5天后······
在彩虹市附近的一座森林里，常常会传来神奇宝贝战斗的声音，很多人向前去里面挑战的时候，神奇宝贝们均害怕到不敢进去，那些训练家也不明白这是为什么，在今天，从里面出来了8个人，这8个人，除了一个是10岁以下的萝莉外，其他人全是10岁以上的少年少女，其中一名长相帅气的少年他全身伤痕累累，他身上的衣服都变成了布条，而戴着帽子的少年、带着护目镜的少年和一名红发少女看上去都十分疲惫，帅气的男孩说：“小修你的训练方法虽然好，但是把我打成这样你不觉得你该付我点医药费吗？”
带着护目镜的男孩有气无力地说：“我不记得你有这么贪财啊，小茂，而且经过我的训练，大家都变得比以前强了那么多不是吗？很多神奇宝贝还进化了呢，你们不也变得比以前更强了吗？”
红发少女大怒道：“你还真有脸说啊你！你知不知道你给我的训练内容有多么的难啊！我整个人都快崩溃了诶！”
戴着帽子的少年跟着说：“就是说啊！你知不知道我和小蓝是在怎样的状态下度过这些训练的呀！小蓝只是几乎崩溃，我整个人都崩溃了！”
“我说，你的训练内容好像是我们当中和小黄一样比较简单的训练内容吧？你竟然还因此崩溃了？就你这样还想当精灵掌门人？做梦去吧小智！”
没错，这8个人正是小修他们，小修的训练方案让大家痛苦不堪，但有付出就有回报，在这短短的5天里，小智的小火龙进化成了火恐龙，大钳蟹也进化成了巨钳蟹；小茂的嘟嘟进化成了嘟嘟利；小刚的小拳石进化成了隆隆石，超音蝠进化成了大嘴福，杰尼龟则进化成了卡咪龟；小霞的角金鱼则进化成了金鱼王，墨海马进化成了海刺龙；塞雷娜的海星星也进化成了宝石海星；小黄的小拉达、小嘟嘟也纷纷进化；小修的装甲、花铃和杰克也统统进化了，其他的神奇宝贝，有的是已经无法进化，有的是还不能进化，但实力也有了很大的进步，学会了不少的新技能。
小茂回到森林里，从背包中拿出一套新衣服穿在身上，在从森林里走出来，小修一看，这不是特别篇小茂穿的衣服吗？
小茂说：“我决定了，绝对不和你小修一块旅行！我要回去找我的那些美女们！再见！”小茂说完，头也不回就走了。
“我也是！打死我也不会再跟你们同行了！大不了我一个人旅行！”说完小蓝就用瞬间移动离开了。
“真是的，就这么怕我的训练吗？算了，小黄，你掌握了吗？你的那些技能？”小修问。
“嗯，没问题了。”小黄说。
“那就好，现在我们要去哪呢？各位？”小修问。
“肯定是打道馆了！”小智热血的说。
“小智，在这之前你得先让神奇宝贝们休息片刻，小修安排的训练让大家都很疲倦了，不先让它们得到充分的休息它们可没办法打好道馆的哦。”小刚说。
“这样啊，好吧。”
“那我们回神奇宝贝中心去吧！我想赶紧洗个澡！”塞蕾娜迫不及待地说。
这也难怪塞蕾娜会如此迫不及待，在这森林里的5天，他们根本就没离开过森林！森林虽然有河流可以洗澡，但他们这些女孩子可不愿意在这种地方洗澡！所以这5天里，这些女孩们可谓抱怨连连，现在总算可以洗澡了，她们能不如此迫不及待吗？
一听到可以洗澡了，小霞直接先跑一步，然后被塞蕾娜注意到后也跟着跑，小黄也赶紧追上去。
看到这些女生为洗澡而如此疯狂，小智表示不理解，小刚和小修则是在心里暗叹道：（女生真可怕。）
回到神奇宝贝中心时，天色已经暗了下来，塞蕾娜她们也已经洗好澡，回到自己的房间里睡着了，小智他们也回到自己的房间里呼呼大睡去了。
第二天一早，小修用超能之力把众人叫醒，大家把早餐吃完后就离开了彩虹市，在前往下一道馆的所在地的同时，他们一路上又遇到了不小的麻烦，彩虹市在三天前出现的小孩子失踪和神奇宝贝昏沉事件，小修一行人循线追查，发现是三天前进化的索利柏的影响，这是火箭队突然出现要强走索利柏，但被小黄的神奇宝贝打败，然后又飞了，小霞还因此收服了原著中那只可达鸭；后来一行人来到了顶尖饲育家们聚集的美容街，武藏和小次郎在这里开店把神奇宝贝打扮的怪模怪样，并企图趁机偷走珍贵的神奇宝贝，小刚带领小修、小智、小黄和塞蕾娜来找小雪，得知火箭队的作为，而与小修等人一起把火箭队打飞，然后收小雪之托，暂时替她照顾对他有好感的六尾；之后小智一行人遇见了爱美的父亲，与之交战，然后受爱美的委托，小智带着火暴猴参与P-1大赛，要达到爱美爸爸的快拳郎，不料火箭队又来捣乱，用卑鄙的手段让飞腿郎打败快拳郎，然后那只被他们偷来的飞腿郎被小智的火暴猴打败，然后他们又放出自己的神奇宝贝来破坏大赛，最终被小智的皮卡丘给电飞了；后来一行人来到了黑云市，由于小黄的秋秋是放置在外，结果一到黑云市就因为这里的电气过多而电磁化，被塞蕾娜和小黄误认为是感冒，将其带到神奇宝贝中心，后来因为大量地臭泥堵住了发电机海水的进水口，导致停电，为了调查停电事故，一行人跑到了发电厂，后来还因为秋秋身上电磁化的原因，被一只小磁怪喜欢上了，然后塞蕾娜就将它收服，后来大量地臭泥出现，还出现了臭臭泥，众人纷纷逃跑，跑到了控制室，但臭臭泥指挥臭泥们撞开了大门，众人不得不与其大战，最终在小磁怪的伙伴的帮助下，臭泥们被赶走，小智还因此收服了那只臭臭泥，后来火箭队又出来捣乱，可还没出场多久就被自己那愚蠢的发明给坑了；之后一行人来到了一座深山，那里正在建造水库工程，结果因为地鼠们的原因迟迟不无法建成，哪里的负责人就招募一群优秀的神奇宝贝训练家来赶走地鼠，但因为他们的神奇宝贝知道地鼠们为何捣乱，于是所有的神奇宝贝们都没有战斗，后来小黄跟地鼠们交谈，带大家看到了地鼠们阻止水库工程的原因，负责人看到地鼠们种植的森林田，放弃建造水库工程，最终，一行人终于在小智的波导探测下，找到了浅红道馆。
浅红道馆和一般的道馆有所不一样，别的道馆都是很现代化的道馆，而浅红道馆是传统房屋，看上去很有历史遗留的沧桑的味道，小智和小修突然停了下来，塞蕾娜不解地问：“怎么了？为什么不进去呢？”
“人就在门外，还用进去？”小修反问道。
“纳尼！？”其他人赶紧观望四周，可并没有看到人影。
“没人啊，尼酱，你是不是搞错啦？”小黄问。
“我没搞错，的确有人在外面。”
“是三个人，一男两女，我虽然用波导看到了他们，可我的肉眼根本看不到他们。”
“不会是幽灵吧！？”小霞害怕地说。
“哈哈哈！我们可不是幽灵！而是忍者！看来这两位朋友有些特殊手段呢。”突然，门口产生大量的白烟，白烟一散，出现了三个人，如小智所说，是一男两女，男的是一名中年大叔，看上去很严厉，两个女的一大一小，小的看上去和小智他们同岁，有着暗红色眼睛和头发，大的穿着花俏。小修认得他们，男的是阿桔，小一点的是阿杏，大一点的是阿雅。
“忍者！？”*5
“你们是忍者的话你们会不会火遁啊？”小智激动地问。
“能展示水遁给我们看吗？”小霞同样激动地问。
“我想看土遁！”小刚和他们一样激动地说。
“能不能召唤什么大蛤蟆给我看看啊？”小黄闪着星星眼问。
“能不能让我看看分身术啊？”塞蕾娜也闪着星星眼问。
看到他们这个样子，再加上阿桔他们此时的懵逼表情，小修真的很想离他们远远的，装作不认识他们。
“(⊙o⊙)…听我说，我们虽然是忍者，但我们不是火影忍者啊！别把我们想得太好了！”阿杏说。
“什么嘛。”大家马上就失去兴趣了。
“咳咳，回归正题，我们是来挑战道馆的，这里应该就是浅红道馆吧。”小修虽然看上去是在问对方问题，可语气却是非常确定的语气。
“来挑战道馆的人是谁。”阿桔说。
“我。”小智和小修同时举手说。
“既然如此，你们两个谁先跟我打？”阿桔问。
“你这接受双打吗？”小智问。（自从他们跟别的道馆打双打太久了，小智现在只要一看到道馆里的人多，就会问他们接不接受双打。）
“呃~这个······”阿桔有点犯难，他还是第一次听到有人跟他提这种要求，他有点措手不及，不知该如何回答。
“我们接受！”此时阿雅和阿杏说。
“诶！你们······”“父亲！这两个人一个看起来弱不禁风的，另一个一个看起来傻不溜秋的，肯定很好对付，不需要父亲大人亲自出手！”“没错！哥哥！这里就由我和阿杏来对付就行了。”阿桔还想说什么，就被阿杏和阿雅打断。
看到他们二人如此坚持，他也只好把道馆战交给她们了，他也正好想看看小智和小修他们的实力。
而小智和小修则有些生气，毕竟对方竟然说他们一个是弱不禁风，一个傻不溜秋！他小修仅仅只是脸色看起来白了点！虽然说小智傻不溜秋道也正确，但他们还是感到很生气。
“诶！你叫什么名字！”小智指向阿杏问。
“我吗？听好了！我叫阿杏！这是我姑姑阿雅！这是我爸爸阿桔！我可是未来要继承这家道馆的忍者！”阿杏自我介绍的同时还把阿雅和阿桔的名字也介绍了下。
“阿杏吗？听好了！我叫小智！他是小修！这是塞蕾娜、小黄、小霞和小······小刚！？”他刚想介绍小刚的时候小刚已经跑过去跟阿雅搭讪去了，不过被阿雅无情地踩在脚下。
看到小刚如此花痴的样子，众人满头黑线，小霞直接用抓耳神功把小刚拉走。
之后阿桔带着他们来到道馆的内部，来到了一个大房间，看起来这里就是对战场地了。
阿桔站在裁判的位置上说：“使用的神奇宝贝每人各一只！哪一方的神奇宝贝均失去战斗能力，另一方则获胜！那么，比赛，开始！”
“去吧！毛球！”阿雅派出了她的毛球。
“上吧！瓦斯弹！”阿杏派出了她的瓦斯弹。
“毛球和瓦斯弹都是毒系神奇宝贝，其中毛球还有虫系属性，你知道该用什么神奇宝贝的吧？小智？”小修问。
“你呢，你要派哪只神奇宝贝呢？”小智反问道。
“装甲！去吧！”小修直接派出了他的装甲，装甲在那三天的特训里，进化成了穿山王。
“既然如此，火恐龙！去吧！”小智也派出了火恐龙。
“哼！果然会派出属性克制的神奇宝贝呢，毛球！睡眠粉！”阿雅指挥说。
（火恐龙，用喷射火焰把睡眠粉烧掉！）小智用波导指挥说。
火恐龙立马用喷射火焰把睡眠粉烧的干干净净。
“怎么会！？明明训练家没有下达指令！为什么······”
（装甲，用流沙地狱把毛球困住！）小修趁机赶紧用波导指挥说。
“瓦斯弹！对穿山王用泥浆弹！”阿杏虽然不知道那只火恐龙为什么会在没有训练家下达指令的情况下自己攻击，但她不认为那名训练家没有下达指令，而且她总觉得那只穿山王好像要做什么，于是赶紧让瓦斯弹攻击。
事实是正确的，穿山王原本要用流沙地狱把毛球困住，但因为瓦斯弹的“泥浆弹”的原因，不得不放弃。
看到阿杏做出了非常正确的判断，阿桔脸上出现了一丝欣慰，原本他还在想自己要是当上了天王由谁继承道馆，现在看来就让阿杏继承好一点，阿雅的话还需要再加以修行才行。
看到攻击被打断，小修也没气馁，继续下指令说：（装甲，用震级变化！）
（火恐龙！趁机用尾巴跳起来！然后对瓦斯弹用烈焰溅射！）
“瓦斯弹！对火恐龙使用泥浆炸弹！毛球！跳起来的同时对穿山王使用信号光束！”不得不说，阿杏的直觉真好，一下子就感觉到那两只神奇宝贝要做的事，一看到穿山王把脚抬起来就猜到它要用什么技能了，马上让毛球跳起来，同时攻击穿山王，并且还让瓦斯弹挡下火恐龙的攻击。不过阿雅就有些不开心了，因为阿杏竟然会突然指挥自己的神奇宝贝，明明她自己指挥就行了！不过她并不认为阿杏是在添乱或看不起她。
（装甲，改用真气弹！）但是阿杏没想到小修会突然让装甲改变技能，这恐怕是她措手不及的是吧。
很快，装甲的“真气弹”，瓦斯弹的“泥浆炸弹”，火恐龙的“烈焰溅射”，毛球的“信号光束”，全部碰撞在一起，而“烈焰溅射”是有着附带溅射伤害，毛球和瓦斯弹都不幸中招。
（装甲！趁现在用螺旋球！）
（火恐龙！用蓄能焰袭！）
“瓦斯弹！对火恐龙用高速旋转！毛球！对穿山王用意念头锤！”
双方又一次展开了攻击，但火恐龙的“蓄能焰袭”威力可是很大的，一下子就把瓦斯弹撞飞，让它烧蚊香了，而装甲这边也一样，毛球的“意念头锤”根本挡不住装甲的“螺旋球”，也被撞飞，烧蚊香了。
“怎，怎么会？”阿雅有些不敢相信地看着已经摊在地上烧蚊香的瓦斯弹和毛球，毛球和瓦斯弹的实力虽然不能说是很强，但是要把它们打倒可没这么轻松！她们以往见到的训练家都是经过一番苦战才能打败它们的，可遇到小智和小修的神奇宝贝，就这么轻松地被打败，哪怕是因为属性克制，可是这输的未免也太快了吧！？
看到小智和小修的神奇宝贝实力如此的强大，阿桔也有些惊讶，不过他心态好，很快就回过神来宣布说：“瓦斯弹、毛球失去战斗能力！这场战斗由挑战者小智和小修获胜！”
“呀呼！赢啦！击掌！”小智说。
小修跟小智击掌后说：“还不快去拿徽章，把我的那一个也一块拿一下。”
“好嘞！”小智走向阿桔，阿桔很庄重地呈上两枚徽章，小智也很庄重滴拿走徽章，但同时还不忘摆起得到徽章的招牌动作。
“小智，小修，你们的实力很强，这一点我有目共睹，我有个不情之请，能跟我来一场战斗吗？”阿桔提出战斗邀请说。
“哦！？要再来一场战斗吗？那好！我······”“我们拒绝！”小智刚想答应，但小修无情拒绝道。
“诶！？为什么！？”小智不解地问。
“小智，你以为我想拒绝这场战斗吗？问题是咱们的时间不多了。”
“不多！？什么不多了？”
“我问你，照我们这迷路功夫，你觉得我们得多久才能凑齐八枚徽章啊？”
“这······不知道。”
“以我的估算，大概是3个月。”
“3个月而已，那又怎么样？”
“问题是联盟大赛的报名时间好像是2个月后吧？你觉得我们来得及参赛吗？”
“你说什么！？这样子的话我们怎么赶得上呢！？”
“所以，一路上！我们能避免的麻烦就尽可能避免！不能避免的就尽快解决！总之必须赶在联盟报名时间结束之前凑齐八枚徽章！”
“明白了！大家！我们快走吧！”小智催促道。
就这样，众人连休息都没有，就这么急急忙忙地离开了，在他们离开的同时，阿杏问道：“爸爸，联盟比赛的报名时间是什么时候？”
“这个啊，据说因为要准备圣火，所以要延后到4个月后。”阿桔说。
“那你说，他们要是知道的话会不会回来挑战你呢？哥哥？”阿雅俏皮地问。
“呵呵，谁知道了。”