“不知道是什么神奇宝贝的蛋”，小智三人这时正在吃着午餐，小霞看着小智怀里的神奇宝贝有点好奇。
“搞不好，那颗蛋是传说中的神奇宝贝的蛋。”小刚在一旁猜测说。
“不可能吧！”小霞则是表示怀疑，虽然他们各种传说中的神奇宝贝都看了边，但不代表真的像大白菜那样能捡到。
“我也觉得，难道传说中的神奇宝贝是大白菜啊，随便一颗蛋就是，而且如果是的话，那些盗猎者就不会那么快放弃。”小智看着暗青色的神奇宝贝蛋壳，他知道，如果不出意外的话应该就是那只由基拉，不过接下来怎么让它接受这个世界确实是一个问题。
“而且想我们这些神奇宝贝的蛋都有在特殊的地方，还有族人照顾，不可能出现在人类的视线！”最有发言权的拉迪亚斯说到，这时候的她已经学会心灵感应了，和小霞他们很快打成一片。
“哎？你们看，它要孵化了。”就在大家闲谈的时候，突然神奇宝贝蛋发出了白光，小刚立刻说道，而小智也立刻把神奇宝贝蛋从培育盒中拿了出来，还没放下它就孵化了。
“啊，这只神奇宝贝是……”，随后就在大家期待的目光中，神奇宝贝孵化出来了，看着在小智手中蜷缩成一团的神奇宝贝，小霞问道。
“是由基拉。”孵化出来的神奇宝贝就是一只由基拉，也是小智预计中的“岩石和地面系的岩石肤神奇宝贝，一般是在地下深处诞生，将周围的土吃光后，才会到地面上来”。
“这只由基拉的样子好像有些不对。”小刚这时发现由基拉一直蜷缩着，毫无生气，“怎么会呢，就算是岩石和对面系的神奇宝贝，体温也不应该这么低啊！”摸上由基拉的身体，小刚吃了一惊，由基拉的体温非常的弱。
“这附近有神奇宝贝中心吗？我要带它去检查一下。”小智也急切的问。
“我记得有一所，我们就去那里吧”，小刚立刻翻看地图，然后指着上面的一个“P”标记说道，随后三人立刻收拾东西，向神奇宝贝中心跑去。
“奇怪了，身体没有异常，为什么体温却没办法升高呢？”一路跑到了神奇宝贝中心，把由基拉交给了乔伊小姐检查，可是乔伊小姐检查完后，也非常的纳闷，由基拉的身体没有任何的情况，可是体温却异常的低，这种事情她从没遇过，不知道该怎么办好。
“我们先跟空木博士联系吧。”小智说到。
“空木博士不在，我发了一封邮件给他，希望他能快点跟我们联络”，可是乔伊小姐联络空木博士后却没人回应，乔伊小姐只好给他发了一封邮件。
“外面下暴雨了，由基拉的身体在发抖啊”，小刚这时看到外面突然阴天了，随后暴风雨就袭来了，温度骤降，而由基拉的身体就开始瑟瑟发抖。
“由基拉”，小智慢慢的抱起由基拉，靠在一旁的电热暖气旁给他取暖，希望可以给它依靠。
“啊——”，就在这时突然一道闪电劈下，而后就是“轰隆隆”的巨大雷声，“停电？怎么会是这个时候，这样下去的话由基拉的体温会下降的。”看到电热暖气停了下来，小霞担心的说。
“奇怪了，如果是停电的话，发电机会自动运转的啊，我去看一下情况。”因为神奇宝贝中心要救助神奇宝贝，所以为了防止这种情况都会配备余外的发电机的，可是现在却没有启动，所以乔伊小姐就去查看了。
“伊布，你来帮忙吧，变成火精灵。”，小智让伊布变成火精灵，因为火精灵的体温最高可达900度，小智让伊布保持一个适宜的体温，抱着伊布同时抱着由基拉，继续给由基拉保持体温。
“布伊~”（爸爸身上好温暖~）伊布在小智怀里撒娇，小智小智温柔的摸着伊布的皮毛。
“吱~”，就在大家焦急的等待的时候，神奇宝贝中心的门突然开了，进来两个穿着护士服的男女，而且那个女的还是乔伊小姐的样子，“我们是从若叶镇过来的，现在就马上把由基拉运送到我们那里的神奇宝贝中心”，那两个人一进来就说道。
“先等一下，不对，这个不是真正的乔伊小姐”，小刚围着那个乔伊小姐仔细观察了一番后得出结论。
“你真的很没有礼貌，我明明就是乔伊小姐”。
“如果是真正的乔伊小姐，照理来说会有草原的青草香味，而你身上只有地洞的味道，还有，真正的乔伊小姐会散发出清纯和洁净的灵光的，但是，你的身上只有散发出诡异的不可思议的灵光，不提这些，重要的是，乔伊小姐是美女。”不愧是美女侦查机，一下子就认是她人假扮的。
“你说完了没有，我明明比她漂亮一百万倍”，这时那位乔伊小姐终于忍无可忍了，一把把头上的乔伊小姐式样的头套摘了下来，气急败坏的说。
“武藏？这么说是火箭队……”看到那位乔伊小姐是武藏假扮的，小霞立刻说道。
“哪有自己揭穿自己的身份的，真笨啊喵~”喵喵这时也不知道从什么地方跳了出来。
“这样的话，只好强抢了”，小次郎也摘除了伪装。
“火箭队，你真的好烦啊！今天没空和你们玩，皮卡丘，十万伏特。”小智表示自己没空理他们，让皮卡丘一个十万伏特赶跑他们。
“好讨厌的感觉啊”，火箭队就这样慌乱的跑掉了。
“小智，我去看看乔伊小姐。”小刚和小霞离开，去寻找真的乔伊小姐。
“小智，吃晚饭了”，就这样，大家一直在神奇宝贝中心等着空木博士的回信，一直到了傍晚，小霞这时对小智说道。
乔伊小姐没事，不过神奇宝贝中心的供电还是没能修好，需要等到明天来。
不知不觉时间一点点的过去了，不知道已经到了几点，小霞、小刚和拉迪亚斯都趴在一旁累的睡去了，小智也因为太困了，开始打瞌睡了。睡着的小智看到了一幅不属于小智的记忆的景象：一颗蛋被装在一个木箱中，被一个摩托车带着走，可是一个颠簸，木箱从摩托车上摔落下来，蛋也掉了出来，落入了一旁的河中一路漂泊，随后场景转换，这颗蛋落入了城镇，在人们的脚底下被踢来踢去，最后一幕就是一辆大卡车向着这边碾了过来。
突然画面一变，变成一个黑暗的空间，完全看不到一点光明，无止境的黑暗就想深渊巨兽，将小智完全吞噬，即使小智再怎么喊，再怎么跑也没有用，除了黑暗还是黑暗，带给自己只有无尽的绝望…
“为了回到你的身边，一切都是值得的…”这是小智听到的最后一句话。
“啊~”，小智这时惊醒了，吓得大汗淋漓，因为刚才都是小智为第一视角，完全被这两个梦惊醒了，小智知道了第一个这就是由基拉在蛋中经历的过程，那么第二个就只能说是伊布的梦，可是也许就是这一路的噩梦使得它不愿睁开眼睛看到这个可怕的世界，想到这里，小智的眼眶不知道何时红了起来，他在为由基拉心疼，为什么由基拉还在蛋中的时候，就要经历这些事情，明明其他的神奇宝贝都会在妈妈的呵护下的健康的孵化的，可是可恨的盗猎集团却带给了由基拉这么可怕的噩梦。
然后看了看也被小智惊醒的伊布，它在那里用小爪擦着眼睛，一副你吵醒我了，我还要睡的表情。
“你到底经历了什么…伊布…”小智的心里非常乱，由基拉的问题刚出来，伊布的梦让他不知所措，如果是第一个梦让他感到害怕的话，第二个给他的是绝望……
下了一夜的暴雨也停了，清晨的太阳慢慢的升了起来，外面的世界生机盎然，不过由基拉却还是那么的僵硬，完全没有苏醒的样子。
“小智，对不起，我来迟了”，就在这时，神奇宝贝中心的们一下子被推开了，空木博士急匆匆的跑了进来。
“由基拉，没有事吧”，随意大木博士也跟着走了进来。
“小智。”还有小智的妈妈，花子也来了。
“来了就好，拜托你们先看一下由基拉的情况。”小智还没有完全从梦的疑惑中走出来，缓缓说到。
“交给我们吧！”空木博士慢慢的把由基拉从小智的怀里抱了出来，随后就和大木博士去检查由基拉了。
“小智，你还好吧”，小霞这时走过来，嘘寒问暖，毕竟小智抱了由基拉那么久。
“怎么了吗？小智。”花子这时候也走过来焦急的问到。
“我没事，就是坐的有点久了。”小智喝了一口小刚递过来的水，伸展了筋骨，表示自己没事了，不用担心。
“我去给你做最好吃的早餐。”花子看到小智有了好转的情况，就去早餐了，“还有，这个孩子过来一下。”临走前还拉走了拉迪亚斯。
“好了，小智，你不要担心了，由基拉现在已经没问题了”，给由基拉检查后，使用了一些药物，空木博士立刻对小智说道，因为他也听到了小霞刚才的话，知道小智非常的担心由基拉，所以告诉他由基拉没事了，好让他放下心来。
“你给他保持体温是正确的做法。”大木博士也随后说道。
“不过呢，体温跟意识都恢复了，但是它对外界的刺激似乎在抗拒。”空木博士看着还是闭着眼的由基拉说道。
“各位，我们先吃早餐吧！烦恼留到填饱肚子以后在想怎么样。”花子这时出来说到，背后跟着拉迪亚斯，拉迪亚斯用崇拜的眼神看着花子。
“说的也是，我们走吧！”毕竟他们看到小智的信息后就马不停蹄的赶了过来，昨天的晚饭都没吃多少。（其实是他们两个讨论问题忘了吃饭。）
“好吧！”小智也决定先离开，由基拉已经醒了，不过却不想睁开眼，让它先自己静静吧！“由基拉，加油，我不会放弃你的。”小智在离开的时候给由基拉的时候将温暖的波导传给它，进去它的内心世界。
“我想应该是由基拉在蛋里的时候，经历了噩梦般的事情，认为外界的世界都是充满危险的，所以它在抗拒。”在吃早餐的时候，小智将昨天的第一个梦都说了出来。
“这么说…小智跑到了由基拉的梦里面去了！”大木博士说到。
“原来如此，原来由基拉还不想承认自己的出身。”空木博士说到。
“空木博士，我想带由基拉出去看看外面的世界”小智这时候说到。