所谓“致知在格物”者，申明“良知”之所由启，在一“格”字。格者，格去非心也，《孟子》曰：“唯大人为能格君心之非。”（见《孟子·离娄上》）“物”者，有形象之物也；离种种象，而非心自格，不仅单指物欲而言，与“克己复礼”、“天下归仁”（见《论语·颜渊》）意义略同。盖道心微，而人心危，人心即是住于四相、六识之心，因有以求有者也；道心乃心之本体，虚灵不昧，即色即空者也。人因情识而生妄心，因妄心而生贪求，于是身外之物，反成心内之梗。不知色身之为赘瘤，而日谋所以营养之道，后天食色气质之性，遂夺先天元神之位，而为身心之主。不惟良知沉没，不可复得，即无形中之知觉，动时亦带识根，转眼即流于知识境界。此非一朝一夕之故，其所由来者渐。修身之道，必先于此着力，仍须渐以习之，格去知识，而恢复其本来自动之知觉。由此知觉，积为良知，为可必致之事，故曰“致知在格物”也。观此“在”字，下得极重，当然为学者必经之阶级；而“格物”二字，其义颇广，即探索阴阳之理，造化之原。举凡宇宙万物，何以有生？何以有死？各就其自然之性而格之，知万物生化之理，各具一格，而无出于自然之格者，则明德之义，大明于天下矣。古者以道为统，尧舜心传，即是统系，本公之天下者也。故曰“欲明明德于天下”，必自格物，以还致其良知始也。良知返还，乃有一旦贯通之望，而放之六合，退藏无形，参天地而育万物者，亦惟与“明德”同体之良知莫属也。
下节“物格而后知致”，反覆明上节之意，“自天子以至于庶人，壹是皆以修身为本”，“修身”即大人之学也。必此学已成，而后可以为政，古来道统之重，于兹可见。至谓“本乱末治”者，即言学者须从根本下手，无论末流或千或万，而其本总归为一，明“明德”之用，则知万物皆出于此，以约要博，治天下自如指掌。若舍本逐末，终日纷纷于有形之物，徒启识神之扰扰，不惟无益，而又害之也。“厚”、“薄”从“格物”而言，对物欲厚，则元神薄而无矣；薄即淡也，“游心于淡”即此意，能将浓厚之物欲，由薄而淡而去尽，则格物之工夫到矣。“日日新，又日新”，即“日新其德”之意。人生久用识神，去识神而用元神，可谓去旧换新。《易》曰“革故鼎新”（见《易·杂卦》），即去旧而辟新鼎、安炉立鼎之意，鼎即元神也。唯去物欲，一诚不已，方能成鼎，而元神复来。“日”者，一层新一层之意。“克明峻德”，峻者，严也，高也，尊严而高深，与道家之说“至大至深”，“深渺而不可测”之意相同，亦曰“至大至刚”，所以曰“峻”也。“君子无所不用其极”，格物到极处，方生良知，知到已致之时，方来元神。又动极生静，静极生动，惟极处方能生造化，如太极之动静循环也。人生顺逆，皆不离太极；修道盖欲逆修，以返于太极也。仁、敬、孝、慈、信为五行，即人性，以配五行，则仁为木，敬为火，孝为金，慈为水，信为土。学道者须“损之又损”，先损后有益，所以云“如切如磋”，因识神须格之去之，损之又损也。识神去则元神来，先损后有益，又须“如琢如磨”，如雕玉成器，渐雕渐磨以成之。“恂”、“威仪”，表见于外者也，学道之君子，须外修威仪，而内存戒慎。“谦谦君子”，战兢自守，到此方为“盛德至善”，百姓向之，而“不能忘”矣。“盛德”即“明德”，明、盛皆为最好之意。人生人人皆应修道，根本之金性，人所同具，久久用功，自能返还，所以云“没世不忘也”。
“所谓诚其意者，毋自欺也。”七情六欲，皆为自欺。人心本体，寂然不动，而物欲诱之，时时外驰，因外诱而动，是谓“自欺”。诚意在不自欺，欺心去，而物欲方能格去；“毋自欺”，先在“慎独”，独即独立。其为物不贰，即为独为一，一即元神真意。其为物不二，方能生物不测，若识神则多而非矣。“君子”即学道之君子也，道成方为大人君子。对于自己在守独，独即“一而神”之“一”，一即虚也。慎独在葆元神，在严防物欲之侵入，故曾子曰：“十目所视、十手所指。”盖严乎其防也。“十”为“目所视”，“十”为“手所指”，“十”字处应断句，“视”为静，而“指”为动。动、静不离乎“十”之处，方能心广，广者空洞之意。“心广”方能“体胖”，即面目光润，四体舒适之意。《易经》所曰“美在其中”，即“心广”也；“达于四肢”，即“体胖”也。不为物欲侵害，因去识神，而慎独故耳，诚乎中，形乎外，必然之事也。然去物欲，至若何程度？《孟子》曰：“大人者，不失其赤子之心也。”赤子为未满三岁之小孩，三岁以上为孩，不满一岁为婴。心如赤子，物欲无而空洞无物，即大人也。能不失赤子之心，能心如赤子，则意已诚矣。《康诰》曰：“如保赤子，心诚求之。”赤子之心，一心无二心，心诚求之，则得之矣。“诚”字功用甚大，上至于为佛、为仙，皆诚也。《中庸》讲“诚”字亦最多，“诚则明矣，明则诚矣。”“自诚明，谓之性；自明诚，谓之教。”童体修真为“自诚明”，明即明心见性也。“自明诚，谓之教”者，先须致知格物，穷理尽性，在先格去识神，返还元神，故谓之“教”。童体心诚，只要收束诚心，不往外驰，即明矣。明即得慧，得六通也；破体者，先须穷理，方可得诚而明，所以云“自明诚”。又曰：“诚者，天之道也；诚之者，人之道也。”（见《礼记·中庸》）天道即是性道，性与天合德，天命之性，保之为道，上德是也。“诚之者”，后天之人，已有物欲，不能不于“诚”字下一番工夫，即“格物致知”是也。所以下曰：“惟天下至诚，为能尽其性。”即大人已得“赤子之心”而生慧，方能尽性而见性，性即自己之性也。既见自性，方可见人之性，即宿命通，更得他心通；“能尽人之性，则能尽物之性”，即“六通”之神境通也。到此，则天上地下，无所不通矣。其次序由诚而至诚，因而宿命通、他心通、神境通，由至诚而得六通，为“六通神仙”，自可以补助天地之化育。因其性归空，与天地一体，所以能赞化育，而参天两地也。参者三也，参天地为三才；参天两地为五行。天地有资始资生之能，大人与天地同其虚灵之体，亦有资始资生之德，而参赞其化育，所以能合天地而成为三才，董子曰“通天、地、人之谓儒”是也。由诚意到至诚，童体易修，而破体者难，于是另辟仰企之道，即《中庸》曰“其次致曲”是也。下德不能诚，先须“致曲”，曲者偏也，即专其心偏于一。专心致知格物，一心一志，以复其诚，纯一不已，即“自诚”也。所谓“至诚专密”者，“专密”二字，即“致曲”之意。盖人心欲重，不先去其杂念，而专一之；收其放驰，而密藏之，何能达于至诚也？在“大人之学”上，，格物至尽，即能有诚，所以云“曲能有诚”也。“诚则形，形则著，著则明，明则动。”“形”者，“诚于中而形于外”之谓。到混沌时，自然元神复现，而一团氤氲之元气归鼎，此非“形则著”乎？形者，法身三相也，即以此为工夫之证验；“著则明”者，比形著更为进步，身阴退尽，明心见性，而能得“六通”矣。六通得，而大而化之，千百万亿化身，亦可立见，故曰“明则动”也。
“至诚之道，可以前知”，即仙、佛之大作用也。“诚者自诚”，“而道自道”，非由外至，专由吾心所发，格物尽欲，而诚自诚矣；道即己身之道，不向外求，正心诚意在己身，即道即在自身，即道书曰“本来真心，人人具足，个个圆成”、《心经》所谓“不生不灭，不垢不净、不增不减”者是也。“诚者物之终始”，因为物蔽而不诚，物欲去尽，自能诚矣。想未生以前，本无不诚；将心放下，一物无有之时，亦无不诚。即父母未生以前，性在何处？人生既死，性往何方？于此而知性空矣，所以云：“诚者物之终始，不诚无物。”物既尽而返空，空者始也，诚者终也；空者心也，若不诚即无心，无心亦无物，即无真空，亦无万物。今既诚矣，则不但可成己，而且可成物，可以利己普渡。“成己，仁也；成物，知也。性之德也”，性中应有三德。“合内外之道也”，将内外合之于中，亦即丹道之内、外；能合内外大小虚空，是即道也，诚也。合中之道，在“时措之宜”，“时”即活子、活午之谓。孔子称为“时中之圣”，即于时置措合宜，不特进火退符尽得其道，亦能顺时进步，直至末后还虚，皆无过、不及之失，此其所以为“时圣”也。“时”又为防危虑险，道书曰：“火候差之毫厘不结丹”、“时之子，妙在心传；月之圆，存乎口诀”。可见孔子亦讲火候，所以合“时措之宜”也，“过与不及，反乎中庸”。又曰：“君子而时中也。”
欲“至诚”者“无息”，即断口鼻呼吸之谓。口鼻气断，方能成道，阴气有一毫不尽不仙，佛家谓“灭尽定”，灭尽即无息也，此乃大定。道家谓六脉已停而气归根，是真息成立，等于赤子在胎之时矣。此项工夫，在炼气化神之时，《天仙正理论》谓须有试验之法，置鸿毛于口鼻间而不动，方为真无息。必到此无息，方是至诚，方能不死，故曰“不息则久，久则征”。征即征验于外之谓，即出神而见之是也。“始于有作人难见，及至无为众始知。”（见《悟真篇》）方其开始时，作用秘密，而人不见；及至出神，则人皆见之矣。“征则悠远，悠远则博厚，博厚则高明。”悠远者虚也，天地间惟虚空最久，而合德天地之大人，博厚同地，高明同天，悠久同虚空，能生成万物而不死，经亿万年而长存，皆由“至诚”来也。倚数也。从数理推而测之，可以知之矣。道生一，一生二，二生三，即数也；三、五、一，亦数也。由攒簇五行，使变为三，而三家相见，由三归一，一返虚空，而“悠久无疆”矣。倚数从参天两地而来，大人者，“肫肫其仁，渊渊其渊，浩浩其天”。渊渊其渊者，深也，深藏若虚，而与天地之气相通，至大至刚，塞乎天地，不是“聪明圣知达天”，而“明明德”不能也。
下段即诚之工夫。其用功在由小而大，由微而著，由一点而积全。其初人所不见，至六通成，而共见共闻，“黯然日彰”，日积月累而成功矣。《参同契》曰“昏久则昭明”，其初须使识神昏，方能混沌，久久元神出见而昭明。陈泥丸曰：“其始也，求昏不得昏；其继也，求清不得清。”初做工夫时，神先须昏，以灭识神，以知合神，不着相而心静，即昏昏入睡乡矣；一着相即不易睡着，神不易昏。至昏久求清，必须清清凉凉，此工亦不易得。求昏先须虚极静笃，求清即静极生动时也，不静不极不能生动。先应潜在深渊，后于孔中露出光明，故曰“潜虽伏矣（或作焉），亦孔之昭”。（出《诗·小雅·正月》）先归纯坤而成空，其继则复而光明矣，“予怀明德，不大声以色。”（出《诗·大雅·皇矣》）“德輶如毛”（出《诗·大雅·烝民》），“毛犹有伦。上天之载，无声无臭。”（出《诗·大雅·文王》）则至诚而为天仙矣，无声、色、臭、味，直到三十三天，非想非非想天之外而成佛；道家谓之“粉碎虚空，身中八万四毛孔，皆成世界”矣。人生最初，皆为妄意；由妄返诚，而至诚，道在昏其识神，使之混混沌沌。人到睡时即混沌，语曰“日出而作，日入而息”，向晦入息时，即识神休息时也。神昼寄于目，夜藏于肝，肝木好动，开窍在目，目动而生明，引出七情六欲，到夜仍能生梦。元神与识神异，虽亦昼寄于目，而夜则藏于肾也。童体元神，夜藏于肾，肾属水主静，所以小孩神静。能返还童体，亦夜藏于肾矣。肾通于耳，到功进时，则夜藏于耳；再进则昼夜皆藏于耳。见色不色，对境忘情，事事无心，昼夜皆藏于耳，则道成矣。《西游记》孙悟空金箍棒，藏于耳中，即是此意，惟入耳方成道也。观世音菩萨，居南海紫竹林，潮音洞。潮，肾也；音，耳也；紫竹林即个个木林，与“双林”同意。木者，目也，亦意也，而属震，震为雷，元神亦为雷，为火中之木汞，故曰“双林”，亦曰“雷音”，皆金汞在内。东三生木，东三即性，以比木比性，帝出乎震，帝即大人，亦为人性。人生之性，即自己之帝也。修道者皆是东华帝君掌管，东帝管性，亦以此耳。东三为性，南二为神，合之成一五；北一为情，西四为精，合之成一五；中五为意，自成一五，合之为三五，即三五之道也。