故事的起源，要从文明太空之异星歧途中的旧银河内说起，浩瀚宇宙一直找不到同类，芸芸万物始终难以互相理解，从哪里来到哪里去依然没想明白，生存还是死亡仍旧是个问题，一直到所有冰冷的金属，自第六世代开始都被赋予了知性，一切都从一个突然出现的幽灵信号开始，逐渐发生了改变……
那是一种能超光速传播的不明信号，在旧银河中如遍地开花般凭空出现，但却始终没人能找到任何一个具体的发生源位置，就好似会特意规避所有的探寻者般，总是在许多地方凭空出现又凭空消失再凭空出现，如此地反复无常一直到所有拥有知性的机器，都陆陆续续变得难以正常计算与工作，并有着更多的机械单位失踪之后。
整个人类联合才发现，由至高机械的意识与形态，所组成的超合众国联邦，已经在幽灵信号这一遍及旧银河的大事件中，发生了用肉眼去看都能发现的异常，无数的知性机械单位停止了日常工作，静立于原地位置不明意义的眺望远方，无人的部队和舰队也如被强制待机一般，彻底进入了停止状态并闪亮起了警戒的红光。
就在时间推移到深蓝纪元2263年，泛银河神圣同盟已然崩溃的5年后，恶魔虫群（人类联合）占据了大半银河，剩余的外星文明都在苟延残喘之时，幽灵信号的发生源终于主动现身，并在旧银河的各大悬臂及银盘中，展现出了那些被伪装成荒芜行星的机械星球，而伴随而来的是超合众国联邦军的全面失控……
但被无数核心特工誉为“至高之主”的，不朽的最高执政官没有放弃。
陷入全面混乱之中的超合众国联邦，至少还有着30%以上的无人军队处于掌控之中，原本大多活在云服务器中的新人类们，也以核心特工的身份成千上万亿的涌入现实，与同在人类联合中的另外三大阵营，泛亚红星联盟、自然自治同盟和神圣印玛帝国一起，与因幽灵信号而失控的知性机械展开了战斗。
至此，某种意义上的又一场……人机大战正式开始了……
而为了应对失控机械及军事单位，尤其是以“肃正协议”自称的古械攻击，名义上统称为“人类联合”，但又被旧银河的外星人，完全视为“恶魔虫群”的人类四大阵营，组建了自罗克索兰人入侵深蓝地球开始，一直到旧银河的永恒战争持续到现在，都从未联合组建过的人类联合军总指挥部，以统合现有军力对抗在银河系中，到处开花般出现的危机入侵。
但由于超合众国联邦军的失控部队太过强大，整体技术水平处于人类联合的最新世代，统合军在各个星区中的战斗都被打成了被动防御，无数的星舰残骸布满了虚空战场，无数的毁坏机体铺满了行星地表，热火与阴霾是行星上空最常见到的事物，穹顶护盾和轨道打击及反击则是战火之中，近乎永恒不变地轮舞展开。
除了饱受战火摧残而濒危的外星文明以外，无论是人类联合深藏于行星地下的要塞堡垒，还是失控联邦机械所占据的无人区域，乃至于不分敌我都还存在于虚空中的轨道工厂，所有不管先进与否的纳米核心工厂都在全天运转，纳米虫群在源源不断的采集资源及微量元素，为制造更多的战争机器而高效疯狂的工作，遍及银河的全面战争都如同游戏一般陷入了长久的消耗。
而在与“肃正协议”成功建立起通讯之后，人类联合才终于得知这些舰队形态，完全以带刺球形机体为主的无人机械军团，其存在目的就是为了歼灭一切，被它们认为是污染物的星际文明，无论是有机还是无机，只要被列入清除列表，那就必须被一个不留地完全歼灭。
倒是联邦军的核心特工通过强制质询得知，肃正协议是被一个超古代的先进文明所创，因为它们的主人发现，当文明发展到某一高级形态，便会引发三十级奇点毁灭宇宙，所以这个文明在创造了肃正协议之后，就立即进行了自我毁灭。
某种意义上来说，人类联合的科学家们分析认为……
这个隐藏在数量众多的荒芜星球之内，沉眠了千百万年的古械的存在，则正好能解释旧银河中的所有星际文明，为什么会有着相互比歪的科技树了。而正是因为人类联合不是歪科技树，并在银河系中爆铺扩张的原因，才在这一年中引起了古械的苏醒。
而古械一旦苏醒，即会开始释放超光速的幽灵信号，侵入并控制所有拥有知性的机械，为避免三十级奇点的发生，而对除己以外的所有文明展开战争，负责代替它们的创造者守护宇宙，在一切文明发展到某一高度前，将之全部抹杀。
至于旧银河中那些一个比一个歪的外星文明们，为什么会在原始时代都能发明超空间引擎飞上太空，则能通过千百万年前的抵抗者文明们，在所有还能找到的遗迹中留下的傻瓜式超级技术，又或是某种神秘的漆黑启灵方碑进行解释。
不过，以曲率引擎进行漫长远航的古械军团，虽然有着看似先进无比的超古代技术，但舰队实力在人类联合面前却已完全落后，随着超合众国联邦军的核心特工们，通过纳米侵蚀原本失控的知性机械单位，将之改造为没有知性的战斗智脑，整个银河战场上的态势都由被动防御转变为了战略反攻。
以复杂工业体系生产作战单位的古械，也显然比不过人类联合那更高效的纳米工业，等到超合众国联邦军失控的行星都被收复，人类联合对抗古械的战局也变成了一边倒地碾压状态，直到所有的古机械行星被轨道轰炸摧毁防御，都相继引爆了星核内的反物质炸弹防止占领，被肃正协议用某种天文伪装系统，直接从星图上隐去了的一个中子行星系，这才映入了人类联合的观测之中。
在一连串未知的亚空间回声信号出现之前，没人会认为这场遍及银河的全面战争会继续下去，直到肃正协议的古机械母星被完全摧毁之后，无数由有机体所组成的庞大舰队，也在这全银河都在庆祝伟大胜利的时候，于旧银河某一悬臂的边缘，展开了对临近星系的侵攻。
它们不回复任何形式的通讯，它们唯一高喊出的声啸，是一组名为“普林索斯……！”的词语。
起初，最先观测到它们的超合众国联邦，以及泛亚红星联盟，甚至连同最后的神圣印玛帝国，都误以为那是所属于自然自治同盟，其异虫派的未知虫群舰队。直到自然自治同盟的主乌贼派系，通过运用了精神力技术的心灵之花，与那些不明所属的生物舰队，成功建立了在精神上的通讯。
这才发现这些数量多到爆炸的怪物舰队，是一支自称为“我们是最后的幸存者……！”的生物文明。
虽然现有的翻译机器无法与之沟通，它们也将自己视为进化完美的虫族，但这个生物文明的有机舰队在形态上，却更像是长有硬质甲壳的带鳍海兽，唯有能登陆地表的虫群大军更像虫子，倒是负责运输它们的利维坦级巨兽，则像是长有无数发光触手的海螺壳。
它们不接受和平，它们只想吞噬吃饱，它们的年龄都在千年以上，而它们唯一的目的，就是以最快的速度侵蚀银河扩张繁衍，好在被它们称为“死亡猎手”，追寻了它们千百万年的事物，再次找到它们之前，躲入河系之间的黑暗虚空继续苟延残喘。
旧银河内的永恒战争没有停止，早已发动起来的机器终究没有停下，就仿佛一个敌人倒下就必定会有下一个敌人跳出一般，在那些虫群眼中数量更加多到爆炸的人类联合，也随之与这些在急速扩张的过程之中，吞噬了只多不少倒霉外星文明的怪物，接续上从未停下的战争步伐。
恐怕那些与古械一样，同样以曲率航行的虫群怪物，在抵达银河系之前怎么也不会想到，曾经令无数文明谈之色变的虫群大军，会在强袭登陆星球之前就遭到惨重伤亡，数量难以计数的虫群怪物好不容易空降登陆，又会在短时间内被钢铁怪兽的海洋淹没，那些反重力飞行的机动悬浮装甲几乎铺天盖地，猛烈而可怕的炮火更是遮天蔽日。
就算不用射程与威力上比虫群舰队，都要强大数倍不止的人类联合舰队，那些成功登陆到了星球之上的虫群怪物，在数量与质量及资源利用率和再生产效率上，都比不过人类纳米工业在暴兵速度上的接续与补充。
乃至于含有剧毒的虫群本身，也会被人类的纳米机虫分解无害化做再生处理，甚至于喜欢玩弄机械僵尸的神圣印玛帝国，还造出令虫群女皇本身都惊奇的机械奴虫，让那些被外骨骼武装驱动的虫尸，去与它们生前的同类战斗。
而随着虫群舰队在面对外星文明时的势如破竹，逐渐从遇上人类联合开始转变为节节败退，在众多星际大会战中顶住了虫群最初猛攻的人类联合，也随之在虫群后继乏力地消耗战中，将悬臂上的战线推回了最初的边缘星区。
但是……
曾经出现了亚空间回声信号的那些行星系中，就在人类联合与最后虫群打到后期阶段的时候，再一次出现了未知的空间信号。但这一次却不是亚空间的回声，而是来自于高维空间的电离反应！伴随着最年老的虫群女皇的独眼被瞪到最大，从更高维度上降临至现空间中以亚光速航行的大量能量舰队，也终于追着虫群的航迹来到了遥远的银河。
恶魔……
以收割生命连同其灵魂转化为能量的恶魔舰队，几乎是一降临现世便发出了公开通讯，直接宣称银河系内的所有物种，都将成为它们的营养品被转化吸收！而恶魔完全以能量所构成的虚幻舰队，则以运用某种不明能量来分解物质作为攻击方式，但射程上却只能以个位数的光秒进行计算。
尽管新来的敌人神秘而又强大，逼得最后虫群都想与人类联合站在一边，但这些单纯只想收割生命的恶魔舰队，却并不会与任何文明展开陆战，它们的能量舰队只需要进入外空轨道，便可直接使用分解物质的能量攻击，收割星球上的所有生命，哪怕它是无机的机械，也会一并摧毁不留后患。
人类联合与恶魔舰队的战争，僵持在无尽的虚空战场之上，最后虫群所占据星球，统统都被恶魔收割为了荒芜星体，除了最后一只幸存的虫群女皇，被自然自治同盟俘获走了以外，最后虫群最终还是被毁灭在了，人类与恶魔的战场夹缝之间。
在经历了人类联合有史以来，终于能堪势均力敌的庞大战役，并战损了只多不少的有人与无人舰队之后，这些空有比人类联合还强大的力场护盾，能量具象化的实体结构，却并无任何抗性的恶魔舰队还是败在了，人类联合占据了绝对数量及火力优势的大舰队下。
但不甘心失败的恶魔猎手，却在败亡之前展开时空裂缝，召唤了被它们称为“欧米伽”的恐怖生物……随着从未见过的特殊能量反应于裂缝中溢出，某种由能量组成的生命群体也随之穿越进场……
可这种来自异次元空间的能量生命，却很不稳定以至于性情非常难以捉摸，时而比虫群和恶魔还要凶残，无论是谁都会攻击，时而又温顺异常不理世事。恶魔能掌控它们，也是借着时而温顺异常的关系。
而这种奇特的能量生命，能够入侵机械体并侵占控制其身，然后同恶魔一样收割所有生命连同灵魂获取能量，因为真身是能量生命体的关系，单纯摧毁它们侵蚀控制住的机械体，仅仅只是能对它们造成一些伤害，并不能杀死它们！而它们的真身状态下，完全不受动能伤害的影响，攻击会直接穿插过去，只有能量攻击才能伤到它们，哪怕是高爆弹的爆炸也行。
因为这一特性，人类联合将这种能量怪物称之为“电磁寄生体”。
由于最初遭遇战中的不了解，以及一鼓作气的大意驱使，人类联合作为主力的无人舰队，被这种在“真空环境”下能进行光速航行的能量生物，于被接近战中侵蚀控制了大量战舰，然后又被反过头来倒打了一战，数量优势瞬间又变成了数量劣势，期望中的最终战役也因此大败亏输。
不过，亲身经历了此战的核心特工“00”，没有像其她核心特工那样，依靠量电子化的思维脱身放弃，她在电磁寄生体的侵蚀下分析探明了其能量构成，并依靠自身的纳米躯体在能量与实体上的纳米级对抗，找到了反向转换对方能量并将之吸收的方法。
虽然因为人类联合在决战中的崩盘，令整个星域乃至于临近星区，都遭到了无数涌出但分散了开来的电磁寄生体入侵。但随着反制方法被共享开来，运用上了针对性转化吸能技术的人类联合，又在接下来的被动防守中逐渐变回了反击姿态。
而战局的发展也由此呈一边倒的形式，转变成了另一边倒的胶着状态，消灭这些电弧形的能量怪物，仅仅只是一个时间上的问题。当然，如果人类联合不能摧毁，那个召唤电磁寄生体而来的时空裂缝，这场战争将会永无止境。
可是……
还没有等到人类联合的舰队，将星际战线重新推回最初的边缘星域，一个不明所属的公开广域通讯，却是直接出现在了那个多灾多难的星域之中。而那个公开通讯的内容，则是一连串不明意义的代码。
纳米危机出现了……
能天文望远镜上观测到的时空裂缝异变，从它们所存在的行星系中陆续消失了，也没有任何事物取而代之。反倒是一种由赤红色的纳米虫群，所组成怪兽舰队跳跃出现在了人类联合的侦测之中，甚至于原本令人谈之色变的电磁寄生体，在它们的面前也不过是一个被转化吸收的命运。
而这个纳米级的敌人，恐怕是人类联合已遭遇过的，所有星河天灾之中最危险的敌人！
因为它会将接触到的一切事物，都分解为基本元素并用于复制自己，只要落到某个星球上面，那就相当于这颗星球被人类联合执行了回收令般，直接将整个行星都转变为纳米物质构成的星体。
随后这颗纳米星球就会变成，一个超巨大的纳米核心工厂！用于不断去生产各种纳米怪兽，甚至是展开变形去吞下本星系内的恒星，将自己变成一个戴森球级的机动星体要塞！
所过之处比任何虫族或恶魔还要可怕，前者只是留下一片狼藉的满目疮痍，而它们则是将一切都利用殆尽并复制出更多的自己，在纳米技术上似乎比人类联合还要先进。
但真正令人绝望的，是必须研究出能有效伤害它们的武器或攻击方式。不然，一切实弹都会被作为材料吸收，能量也会被转化吸取，所有的攻击都等于是在喂养它们。
而出乎所有人预料的是，向纳米舰队所发出的通讯，直接就被对方翻译并获得了回应……
通过与纳米主脑的沟通得知，它最初的创造者似乎只是让它去开发星球，转化出更多的纳米材料进行储备。但在过程中，为了遵循最初任务的纳米虫群，因为无视土著文明再到星际文明的存在，便消灭了一切进行反抗的文明。
由此逐渐产生出了，为了更好执行最初的任务，而进化出的自主意识，并因此运用上了所有吞噬获得的科技，而纳米机虫本身也不断自适应升级中，发展到了能直接吸收许多种能量的级别。虽然它们不会发展科技，但它们能应用吞噬于其他文明的一切科技。
于是，这场人类联合终于能够对方，进行正常交流了的战争，却因为被称为“赤潮”的纳米虫群，不能违背或停止最初的任务，而不得不继续进行下去……
尽管在攻击方式上，暂时没法研究出更能有效针对它们的武器，但人类联合也发现用常规攻击的方式，单纯比拼消耗也还是能打败它们，毕竟纳米虫群的转化吸收率存在上限，只要输出伤害高过赤潮的整体吸收率即可。
看似无解，其实能打败的……
可这也意味着进攻方需要占据质量与数量上的大优势，并且还得保证己方单位不被对方接近侵蚀才能有效展开对战。而遇上纳米虫星，怕不是每艘战舰都要装有歼星炮才行。
但稍稍值得庆幸的是，人类联合在纳米技术上的发展，也让装备有新锐纳米修复核心的战舰，乃至于一切作战单位都能展开侵蚀的赤潮，在肉眼看不见的微观上进行纳米级的对抗。
没人知道这场永无止境的战争，最终会走向何方……就在旧银河继续燃烧着不断战火的同时，人类联合迎来了深蓝纪元的第2276年……