继马丁·路德宗教改革之后，瑞士又出现了一位著名的宗教改革的领袖。他的名字叫约翰·加尔文，是基督教新教中一个主要派别的创始人。这个派别就以他的名字命名，叫作加尔文教。因为他常住在日内瓦，所以人们又称他为“日内瓦的教皇”。
加尔文于1509年生于法国北部一个主教秘书的家庭。他的父亲希望他成为一个法律家，所以叫他进当时闻名的布尔日大学攻读法律。
在大学里，加尔文除了法律以外也研究哲学，这样就与人文主义者接近起来，同时受到了路德教思想的影响。大学毕业后，他一面从事教学和文学活动，一面跟法国的新教团体保持密切联系。
当时，法国正在和德国打仗。法国国王为了取得德国信仰新教的诸侯支持，所以容忍路德教在法国传播。但是，法国在战争中一再失利，而德国信新教的诸侯又迟迟不支持法国。法国国王恼羞成怒，于1534年起大规模迫害新教徒。这样，加尔文就流亡国外，先是逃到德国，后来又来到瑞士的巴塞尔。
这时候的瑞士，名义上隶属于神圣罗马帝国，实际上却是许多独立州的联盟。许多城市邻近南欧与北欧之间的商路，工商业发达，享有充分的自治权，并且设有比较民主的市议会。加上城市市民反对天主教会和封建势力对他们的约束，所以宗教改革成为他们进行政治斗争的表现形式。
早在加尔文来到瑞士以前，苏黎世一位名叫茨温利的神父，就已经领导东北各州进行宗教改革。他不认罗马教廷权威，反对出售赎罪券，主张教士可以结婚，要求解散修道院并没收其财产；还提倡废除忏悔仪式、禁止礼拜圣像、牧师由教徒民主选举等等。这些宗教主张有利于新兴资产阶级，因此得到了市议会的支持。但是，信奉天主教的贵族却竭力反对。茨温利想用武力推行新教，结果引起内战，他自己在1531年的一次战役中阵亡。所以加尔文来到瑞士的时候，天主教和新教正在进行着激烈的斗争，而且新教已经失去了自己的领袖。
加尔文到了巴塞尔以后，一门心思地研究宗教改革，并于1536年发表《基督教原理》，对新教的原理作了系统的论述。
这部著作一发表，就在瑞士引起了轰动。新教徒们到处在议论着：“你读过《基督教原理》吗？它说的道理比路德的75条论纲还要透彻！”
“是啊，我觉得它说得最透彻的，就是上帝从创世以来，把人们分为遴（lín）选出来的人和应当抛弃的人。有些人发财致富，并不是由于他们的剥削和欺诈，而是因为他们是上帝早就遴选出来的人；至于那些贫穷困苦的人，本来就应该服从上帝不要抗拒的意旨！”
“他为什么主张取缔演戏和赌博呢？这样生活不是太单调了吗？”
“哦，这恰恰是一个人应有的美德。人应该过节俭的生活，奢侈浪费、喜爱游乐会使人贫穷、懒惰，这是最要不得的。所以他反对施舍，憎恶乞丐。”
非常明显，加尔文的这些宗教思想，反映了资本主义产生初期，新兴资产阶级分子对金钱势力的崇拜、吝啬的本性和渴望发财的欲望。
就在加尔文出版《基督教原理》那一年，他来到了瑞士宗教改革中心之一的日内瓦。
当时，日内瓦已经按照茨温利的主张实行了宗教改革：废除了望弥撒、拜圣像、售赎罪券，还改进了礼拜仪式和教会组织。但是，天主教和新教的斗争仍很激烈，他们时常进行宗教辩论。在辩论会上，比加尔文宗教主张更激进的再洗礼派占有优势。他们组织城市平民起事，破坏天主教的教堂和修道院。市政当局怕闹出大事，便禁止开宗教辩论会；后来又开始迫害再洗礼派，残酷镇压平民运动。这就殃及到加尔文的教派，加尔文不得不逃离日内瓦。但是，后来宗教改革派还是占了上风。1541年，加尔文应日内瓦市政当局的邀请，重新返回日内瓦，领导那里的宗教改革。
加尔文做的第一件事，是对教会组织进行重大改革，说教会是“上帝遴选出来的人”的组织，它就不隶属于罗马教皇，也不隶属于地方诸侯。教职都是选举产生的。由教徒中选出长老和牧师管理教会，长老一般都是最有钱的市民。信加尔文教的各个组织单位，实行宗教和政治合一，共同结成联盟，由定期召开的高级宗教会议领导。
这样一来，日内瓦事实上成为一个宗教和政治合一的神权共和国了。城市里的每一个公民，都同时受到国家法律和宗教纪律的约束。教会人员什么都管：禁止跳舞、游戏、歌唱，甚至不许穿漂亮的衣服。凡是违反规定以及懒惰、贪吃的，都要交付法院审判，加以处罚。
从此，加尔文成为日内瓦至高无上的主宰，城市里的教会和行政当局完全拜倒在他的权威之下。难怪日内瓦变成了新教的罗马，而加尔文被称为“日内瓦的教皇”。
加尔文虽然是新教中一个派别的创始人，可是他把新教中的其他派别都当作“异端”，同天主教一样不加宽容。他尤其仇视激进的再洗礼派，信奉它的教徒，不是被赶出日内瓦，就是被判处死刑。
1553年，西班牙的著名科学家米凯尔·塞尔维特偶然来到日内瓦。这位科学家发现了心脏与肺部之间的血液小循环，在当时非常有声望。加尔文因为塞尔维特曾经在书中批评过他的教义，并且与再洗礼派有联系，因而把这位科学家加以逮捕，并处以死刑。这次暴行招致知识界的普遍不满，加尔文不得不发表一篇特别的论文为自己辩解。
加尔文教会的组织形式比较有利于资产阶级的统治。所以，在资本主义经济比较发达、新兴资产阶级已经开始夺取政权的国家里，加尔文教得到特别广泛的传播。16世纪的尼德兰资产阶级革命，就是在加尔文教的旗帜下完成的。
日内瓦宗教改革以后，英国也进行了宗教改革，他们的宗教组织称为“圣公会”。圣公会是政教合一的组织，英国的国王就是宗教的领袖。
从此，基督教就有了三大派别：直接隶属于罗马教皇的，叫“天主教”；原东罗马帝国系统的，叫“东正教”；马丁·路德、加尔文、圣公会以及其他宗教改革的派别，统称“新教”，“新教”在中国称为“耶稣教”，亦可泛称为基督教。