以，大家都对它放水放得十分明显了，可它还是被秒杀，最终害怕到逃走了，小智用波导之力找到了派拉斯，但发现派拉斯竟然和火箭队在一起，不过感受到火箭队他们并没有抓派拉斯的想法，也就没有打飞他们，而且最奇怪的是他们竟然还给派拉斯加油！？（来到这个世界这么久，小修已经忘了很多的剧情了。）最后小修用波导偷偷跟娃娃说让他攻击清美，娃娃很快就以意外的方法攻击清美，然后派拉斯也在这时学会了致命针刺，打倒了娃娃，进化成了派拉斯特，然后一行人又继续旅行；一行人来到了霓虹镇，这镇上的人因为长时间睡眠不足，所有人的脾气都很暴躁易怒，然后大家在这里呆了一夜后离开，意外发现一只不会唱歌的胖丁，然后塞蕾娜将它收服，并且在大家的帮助下它终于能唱歌了，但它的歌声威力太强，大家都睡着了，然后被它乱涂鸦一通，小修指出只有特性是不眠的神奇宝贝才有办法听完胖丁的歌，最后大家回到霓虹镇，希望这的人听了胖丁的歌可以不睡着，但还是失败了，最后一行人又踏上旅途。最终，一行人来到了发现有化石存在的大傻谷。
不过看到这么多人大家也感到很疑惑，虽然大傻谷以风景优美著称，但来的人未免也太多了吧？而且还带着铁锹和铲子。
“呦！塞蕾娜！小霞！小黄！小修！小刚！还有小智。”穿得像西部牛仔的小蓝看到他们也出现在大傻谷于是跟他们打招呼说。
“诶诶诶！小蓝！为什么跟我打招呼的时候要用上顺便的语气啊！”小智不满的说。
“你们几个应该是碰巧路过吧？看你的样子就知道。”小茂穿着同样一身牛仔服说。
“为什么说是看我的样子啊！魂淡小茂！”
“感情一如既往的好呢，二位。”小修说。
“谁跟着混蛋感情好啊！”*2
“好了好了，虽然我不知道这里为什么会有这么多人，但来的目的我看不单纯，你们也一样。”小修说。
“嗯，因为这里有发现神奇宝贝化石，于是就掀起了化石潮，很多人都来这里挖化石了。”小蓝解释说。
“原来如此，挖化石啊，你们呢？有兴趣挖吗？”小修问。
“那还用说！”小智。
“挖化石可是一件很浪漫的事！”小霞。
“可是这么做会不会打扰到那些已经灭绝的古代神奇宝贝？”小刚。
“嗯嗯，所以不要挖的好。”小黄。
“那个，我是没什么意见的啦。”塞蕾娜。
“总之去挖化石吧！”最终小智一锤定音决定。
“那么，小智，要不要跟我比谁挖到的化石多？”小茂问。
“哼哼！有何不敢。”
（哈哈哈！等着我用波导把化石全找出来吧！哈哈哈！）小智。
（那个白痴一定会用波导来找化石，待会好好好看看那家伙吃瘪的表情，哈哈哈！）小茂。
（两个白痴。）小修用赐予之力偷听这两人心里的想法，暗骂他们是白痴。
十分钟后······
“坑爹啊~”小智筋疲力尽地倒下，说：“我总算是明白小茂这家伙为什么敢跟我打赌了，原来那家伙早就猜到会是这种的情况。”
小智向用波导找化石的想法一下机就化成泡沫了，因为化石在广义上也是石头，要找石头的波导，可以，找刻定的石头的波导，那就等着累死吧。
“哟！小智！没累坏了吧？”小修和塞蕾娜走过来慰问。
“真是的，你干嘛要跟小茂打这种无聊的赌注啊？”赛蕾娜有些生气地问。
“抱歉抱歉。”
“对了，小茂那边的战绩如何？”小智问道。
“他吗？他在骂他挖到的一枚化石呢。”
“诶——无所！？（不是吧！？）那我岂不是输定了~”
“你先听小修说完小智，小茂的确挖到化石了，但他挖到的是古代神奇宝贝的大便的化石。”塞蕾娜说。
“诶——哈哈哈——真想看看那家伙吃瘪的样子！哈哈哈哈——”
“你们啊~”就在这时，小修突然感应到了很熟悉的波导，往熟悉的波导的方向一看，竟然是喵喵。
原来火箭队他们想用炸弹把这里炸平，然后得到化石，小智他们想要阻止，但可惜引芯已经被点招，好在引芯长的过分，还有时间阻止，但因为火箭对他们的妨碍，小智他们几个全部变成滚地葫芦。
最终，从滚地葫芦里好不容易挣扎出来的皮卡丘和借此出来的小青看到引芯就要烧尽，情急之下，都忘记它们不会水系技能，结果一个十万伏特和龙之怒，然后······
在场所有的人家神奇宝贝都灰白了······
然后炸弹炸了。
爆炸产生了巨大的裂缝，大家都掉了下去，然后出口被碎石堆掩盖。
小修用超能之力保护了小智和塞蕾娜他们，皮卡丘则有小蜻保护，大家都没受伤，除了火箭队。
小修用超能之力缓慢下降，然后仔细观察了下周围，说：“看来我们掉进了一个地下洞窟呢。”
“不是吧？都怪火箭队他们竟然装炸药！不然我们也不至于掉进这里。”
“比起这个我更在意的是，你们两个刚刚是在干什么呀！？明明不是水系的竟然还用技能攻击炸弹！你们是怎么想的呀！？”
皮卡丘和小蜻都羞愧地低下头。
“好了好了，皮卡丘和小蜻它们也不是故意的，你就原谅它们吧。”塞蕾娜说。
“皮卡皮卡！皮卡皮卡丘！”（女神啊！真正的女神！）
（果然还是塞蕾娜心肠好，不像某人。）
“嗯~”*3这是火箭队他们苏醒了过来，然后小智和火箭队他们开始在互相推卸责任，最后还是喵喵指出他们要是不赶紧离开就要彻底被埋在这了。
就在这时，一双双猩红的眼睛突然看向他们，小智马上拿出图鉴，发现它们竟然是已经灭绝的古代神奇宝贝！
这时小修说：“化石盔、镰刀盔、菊石兽和多刺菊石兽，属性均是岩石系和水系。”
“诶！？你怎么知道的！？”小智问。
“老妈留给一些神奇宝贝的资料，其中就有古代神奇宝贝的，上面有说明它们的属性以及特性，它们的特性都一样，悠游自在和硬壳盔甲，隐藏特性是破碎铠甲。”小修说。
“你们超古代的资料还真齐全啊。”塞蕾娜感叹说。
“现在可不是感叹的时候，出来吧娃娃！使用飞叶风暴！”
娃娃的技能用在这些灭绝的神奇宝贝身上效果群拔，一下子就把它们秒杀，然后小修把它们全部收服。
就在他们想离开的时候，化石翼龙突然出现，还抓住了塞蕾娜！
小智用图鉴观察，发现这竟然是具有肉食性的神奇宝贝！于是他情急之下放出了火恐龙，说：“火恐龙！快把塞蕾娜救下来！使用龙之爪！”
火恐龙攻向化石翼龙，可惜对方直接飞上天，火恐龙根本打不到它，而且还要顾虑塞蕾娜，结果很快就败下。
然后化石翼龙说：“吼——”（这小姑凉看上去蛮好吃了，就作为搅扰我美梦的补偿吧！）
“住手啊！！！”
“吼——”火恐龙感受到了小智的愤怒，同样一肚子火的火恐龙借此进化成了喷火龙。
就在这时，小蜻也动了起来，首先是以它最快的速度冲向化石翼龙，然后用龙之爪攻击化石翼龙的脚，最后用龙之尾将它抽飞，成功救下塞蕾娜。
“塞蕾娜，你······”小智刚想了解下塞雷娜的情况，塞蕾娜一把抱住小智，大哭说：“呜哇哇——吓死我了！！！！！呜哇哇哇哇——”
刚才的情况对于一名女孩来说实在是太可怕了，化石翼龙的那张满是锯齿的血盆大嘴离她的脸可是只有不到1厘米，她还闻到了它那满嘴的恶臭，要不是因为太过恐惧而导致身体麻木，只怕早就吓晕了。
“没事了，没事了。”小智看到塞蕾娜在他怀里大哭，小智好像开窍般拍了拍她的后背安慰她。不知为何，他有些气自己，气自己让塞蕾娜遭到这种事，那头要吃了塞雷娜的化石翼龙小智绝对不会饶了它！
“喷火龙！把那只化石翼龙给我往死里打！”小智第一次说把一只神奇宝贝往死里打，要知道，他一般对神奇宝贝都只是让它被他的神奇宝贝打败而言，而这次，小修从小智的语气中感受到了杀气，看来他是认真的。
“吼——”（小鬼别太嚣张了！）