七月，斩登莱巡抚孙元化。苏州嘉定人，慷慨好谈兵，以乙科历官宁前兵备道，海氛不靖，以元化知海事，超升为登莱巡抚。大凌河告急，部议调孔有德等率兵防援，孔故毛文龙部将，因文龙之杀，原有二心，至是奉调，往来海岛，几犯飓溺，比改而从陆，不胜怨咨。前队已至吴桥，后队尚滞新城，夺王氏庄仆一鸡，王氏大族，势凌东省，随禀领兵官，必欲正法。领兵官不得已，查夺鸡者，穿箭游行，众大哗，遂杀守庄仆，报知前队，改辕而南。时统兵者，左步两营，则参将孔有德；右步两营，则都司陈有时。东江副总兵毛承禄、登州参将李九成，辽兵三千人，皆插血立誓，拥有德以叛，攻破城邑数处，距登数十里，于马塘扎营。曰为王所逼，非敢反也。元化令参将耿仲明传谕扎营城外教场候抚，教场固有三千营房，援辽将卒家属居焉，欲令移入城出房以舍步兵，城中拒不纳，孔说耿亦反，尚有辽人在城中者，绅民必欲搜戮之，辽人遂开门迎师，登城告陷。时壬申正月初三也。元化始知被绐误事，欲抽刀自刎，为耿仲明救止，逼之具疏言状，已复纵之航海归，以二月抵津就逮，下镇抚司打问，验其自刎非伪，方下部议罪，而上遣侍郎刘宇烈督师，既许招抚，复诱新抚谢琏、知府朱万年并徐翟二内使杀之；事闻，上乃大怒，遂斩元化。当日城破，被祸者有镇臣张可大、乡官张瑶、王象复、举人王与夔，皆以尽节称。山东巡抚余大成，亦以失事逮下狱论戍。
孙、余二抚既被逮后，廷推以徐从治抚山东，谢琏抚登莱，俱同日受事。贼已抵莱州二月，至四月，内薄环攻，不分昼夜，赞画主事张国臣原奉抚议，以出援兵，皆畏贼，主者姑亦听之，以为抚事成则莱围自解，且以援为名耳。三月之初，张国臣遣使入城议抚，从治抗疏言其非，中朝以为不然，而贼攻围益急。四月十六日，架西洋大炮炮击西南城隅，从治方简阅丁壮，指挥出战，左右请少避，从治不可，发语未毕，炮已中颡额，身仆而绝矣。从治既死，莱抚谢又为贼所诱杀，督师刘宇烈逮问下狱，更调榆林各边兵将，用朱大典为巡抚以御之。至八月中，方解围，有德竟自莱入海，破朝鲜，投诚于囗清矣。
上召吏部尚书闵洪学、兵部尚书张凤翼谕曰：吏兵用人根本，近闻选官动借京债，到任便要还债，这债出自何人身上，定是剥民了。怎得有好官肯爱百姓。朕前日费几许推敲，才用卿二人，须革去旧弊，为国家任事。又召左都张延登谕曰：风纪重任，表率诸御史，须是严加考核，不可徇私。又召吏科刘斯球、河南道李日宣谕曰：尔等以言为职，若直言谠论，朕甚乐闻，如何动称言路闭塞，你们议论不管行得行不得，只条陈一本塞责，多为却情面贿赂，成何言官？斯球奏臣等有闻必告，一毫不敢欺皇上。上曰：有闻必告一语，是你心里说出来的，从口里说出来的，你们有一疏，定有一缘故，与疏中所说之事不相关，以后如有把持嘱托行贿的发觉出来，自有祖宗之法在。又谕锦衣卫王世盛清理刑狱，不许瞻徇。又遍谕群臣曰：既做一官，就有一官掌职，件件都该打算，天下方能治平。如何一事不做，专图个名色好听。严谕再三，皆悚然而退。
先是，举朝有疏参论监视宣府太监王坤，坤遂抗疏指修撰陈于泰盗窃科名，希建言之名，为自固之计。席首辅周延儒比昵之势，借端责备，反饰丑状，果否内臣不识一字，有类沈同和之曳白云云，是借于泰上侵首辅也。首辅即自劾求去。不允，廷臣交论不已。左副都王志道，因上「内臣越职、辅臣失职疏」，谓内臣论劾渐广，内则科道六曹，外则方面督抚，又内则卿贰，今则纠辅臣矣。国家设辅臣，官府黜陟，皆其职掌；内臣纠劾侵权，而辅臣不问，骎骎口衔天宪，手持朝纲，而上不问，将焉用彼相哉？奉旨诘责。又召对于平台，谓志道曰：遣用内臣，原非得已，屡旨甚明，昨王坤疏，朕已责其诬妄，乃廷臣举劾，莫不牵引内臣，岂处分各官，皆为内臣耶？志道对曰：王坤直劾辅臣，举朝皇皇，为纪纲法度忧，臣为法度惜，非为诸臣。但疏不能详慎，语多谬误。上曰：在朕前便多谬误，书之史册便不谬误了。国家大计，惟因内臣在镇，不利奸弊，乃借王坤疏要挟朝廷，诚巧佞也。诘责者再。问周延儒曰：志道非专论内臣，实责臣等溺职。上曰：职掌不修沽名立论，何堪宪纪，命削籍去。
给事中陈赞化，论周延儒招权纳贿；游客李元功，借丛威人，延儒常语去辅，李标曰：上先允放余，对还原疏即改留，颇有回天之力。今上羲皇上人也，此是何语？岂徒小人之轻泄乎？又引刑科李世祺为证。世祺亦奏延儒有是言。诏勿问。六月，延儒予告回：始，温体仁将夺其位，太监王坤疏参周。时体仁无一语相助。于是，赞化屡疏，即羲皇上人一语，穷究不已。温知上意已移，凡与周为难者，必阴助之，而助周者皆黜，周遂放归。
乌程挤宜兴去位，宜兴不堪，乃谋召桐城何如宠以压之。桐城疏辞，不允，勉强就道，至中途，复以病坚辞，始蒙俞允。乌程竭力邀首辅之称不可得。甲戌中秋，阁中例有赐馔，大珰传谕，始称首辅。时，乌程方在告，病痊入直，即开首辅之室居之。当宜兴在事，又荐用上饶郑以伟、上海徐光启二人，皆老成宿望也。不久，皆相继告亡。至是，请枚卜，上既点嘉善钱士升，又特用巴县王应熊、香山何吾驺二人。嘉善虽浙人，与诸正君子颇相周旋，唐世济力言于乌程，令收之无为他人用，遂由南礼侍入。巴县亦宜兴所注意，而乌程援以自助者也。命既下，给事中章正宸疏纠，应熊刚愎自用，纵横为习，小才足以覆短，不辨足以济贪，一旦大用，必且芟除异己，驱锄善良，报复恩仇，混淆毁誉，且讹言何所不至，谓是左右为缘，故倚他途以进，将使天下熏心捷足之徒纷驰而起，因自附于阳城裂麻之义。有旨革职逮问。时正宸方以馆职外授，遂着蹇谔之声云。
谕吏部荐举潜修之士，科道不必专出考选，馆员须应先历推知，垂为法。次年，又命改部属为科道。于是，甲戌科以后，遂停考。蔗吉士以行取，俸满推知，考选改翰林编简，人因争趋翰先一途，并不屑就科道，而营谋者益甚。至戊寅年之考，有以相争构难者矣。
夏五月，命司礼监太监张其鉴等赴各仓同提督诸臣，盘验散放。太监张应朝，调南京，与胡承诏协同守备。
谕兵部：流寇蔓延，各路兵将功罪应有监纪，特命太监陈大金、阎思印、谢文举、孙茂林为内中军，会各抚道，分入曹文诏、左良玉诸营。寻复以阎思印同总兵张应昌合剿；汾阳知县贾申鏸，以逼迫苦供亿，投井死。六月，命太监高起潜监视锦宁，张国元监视山西、石塘等路，综核兵饷。命太监魏相监视登岛兵饷。顺天抚按报三河知县刘梦炜自缢死。先是，有解饷银过本县者，被盗劫去五千余两，奉旨责令本县宜赔补，梦炜初任清苦，忧惧无措，遂于私衙自缢。当时，上司委官，入衙相验，行囊萧索，合邑俱为之太息。
刑部奏：会官处决苏有功。有功即毛有功，文龙营将，东降被擒解京，在槛车中饮酒放歌，及旨下处决，其夜自驯象所逃去，究其故，乃解役每夜放出说书，是夜忘收禁也。
癸酉秋决之日，上素服坐建极殿，与诸臣辅相商，极其虚怀。温体仁当国，无所平反，内一人徐兆麟，辽东人，以举人任陕西华阴县知县，到任仅七日，而城陷于贼；上于此颇踌躇，体仁无一言为之救解，遂致之死，人皆冤之。兵部主事贺王盛，论乌程私其乡人，考试官丁进，摘癸酉南闱黄美中后场「奢闾嫫刀、青山绿树」语为关节。青山绿树，出朱子心学诗，人犹易知；奢闾嫫刀巧；荀卿佹诗云，闾〈女耴〉子奢莫之媒也，嫫母刀父是之喜也。大略是善恶颠倒之意。上欲查究此四字，阁中不能对，委之部科，大宗伯李腾芳屡费翻寻，严旨以其不行纠驳，令闲住去，已而，部科其拟省直黜革举人七名，又罚科者数人，各考官俱降调有差。
福建颜茂猷，会试全作五经题，外帘以为异，知贡举林焊为之题请，奉旨念其该博，准录送内帘；主考不知上之属意也，置副榜首，出场后亦具疏请之，上命试，录中列在第一名之前，准与廷试，拔置第二甲第二名，皆异数也。
颜中天启甲子乡试，亦全作五经。监临乔承诏，以其越格，令止。录本经进内，为主考顾锡畴、房祁彪佳所取，其人故博学笃行，为士林推重，登第后，授礼部主事，不久即故，或传其为仙去云。是科场中，皆推易；一房文公震孟所取陈际泰为第一，同考项煜欲令会元出其门，计诱文公，谓渠所取乃杨廷枢也。杨为同乡名士，文遂让之，及拆号乃李青也。项向有项黑之称，一时遂笑传有项黑得李青之号。自待以五经得隽者，又有丁丑揭重熙、癸未冯元扬。
殿试故事，内阁拟策问二条，请上点用其一，鲜所窜改。是科，问知人安民，上更其大半曰：所与共治天下者士夫也。今士习不端，欲速见小，兹欲正士习以复古道，何术而可？敌本属夷，地窄人寡，一旦称兵，而三韩不守，其故何欤？目今三协关宁以及登津等处，各宿重兵，防敌也，敌不灭，兵不可撤，饷不可减，今欲灭敌恢疆，如何作用？且流寇久蔓，钱粮缺额，不体国计，每欲蠲减，民为邦木，朝廷岂不知之，岂不恤之，但欲恤民，更欲饱军，何道可能两济？即屯田盐法，诚生财之源，屡疏条议申饬，不见实效，其故何欤？至于漕粮，为三军续命；马匹为战阵急需；折截挂欠，遂失原额原制，何道可复？今虽东敌强盛，河套有可复之机，边外尽可作之事，但难于囗囗窥伺，朝野匮乏，近降夷既至，作何安插？插套连合，作何间破（？）流贼渐逸郧广，海寇时扰浙闽；剿灭不速，民难未已；兼之水旱频仍，省直多故，作何挽回消弭？又唐、宋曾以武臣为中书令枢密使，文武似不甚分，我太祖曾以直厅为布政，典史为佥都，奈何牢不可破？尔多士留心世务久矣，其逐款条答，无讳。朕将亲览焉。以上皆宸翰亲挥，语意淋漓，求治之殷，具可想见。又故事，读卷官拟上卷十六卷，朱圈句读，进呈御批，定一甲三名。今上命再呈十二卷，无句读者特拔为第一（刘理顺后殉甲申之难）第二（吴国华），而以原拟第二者为第三（杨昌祚），拟第一者为二甲第一（李焻），第三者为二甲第三（陈组绶），御批四卷，皆嘉意造士之睿谟也。
给事中吴家周疏论温体仁杜门两月，入闱典试，不先不后，有私垄断而左右望之迹，臣乃得以朝廷大典问之。夫圣寿呼嵩，元旦辑瑞，体仁独托病不出矣。哈祭太庙，春祀社稷，亦托病不出矣。经筵开讲，所以崇圣学；献俘告庙，所以昭武功；皆托病不出；即皇太子千秋令节，终托病如故；独至入场主试，则褰裳就之；无他，朝贺系臣子恪恭之谊所关，在朝廷取士，有私门桃李之藉，所利在身家也。尤可异者，会场题目，历来与君德政治相关，未有大臣敢妄自称比者。今首题以子产自许，不思郑以衰国残主；有难乎，其拟上；若救民水火之中，尤为不伦；尧舜在上，虽小丑未靖，何至比吾民于殷丧之季？况取残吊伐，亦不宜谈于今日。奉旨以其诋牵诬引，着降调。先是，易一房漆嘉祉首篇，末有不敬不义之臣云云。本房文长州取之，意乌程必见驳，当有一番质辨，及呈卷即批允撤棘，乌程于阁中扬言曰：外人要说我们要进场收门生，今日地位也靠不着门生了。况场中即有人骂我。嘉善曰：场中如何骂得。乌程曰：他文中竟说不敬之臣如何，不义之臣如何，岂不是骂？嘉善曰：如何打发他？乌程曰：本房批伸眉抗手，想见其人，敢不中耶？是科，乌程虽为主考，力行阻抑，榜额每科三百五十名，止取三百，会元多扶入鼎甲，而李青不得入，每科考馆，独是后两不考，至倡议令欲三甲选县佐贰，众以为不可而止。
以总理太监张彝宪，请命天下朝觐官，将会计册亲赍投送，查其完欠，以为殿最，仍照见部堂体行礼。礼部郎中衰继咸，已升山西提学，将出京上疏言：士有廉耻，然后有风格；有气节，然后有事功；如总理内臣，有觐官赍册之令，皇上从之，时以剔厘奸弊，非欲群臣屈膝也，乃上命一出，靡然从风，藩臬守令，参谒屏息，得免呼责为幸。
嗟乎！一人辑瑞，万国朝宗，诸臣未觐天子之光，先拜内臣之座，尚得有廉耻乎？逆珰方张，义子干儿，昏夜拜伏，自以为羞。今且白昼公庭，恬不知怪，国家自有觐典，二百余年，未有此事，此可太息也。上以越职言事责之。彝宪亦疏言：觐官参谒，乃尊朝廷。继咸复上疏言：尊朝廷，自有典例。知府见藩臬，行属礼，典例也。见内臣，而行属礼，亦典例乎？诸司至京，投册吏部，典例也。先谒内臣亦典例乎？事本典例，虽坐罪犹可为安；事创彝宪，即长揖祗增其辱。高帝立法，内臣不得与外事。若必以内臣绳外臣，此会典所不载。上切责之。时有大同知府蔡屏周，持册投送，独长揖而退。内臣呼而语之曰：此朝廷命，谁敢抗。蔡答曰：朝廷止命查钱粮，不命查体统。彝宪默然。蔡亦不顾。后借他事参处，公论不平，随有以大府荐者。上亦不允而罢。夫天下之为守令者多矣，抗节不屈，止蔡一人，且又出于乙榜，其丰骨挺出，真超出寻常矣。