原有历史上，因为河工，导致了民愤，红巾军的领袖人物韩山童、刘福通、徐寿辉等人借机起义。因为头裹红巾，故名。又因为他们结香炉而拜，也被称之“香军”。前文已经提及，那借宗教名义到处传布反元活动的韩氏父子已经被除掉，齐王本以为又拿了朱氏兄弟，这场大规模劫难就此给挖了墙角，不可能继续发生了，没想到，因为自己出了问题，又身在海外，问题还是暴露出来了。
如果追究元朝农民大起义的根源，主要还是因为阶级矛盾，加********引起的。首先是当年的元朝统治者把所有国民划分为四个等级，作为统治阶级额的贵族阶层，蒙古人和色目人残酷奴役压榨，盘剥百姓，而自己却大占土地财货，生活腐化堕落。又把广阔良田改为牧场，大量农民失去土地，天灾之下，饥民饿殍遍地，流民无数。大臣伯彦就得赏赐土地就两万多顷。大批百姓成了富户贵族的私婢，地位近似奴隶。
加上统治者挥霍无度，到处搜罗民间财宝美女，天天供佛炼丹。致使国库空虚，财政入不敷出。为解决财政危机，又滥发货币，通货膨胀，社会更加混乱。加上黄河连年失修，多次决口，民不聊生，出现了流民“死者已满路，生者与鬼邻”的悲惨局面。正如当时的歌谣：天高皇帝远，民少相公多。一日三遍打，不反待如何的口号。
此时的脱脱一旦大权在握，倒也继续第一次为相时候的政策，严格清明吏治，减轻对百姓剥削，大修文史，启用汉人学子儒士为官，吏治倒也为之一新。但是所谓病入膏肓，矛盾到了火山口上，几欲喷发的关键时刻，一个火星就会引发汹汹烈火，而这火星子可不是一点点的问题，而是比较大的火苗子。
话说为了解决河水泛滥问题，朝廷征调了十数万百姓就行整治，本来已经积郁的愤懑越加严重；再是为了解决财政危机，统一混乱的币值，脱脱坚持实行变钞，结果逼近没能解决问题，还因为不通经济财政，迅速导致了通货膨胀，百姓怨声载道，新钞几乎成了废品，民怨加大。
治河变钞就是起义的引子，而刘福通起义的导火索却是因为当时负责修治黄河的钦差贾鲁一己之私。
贾鲁，（今山西）人，元代着名的河防大臣，也是一位在治理黄河上卓有成效的水利专家。曾经奉诏修辽、金、宋三史，担任宋史。贾鲁担任中书省检校官、行都水监，1351年，被任命为工部尚书，总治河防使，亲自带人修筑黄河。
有野史称：贾鲁考察河道至颍上，受到巨富刘福通家招待，结果相中了刘家的一头白鹿，当做珍禽异兽。向刘家索要，遭到了拒绝，顿时怀恨在心，更改了原定河道，将刘家宅院划入新河道之内，致使刘家造成了惨重的损失。
此时，青年刘福通任职于镇上。因为生性豁达，豪爽无私，结交忠义之辈，又聪明过人，曾经拜白莲教韩山童为师。正当贾鲁征发徭役治河，又损毁了自己家产，怨怒之下马上举起义旗反抗。
刘福通首先在颍州率众起义，他安排人在河道里埋好了一个石头人，上书“莫道石人一只眼，挑动黄河天下反！”又派出信徒四外活动，杀黑牛白马立誓，组织发动起义。迅速攻克颍州城，点燃了大起义的烽火。接下来进军河南，占朱皋，据仓栗，破罗山、真阳、确山，声势大振横扫豫南皖北之地，不几个月时间队伍达到二十万人，先后大败元军主将赫斯虎赤，斩大将巩卜班。丞相脱脱眼看朝廷大军屡败，只好派了身为御史的自家弟弟也先帖木儿率领大军三十万南下镇压。结果也先力战屡败，最后逃回京师。
汉人地主李思齐，河南罗山人，因为巴结蒙元贵族，得以发家。当义军烽火连天，马上组织私兵抵御。与乃满氏出身的察罕帖木儿一样组织武装，并且联手起来，偷袭了罗山红巾军，二人以此升职，并逐渐发展为元末着名军阀，这是后话。
遭到重创之后，刘福通退守亳州，杀元将八秃，攻占安丰，围攻庐州。以大宋大将后人自居，奉宋末代皇帝子孙完普为“小明王”，建立大宋政权，年号龙凤，与罗文素同为平章。在此影响之下，全国各地纷纷响应，其中规模比较大的包括：浠水徐寿辉、安徽萧县的芝麻李、南阳的布王三、荆樊的孟海马、凤阳的郭子兴等。
“通令下去，要各省、路府州县官员，组织军力，首先严守防区，不得被贼人所乘；同时嘉奖李思齐、察罕帖木儿诸位效命志士，节制所控制区域兵马，为朝廷效力。”随着脱脱丞相一声令下，首先是李思齐、察罕帖木儿得到重用提拔，分别被任命为河南行省平章、江淮行省平章，为此，二人名正言顺之下，也更加卖力与义军展开争斗，短时间之内倒也互相处于顶牛状态。
“公主，合木法师下落不明！”一身劲装打扮的突突闯进了萨尔不花的临时驻地，也是近期秘密指挥各路齐王嫡系亲信的指挥部，原太平王府，现在的齐王府。身后接连来了小厨子、壁虎、十六虎卫中的七八个，以及明修栈道，暗度陈仓，去而复返的老乞丐等一众怪侠。
“汉拔拓大叔，请您和大家说说吧！”萨尔不花倒是没有托大，因为面对这些精英，自己无论功夫、资历、还是威望智谋，都不算是其中翘楚，只好借助于探访自己祖先的故地之后回到京师的汉拔拓。
后者也没客套，指着挂在墙上的地图说道：“与大都督，奥与众位高人分析朝廷内外形势之后，老夫以为：朝堂之上暂时无忧；地方上义军虽然来势凶猛，但是主要集中于江淮行省与周边不多地域。北面有京畿重兵，南面江浙、湖广、广东等地都是齐王殿下整肃过的区域，不仅政治清明严肃，民心也相对稳定。尤其是新军力量最为雄厚，估计不会有什么大事故。至于西、西南川滇地区，云南有麦麦提珠儿总督坐镇，川境也新换了清明的军政首脑，也可以无忧，余下的就只有两个需要警惕的地方。”汉拔拓头头是道讲完，众位都是点头称善，只有因故来京，恰逢其会的小六子没有表态，而是盯着大叔问道：“大叔您说完，都是那两个地方需要警惕？”
“一是保护好宫内安全，不要被贼人所乘，据说这可是有过教训的；这第二吗，自然是注意周边几个新区域的安定！”汉拔拓大叔干净利落地说道。
“末将以为，汉拔拓大叔分析的都对，但那是近期表面现象。”一句话震惊了几十位老少精英，众人不自主惊讶盯上了他。
“记得师父曾经教诲：看问题不要只看表面，而要看内里；分析问题不仅要分析局部，二要兼顾全局。”小六子站起身走到地图跟前，盯着看了一会，转身说道：“刚才大叔分析的没错，但是那是暂时的局面。先说朝堂之上，脱脱丞相上位，并非众多德高望重的大臣共议，而是个别人，尤其是一股暗势力推动的结果，当然还有后宫的支持。就此而言，朝堂上并非我们看到的一团和气，而是暂时隐藏了尖锐矛盾。加上脱脱少年气盛，上台伊始马上变钞治河，引发了这场蓄谋已久****，又打击曾经的政敌，甚至忠厚正派的太平相都不放过，你们说，这能够服人吗。”
“最为严重的，擅自任命没有指挥大军团作战经验的也先帅几十万大军出征，结果一败涂地，折师失地，正成为了政敌和其他势力的借口，这是隐患之一。”
看到众人陷入沉思，稍停之后，小六子分析道：“地方上，义军势力暂时处于低潮，但是并没有被消灭。大叔所说的几个地区也许不会有大问题，但是纵观历史，这反叛和起义总回避不了一个政治因素，那就是正如义军旗号所打出的：直捣大都。换句话说，他们的领导者一定会为了振奋人心，或者牵制朝廷力量，必然派兵北进。即便这京畿地区暂时无忧，但是两翼呢？”小六点了两个地区，众人顿时开始信服起来。