清初因防郑氏，海禁甚严，然通商本系两利之事，所以台湾平后，海禁即开（当时广东海禁虽弛，福建人仍禁出海，清世宗雍正五年〈1927〉，闽督高其倬奏：福建地狭人稠，宜广开其谋生之路，如能许其入海，则富者为船主、商人，贫者为舵工、水手，一船所养，几及百人云云，廷议许之。福建出海之禁始解，观此即知通商之利）。康熙二十四年（1685），在澳门、漳州、宁波、云台山设立海关。二十七年（1688），又于舟山设定海县，将宁波海关移设其地。外商以习惯，仍趋重于广东。时税制既不整饬，官吏又私收规礼，卖买则为特设的行商所专。行商入行时，取费颇重，有至二三十万两的，其事业既系专利，并不靠才能经营，所以其人率多骄奢淫逸，亏累之后，则取偿于外商，税收规礼之数，既由其决定，出入口的货价，亦由其专断，外商多恶其垄断。而中国官吏，把收税和管束外人之事，都交托他，所以行商不能取消，外商无可控诉，乃改趋浙江。高宗乾隆二十二年（1757），因虎门、黄埔，在在设有官兵，较之宁波可扬帆直至者不同，又命明年驱归粤海。时英商务业已盛大，乃于乾隆五十七年（1792），遣马甘尼（George Macartney）前来，要求改良通商章程（所要求的为在北京设使，开放宁波、天津，于舟山及广州附近，给与居住之地，并减轻税项等）。时值高宗八旬万寿，清人指其为祝寿而来，赐以筵宴礼物，给其国王敕谕两道，于其所请求之事，一概驳斥不准。乾隆末年，东南海盗大起，至嘉庆时尤甚。其时拿破仑方图独霸欧陆，发布《大陆条例》以困英。葡萄牙人不听，为法所破。英人怕其侵入东洋，要派兵代葡国保守澳门，乃以保护中英葡三国贸易，助中国剿办海盗为词，向中国陈请。中国听了，自然觉得诧异，严词拒绝。嘉庆十三年（1808），英人以兵船闯入澳门，并派兵300人登岸。时粤督为吴熊光，巡抚为孙玉庭，遣洋行挟大班往谕（东印度公司的代理人，中国称为大班）。英人不听熊光命，禁其贸易，断其接济。英人遂闯入虎门，声言索还茶价和商欠。仁宗谕吴熊光：严饬英人退兵，抗延即行剿办。熊光知兵力不足恃，始终不肯决裂。乃以退兵为先决条件，许其贸易而去。仁宗怒其畏葸，把熊光、玉庭都革职，代以百龄和韩葑，管理外人愈严。二十一年（1816），英人再遣阿姆哈司（Amhenrst）来聘，仁宗遣使往迎，其人挟之，一昼夜自通州驰至圆明园，国书衣装都落后，明日，仁宗御殿召见。英人不得已，以疾辞。仁宗疑其傲慢，大怒，命将其押赴广东，旋知咎在迎迓的人，乃命粤督加以慰谕，酌收贡品，仍赐英王敕谕，赏以礼物。然英人所要求，则一概无从说起了。总而言之，当时通商之局，积弊甚深，而中外之间，隔碍殊甚。断非寻常交涉，所能加以调整。道光季年兵祸，业已隐伏于此时了。
第二节 近代基督教的输入
通商的交涉，隔阂如此，而传教一事，尤为引起纠纷之端。中国历代，外教输入的不少，就是基督教，当唐朝及元朝，亦曾两度输入，然皆无甚影响。到近代，其情形乃大不相同。此由其一则挟科学以俱来，二则有国力为后盾。以国力为后盾，乃是五口通商以后的事，自此以前，仍系纯粹的宗教事件。
首先到中国来传布基督教的，是旧派中的耶稣会，中国人称为天主教。耶稣会以1552年，即明世宗嘉靖三十一年成立。著名的教士利玛窦（Matteo），以1580年，即明神宗万历八年到澳门，久居广东的肇庆，至1598年，即万历二十六年，乃至南京，结交士大夫，旋入北京，朝见神宗。1600年，即万历二十八年，神宗赐以住宅，并许其在北京建造天主堂。当时徐光启、李之藻等，佩服其科学，因亦相信其宗教。而南京礼部侍郎沈漼、给事中徐如珂等攻之，神宗初不听。万历三十八年（1610），利玛窦死，攻击者愈烈，四十四年（1616），其教卒被禁。教士都勒归澳门。是年，清太祖叛明，四十六年（1618），召其人制造枪炮，教禁亦解。时历法疏舛，而深通天文的汤若望（Adam Schaal）来华。思宗崇祯二年（1629），徐光启荐其在历局服务。十四年（1641），新历成，未及行而明亡。清人入关以后，汤若望上书自陈，诏将其历颁行，定名为时宪书。汤若望和南怀仁（Ferdinand Verbiest）并任职钦天监。此时的天主教，虽亦有人信其教理，然得以推行顺利的，实在还是靠科学之力。
宗教是富有排外性的，虽然借科学为辅助，得以传播，究竟免不了一番剧烈攻击。当时攻击西教最力的，是习回回历法的杨光先。但光先所攻击的，并不是其历法。据他所著的《不得已书》，他所怀疑的，是教士不婚不宦，不远万里而来，疑其必别有所图。他说：制器精者，其军械亦精。任其出入无禁，各省的山川形势，兵马钱粮，无一不为所深悉，异日必成中国的大患。所以他主张宁可中国无好历法，不可使中国有西洋人。此等主张，在今日看起来，似乎可笑。然在当时，实是应有的疑忌，并不足以为怪的。清圣祖康熙三年（1664），他的攻击得胜了。汤若望等均遭罢斥。即以光先为钦天监监正。光先自陈：知历理而不知历法，再三辞谢，当局者不听。反对西教的人说：这是当局者有意陷害他的。到六年（1667），到底因推闰失实，获罪遣戍，不久就死在路上。反对西教的人，又疑其为教中人所谋杀。此等推测之辞，固难据为信史，然亦可见教中人和教外人隔阂之深了。
杨光先既得罪，南怀仁再为监正。清圣祖是个爱好学问的人，对于科学，亦颇有兴趣，生平任用西教士尤多。然其文集中，论及西洋各国，亦说千百年后，中国必受其累。后来同治年间，倭仁上书谏诤，引用此语，谓圣祖的用其法而实恶其人，这不能算是倭仁的曲解，可见圣祖的用意，实与杨光先相去无几，不过不取激烈的措置罢了。此可见西教与中国人之间隔阂仍在，仅因技术上的需要而见缓和。一旦教理上的争辩发生，自然终不免决裂了。
利玛窦等的传教，不禁教徒拜天，亦不禁教徒拜祖宗，拜孔子。他说：中国人的拜天，乃敬其为万物之本。拜祖宗，系出于孝爱之诚。拜孔子，则敬仰其人格。并非崇拜偶像。其人皆习华语，通华文，饮食起居，亦都改照华人的样子。所以中国人对他，不生异教畏恶之感。然他派的教士，颇有不以为然的，讦之于教皇。1704年（康熙四十三年），教皇派多罗（Tonrmou）到中国来禁止。圣祖与之辩论，多罗不服，圣祖大怒，将其押赴澳门，交葡萄牙人看管，多罗忧愤而死（1454年，即明景帝景泰五年，教皇命葡萄牙王保护到中国传教的教士。嗣后教士东来的，必得葡王的允许，虽非葡国人亦然。1683年，即清圣祖康熙二十二年，法人始自设教会于巴黎。明年，遂派教士东来。西班牙的教士，则先以1630年，即明思宗崇祯三年到中国，后来向教皇攻击利玛窦一派教士的，就是西班牙人。法国教士也附和他，多罗被派到中国来时，知道和中国人交涉无益，乃自请为总教，希冀教士听他的话，然仍无益。圣祖把多罗送到澳门，命葡人监视，葡人因其为教皇所派，又以主教自居，和他的保护权有妨碍，所以拘禁之甚严）。1713年（康熙五十二年）教皇解散耶稣会。1718年（康熙五十七年）又命处不听的教士以破门之罚。于是教士不复能顺从中国的习俗，隔阂愈深了。先一年（康熙五十六年，1717）碣石镇总兵陈昂奏天主教在各省开堂聚众，广州城内外尤多，恐滋事端，请依旧例严禁，许之。世宗雍正元年（1723）闽浙总督满保，请除送京效力人员外，概行安置澳门。各省天主堂，一律改为公廨（明年，两广总督孙毓珣，因澳门地窄难容，奏请容其暂居广州城内的天主堂，而禁其出外行走。许之），亦见听许。自此至五口通商以后，教禁解除之前，天主教遂变为秘密传布的宗教。
著《中西纪事》的夏燮于教禁解除以后，服官赣省。先是高安县有育婴会，由教中人胡姓掌管，诸生吴姓将女送入会中，长成后赎取。会例：女婴赎回，须立约，载明仍由教士作主，指配信教之家。胡姓欲以女配己族中信教之人，吴姓欲自行择配，遂至涉讼。其时夏氏奉委办理教案。教士托其代求大府，迅饬瑞州府审结。夏氏诘以收养之女，定要指配教内人，江省安得有此从教相当的男女？又岂能以从教之故，令其远适异域？教士笑道：“江省何县何乡，无我教中人，君不知邪？”观此，可知所谓教禁的有名无实（此节所引《中西纪事》，见《江楚黜教篇》。此篇又谓教禁未解时，抚州城外，有法人，在义冢旁赁屋一区，常以黑夜传教。又谓抚、建、袁、瑞、临、吉等处，亦多似此。吴城东菜园教堂，直至道光时，乃为新建知县所毁。又于望湖楼下改设。咸丰五年〈1855〉，为水师统领彭玉麟所毁）。然究不能公然传布，遂起教外人揣测之辞。夏氏引时人的记载，谓佃民有归教者，必先自斧其祖先神主及五祀神位。又谓归教者有疾病，不得如常医药，必其教中人来施针灸，妇人亦裸体受治，死时，主者遣人来敛，尽驱死者血属，无一人在前，方扃门行殓，殓毕，以膏药二纸掩尸目，后裹以红布囊，曰衣胞，纫其顶以入棺。或曰：借殓事以刳死人睛，作炼银药。又谓其能制物为裸妇人，肌肤骸骨、耳目、齿舌、阴窍无一不具。初折叠如衣物，以气吹之，则柔软温暖如美人，可拥以交接如人道，其巧而丧心如此。夏氏亦谓其男女共宿一堂，本师预目其妇人之白晳者，授以药饵，能令有女怀春，雉鸣求牡。又谓近传其有取婴儿脑髓室女红丸之事。道家修炼，其下者流入采补，固邪教所必有。案采补炼金等事，本中国邪教中所谓邪术淫乱之事，秘密的宗教中，亦往往有之，此皆其古时代之留遗（古人不知生殖之理，以为“生人之质”，能摄取之，必极补养，所以有采补之术。又以为金之质最坚，倘使构成人身的质料亦和金一般坚，则必能历久不坏，所以方士炼丹的，都很看重黄金。《抱朴子·内篇》中，即充满此等思想。男女禁防之严，乃在家族主义成立之后，然当家族主义初成立时，妇女之专属于某男子，只在平时为然，至公众集会时，则仍回复其得与一切男子，自由交接之旧。宗教上的圣地，总是公众集会之所；宗教上的节日，亦是公众集会之时，所以历史学家，推论卖淫制度的起源，都以为最早的是宗教卖淫。其实这并不是卖淫，不过是原始的两性关系，未曾破坏的罢了。此项习惯，亦遗留甚久。所以所谓邪教中，恒有男女混乱之事），天主教实无其事。然众不可理喻，而秘密的事，亦不能禁人之揣测。天主教秘密传播，既经过相当的时间，自然会造成此等诬罔附会之辞。信之者既众，其说遂猝不可破，成为后来闹教的一个因素了。
第三节 康雍乾时的中俄关系
旧一些的书籍，说起当时所谓洋务来，总把通商传教并举。诚然中西初期的交涉，不外乎这四个字。但俄罗斯却不然，它和中国的交涉，是最初便有政治关系的。
中国历史上，侵掠的北族，大率来自蒙古方面。更北的西伯利亚，因其地太荒凉，不能有甚影响。到近世，欧洲的俄罗斯发达了，转向东方侵略，而西伯利亚之地，遂成为亚洲诸国的一个威胁。这也是历史上的大变局。