早在1853年，北伐太平军过安徽，破归德，围开封，渡黄河，京师受到直接威胁，清廷在北伐军胜利进军下十分惊慌，责令向荣加紧攻城，限夏末秋初之际收复金陵，以牵制北上之太平军。对于朝廷的谕旨，向荣不敢拒绝，但他心里明白，仅凭江南大营现有的兵力，在近期内攻下金陵是不可能的。他申述说：“攻城之法，城小可以合围，城大只宜声东击西，乘其不备，至于低有地道，高有云梯，或束藁以填壕沟，或囊沙以作阶级，此其大较也。今则九十六里之城，合围既力有不逮，其余各法，自五月以来，先后屡用，虽有小获，终未能破城大创。”
江南大营本来兵力无多，太平军北伐，西征后，又先后调出3000多名尾追太平军，兵力更形单薄，无可奈何之中，只得勉强应付。他挑选了3000余名精兵，亲自与之沥血饮酒，誓师破城。显然，这是做给皇上看的。偌大的金陵城，决不可能用此法收复。在江南大营建立的第一年内，向荣只是定期派兵对金陵进行零星的攻击，但这既不可能攻克城池，也不能使皇上满意，结果不断遭到咸丰帝的严责和痛骂：
“似此等打仗，不过谨免大败……若不能攻克金陵，汝亦无颜见朕。”
到1853年秋，向荣面前是强敌，上受皇帝严责，开始“通筹全局”起来。他左思右想，单靠江南大营本身的一点兵力，根本不可能攻克金陵城，于是他向皇上提出了攻克金陵的如意计划：等清军攻克上海（时上海为小刀会起义军所占领，江南大营又分兵前往攻剿）之后，调上海之兵先克镇江，然后移得胜之师归入大营，扼守金陵东北，再调江西江忠源之兵，扼金陵之南，调黄河以北胜保所部扼金陵之西，以各战船扼塞大江，四面兜剿，元凶即可授首。但根据当时情况，没有实现的可能。
此时，江南大营军务帮办江忠源，正在急忙对付进入湖北的西征军，江北大营帮办军务大臣胜保正忙在尾追太平军北伐军，对付北伐军，根本无法脱身，而且胜保因攻高唐不下，遭革职，遣戍新疆。向荣上书皇帝奏调的战船也尚无踪影。
6月，太平军将攻南昌，江南大营军务帮办江忠源，应江西巡抚张芾之请率部先期入城助守，采用分守城垛、对挖地道、构筑月城、抢堵缺口等办法，多次破坏太平军的“穴地攻城”。上奏清廷，请设长江水师以与太平军水师抗衡，对后来曾国藩组建湘军水师有一定影响，授官安徽巡抚。10月，以太平军西征军从南昌撤围西上，江忠源急赴湖北田家镇增防，被太平军老将曾天养击败，江忠源退至武汉。
此时，清军与太平军还在看不见的间谍战线上，互相渗透，打得惊心动魄，最有名的是清诸生张继庚，打入了韦昌辉部军营。
张继庚，字炳垣（也作炳元），江苏江宁（南京）人。其父是进士，湖南保靖县知县。张继庚少时，其父给他捐补诸生，幕游湖南。1853年，从布政使潘铎守长沙。
1852年后，张继庚随湖南布政使潘铎绕开太平军防线，冒险混进围城长沙，传递消息，抗拒太平军。围解后，张继庚返回江宁（南京）协助清军策划城防，四处奔走，不遗余力，并出资募勇丁千余人上阵抵抗。
1853年3月，太平军攻占南京，改称天京，一时朝野震动。张继庚经伍必瑞（清末湖北巡抚伍长华侄儿）帮助，混入北王韦昌辉（韦昌辉在白下路上的王府正是前湖北巡抚伍长华的故居）典舆衙教书。张继庚混入北典舆衙，常潜入水营，秘密串联，拜盟结义，纠集同伙，用“东王待粤人厚，待湘人薄”挑唆水营将士叛降，张继庚乘东王杨秀清眼疾发作的时候，派出一伍姓郎中，伪称能为东王杨秀清治眼疾，意图趁机谋害，却被天朝国医李俊良（原名李俊昌，为避韦昌辉名讳而改名，为广西乡间名医。1851年参加金田起义，后在“天京内讧”中被杀）识破，败露后伍某等人被杀。
张继庚曾随当县令的父亲长期生活在岳阳，会说一口湖南话，也通晓三湘风俗，在太平军中轻松游串。他挑拨驻扎下关老江口及三汊河的湖南籍水营士兵，与东王杨秀清亲兵互斗，并托人出城与江南大营清军主帅向荣相约攻城。还在清凉山后山密林里设了几个情报接头点，继而和混入织营为总制的江宁监生吴复成（一名长松）合谋，煽惑水西门、西水关将士和杨秀清部分亲兵以及织营等人员约3000余人入盟。
东王杨秀清及时发现了他们的举动，不仅杖责北王和张子朋，且厚赐唐正财，方才平息此次哗变。事后，张继庚继续潜伏南京城内。
张继庚改名为叶芝发，白天与贼躲起来，夜晚活动，尽得其虚实。知会钦差大臣向荣军至，因与诸生周葆濂、夏家铣及钱塘人金树本谋结贼为内应，而使金和、李钧祥、何师孟出报大营。有太平军张沛泽，异常悍勇，先是同谋，后来后悔，主动投案自首其事，夏家铣被处死，张继庚以假名幸免。
九月九日，复遣人上书清军江南大营统帅向荣，说：
“水西门贼所不备，有船可用，太平门近紫金山，越城亦易为力，缘城贼垒皆受约束。”
向荣得报，张继庚一发不可收拾，益结死士张士义、刘隆舒、吕万兴、朱硕龄等，以待大军。
七次向向荣上书，屡约屡爽。城中人情汹汹，事垂泄，张继庚哭着对其同党：
“事急矣，我亲自去见向帅！”
深夜，张继庚缒绳出城，进入清军江南大营，见到了向荣痛哭流涕，要求约期进攻南京，在场的清军各将皆被张继庚声情感动。张国梁欲留之，张继庚说不可，不按期归，就露陷了，表示在城内等大军等乘雨夜攻城，为内应。
1854年2月，金和等人假穿太平军服装的清军入城，与诸生贾锺麟等潜伏在神策门，入夜，杀巡更的太平军战士，用斧头砍断押张继庚的牢房木栅，摧毁过半，张继庚乘机得出，太平军惊走，准备架大炮，清军六品军功田玉梅及敢死士张鸦头率众上城，斩守城太平10多个人，太平军援兵到，田玉梅跳下城墙逃免。太平军在城中大肆搜捕，张鸦头被捕获，严刑拷打张鸦头，张鸦头不知道谁是主谋，太平军张搒揖捕张继庚。
军帅张沛泽遵从东王杨秀清密令，采取收网行动。张继庚潜逃至城西古林寺，被李容发和童子兵们抓获。
第二天，张继庚被押进城，半路上遇着太平军将领张沛泽，张沛泽立即大叫：
“这个人不能放，他就是叶芝发！”
张继庚被太平军战士押赴太平军大营，施加严刑，不为所动，突然眼珠子一转，故意顿了半天，才说：
“我是张炳垣，一个书生，哪里晓得什么事？张沛泽食鸦片，怕我揭发他，乃诬陷我。”
太平军搜察张沛泽，果然，张沛泽吸鸦片，于是杀了张沛泽，张继庚被押在牢房，也不得出。
杨秀清亲自审问张继庚。张继庚自知难逃一死，有意编造案情，离间太平军。
当时，原清朝庐州知府胡元炜投降了太平军，在太平军中任职，也在坐，张继庚站起来说对胡元炜：
“若不是老兄在太平军中当官，哪个不知江南人孱弱胆小，非老兄弟合谋，谁敢为内应者？”
胡元炜大怒，说：“你尽是瞎胡扯，我与你素不相识。”
胡元炜最担心的是上坐的东王杨秀清，如果杨秀清信了张继庚的话，此命休矣。
杨秀清虽然有豪爽的一面，本身也心胸狭窄，多疑，此时的杨秀清大疑，张继庚继续对胡元炜说：
“老兄弟，贼人大多说楚、粤人，是悍勇之士哟。”
杨秀清信了张继庚的话，杀了胡元炜，并要张继庚在太平军官员名册上一一指认，张继庚指认一个杀一个，横尸东门者34人。
34人，尽是太平军中的名人。
张继庚诬指天京太平军中若干两广籍、两湖籍将士为同谋，导致34人被错杀，这34人无一是张继庚的同党，均是太平天国的官员，等杨秀清意识到可能中了反间计，冤杀了一些忠勇将士时，为时已晚。
杨秀清恨张继庚牙根直痒痒，知道自己做了愚蠢之事，也不好说出来，只得暗自懊悔不已。
一个月后，间谍张继庚被公开处决。