朱元璋知道他肯定自有见地，遂召入内室与之决策，刘基以为凡言降者或议逃者，都是为保住自己的地位，荣华，并出为他着想，应尽诛之，以免扰乱军心。
看朱元璋沉默不语，他又分析道：陈友谅骄气冲溢，目空一切，根本不把我们放在眼里，我们应利用其骄傲自满、听不进不同意见的时机，诱敌入伏，一举重创之，灭其锐气。
刘基说：“天道后举者胜，吾以逸待劳，何患不克，莫若倾府库，开至诚，以固士心，伏兵伺隙击之，取威制胜，以成王业，在此举也”。
正是在明国初创、百事待兴，又突临强敌、内部看法不一的危难紧急关头，刘基寥寥数语，拨开迷雾，点破形势，向朱元璋讲明了利害关系！
让他议定决策，团结人心，去为完成王业而进取。
至正二十七年(1367年)，参与制定朱元璋的灭元方略，并得以实现。共参与军机八年，筹划全局。
刘基不只是为朱元璋开创王业，安付出努力，在巩固明江山上，他也是拼尽了全力，(1367年)，朱元璋以刘基为太史令，刘基呈上《戊申大统历》。
荧惑星出现在心宿位，预示有兵灾祸乱，刘基请求朱元璋下诏罪己。
天气大旱，刘基请求处理久积冤案，朱元璋便当即命令刘基予以平反，大雨也就从天而降。刘基趁机请求建立法制，防止滥杀现象。
因为元朝顺帝作梦，得知真龙降生，一怒之下，三洗朱元璋的出生地，最后还是让朱元璋坐了天下，对于这件事情，朱元璋打从记忆时起，就记在心里。
一天，朱元璋正要处决囚犯，刘基便问是什么原因，朱元璋对他说道，昨天晚上，我作了一梦，醒来细想一下，觉得这梦不太好呀！
听到这些，刘基问所梦内容如何？朱元璋便将自己所做之梦一五一十的讲给他听，刘基细心的听完之后，面带微笑的连连摆着手说道：
“我皇，你错解了此梦呀！这是遇特别好的上上之梦，他暗示着你，是获得疆土和百姓的吉象，既然是好梦，万万不要乱杀！所以应当停刑等待。”
果然，三日之后，海宁归降，朱元璋很高兴，就将囚犯全部交给刘基释放了。
元至正二十七年(1368)即皇帝位，定都应天，国号大明。明王朝正式建立，授刘基为御史中丞兼太史令。
朱元璋即刘基皇帝位后，刘基上奏制定军卫法。当初确定处州税粮时，仿照宋制每亩加五合，唯独青田县除外，太祖万分感叹的说：要让刘伯温家乡世代把此事传为美谈。”
太祖巡幸汴梁时，刘基与左丞相李善长一起留守京城，以防身后兵变。
刘基受到重任，他认为宋、元两朝都因为过于宽纵而失天下，所以应该整肃纲纪，于是便下令御史检举弹劾，不要有任何顾忌，宿卫、宦官、侍从中，凡犯有过错的，一律奏明皇太子，依法惩治，因此人人都畏惧刘基的威严。
中书省都事李彬因贪图私利，纵容下属而被治罪，李善长一向私宠李彬，故请求从宽发落，刘基不听，并派人骑马速报太祖，得到批准，刘基便在祈雨时，将李彬斩首。
因为这件事，刘基与李善长开始不和。太祖返京后，李善长便向太祖告状，说刘基在坛土遗下杀人，是不敬之举。那些平时怨恨刘基的人也纷纷诬陷刘基。
朱元璋听到众人所奏，并没有立刻表态，因为当时正逢天旱，百姓困苦，太祖要求诸臣发表意见，刘基上奏说：
“士卒亡故者，他们的妻子全部迁往他营居住，共有数万人，致使阴气郁结。工匠死后，腐尸骨骸暴露在外，将投降的吴军将吏都编入军户，便足以协调阴阳之气。”
太祖采纳了他的意见，但十天过后仍不见雨，朱元璋找到了借口，故而发怒。
刘基看自己失去皇帝的信任，又正好赶上自己的妻子死了，所以刘基请求告辞还乡。朱元璋一看，既然大家都反对你，现在你又正好想伏尔加乡便应许。
明初刚建，太祖正在营造中都，又积极准备消灭扩廓。
刘基临走上奏说：”凤阳虽是皇上的故乡，但不宜作为建都之地。王保保不可轻视。”不久，定西之役失利，扩廓逃往沙漠，从那时起一直成为边患。
这年冬天，太祖亲自下诏，叙说刘基征伐之功，召他赴京，赏赐甚厚，追赠刘基的祖父、父亲为永嘉郡公，并多次要给刘基进爵，刘基都固辞不受。
刘基执法严厉，可从来不徇私情，有一次，太祖因事刘基画像要责罚丞相李善长，刘基劝说道：“他虽有过失，但功劳很大，威望颇高，能调和诸将。不能责罚他呀！这样就会让他的威望有所削减！”
太祖听到这话，含笑的对刘基说道：“他三番两次想要加害于你，你还设身处地为他着想?可见你的肚量之大，现在我想改任你为丞相。”
刘基一听，马上叩首说道：“这怎么行呢?更换丞相如同更换梁柱，必须用粗壮结实的大木，如用细木，房屋就会立即倒坍。”
后来，李善长辞官归居，太祖想任命杨宪为丞相，杨宪平日待刘基很好，可刘基仍极力反对，说：“杨宪具备当丞相的才能，却没有做丞相的气量。为相之人，须保持像水一样平静的心情，将义理作为权衡事情的标准，而不能搀杂自己的主观意见，杨宪就做不到。”
太祖又问汪广洋如何，刘基回答：“他的气量比杨宪更狭窄。”太祖接着问胡惟庸，刘基又回答道：“丞相好比驾车的马，我担心他会将马车弄翻。”
太祖于是说道：“我的丞相，确实只有先生你最合适了。”
刘基谢绝说：“我太疾恶如仇了，又不耐烦处理繁杂事务，如果勉强承担这一重任，恐怕要辜负皇上委托。天下何患无才，只要皇上留心物色就是了。这几个人确实不适合担任丞相之职。”
后来，杨宪、汪广洋、胡惟庸都因事获罪。
洪武八年（1375）正月旬，刘基感染了风寒，朱元璋知道了以后，想了想叫来胡惟带着有名气的御医前去探望他的病情。
因为胡惟曾经被朱元璋提名，能否当宰相时，刘基曾经直言说，此人担此大任，能将明朝的江山给搞翻了，这事传到他的耳中，便记恨在心。
当他带着御医开了药方，刘基也没有多想，觉得他一片好心，就照着单子抓药服用，那料到，喝完药之后，觉得肚子里好象有一些不平整的石块挤压在一起，让他特别的痛苦，这时他才反应过来，自己上了胡惟的当，中毒了。
二月中，刘基抱病觐见朱元璋，那时，胡惟正得势之时，很得朱元璋的器重，对于自己的事情，不便直言，就婉转的向他禀告了胡惟之事。
说，胡惟带着御医前去看病，吃了御医开的药之后，更加厉害了，真是怪事！