在此期间，鉴于U-2和SR-71上不太理想的隐身效果，臭鼬工厂一直致力于能降低雷达可探测性方法的研究。1974年后期，臭鼬工厂自筹资金，研究编写了一个能够精确计算和预测多面体飞机RCS的计算机实用程序，即有名的Echol程序。为了验证这一方法，臭鼬工厂还制造了一个简单的飞机模型，用于电磁试验，并最终取得令人满意的结果。这一技术为后来隐身技术的发展起到了非常重要的作用。
后来，美国国防部国防预先研究计划局（Defence Advanced Research Projects Agency，DARPA）提出了一个名为“哈维”（Harvey）的隐身技术研究项目，并邀请了诺斯罗普·格鲁门、通用等5家美国公司参与竞标。事有凑巧，同当初的U-2项目一样，洛克希德的臭鼬工厂再次未被邀请，原因是该公司缺乏现代战斗机的设计经验。虽然如此，向来自信大胆的臭鼬工厂主动向DARPA提出了一个设计方案，同时介绍了他们在SR-71侦察机上积累的相关经验。最后，臭鼬工厂凭借其实力，特别是在隐身技术上取得的进步，终于挤进了“哈维”项目。在后来DARPA提出的隐身技术验证机（Experimental Stealth Technology，XST，即 F-117A 验证机）研制计划竞标当中，臭鼬工厂再次击败对手，赢得了合同，该项目即为著名的“海夫蓝”（Have Blue）。秉承一贯的工作作风，臭鼬工厂最后仅花了20个月就研制生产出一架全新的低可探测性的“海夫蓝”。虽然该项目既无美国空军序列编号，也无国防部编号，但它却给面临破产的洛克希德公司带来了转机。当然，这主要得益于臭鼬工厂在此项目上所做的努力。
1978年，臭鼬工厂成功验证“海夫蓝”隐身技术之后，立马提出了以“海夫蓝”为蓝本的隐身战斗机方案，并很快得到了美国空军签署的该项目发展研制合同，著名的“夜鹰”F-117A飞机就此诞生。F-117A是“海夫蓝”的放大型，为了达到隐形的目的，臭鼬工厂采取了多种措施以使F-117A成为一架具有较好隐身性能的战斗机。确切地说，出自臭鼬工厂之手的F-117A是美国乃至世界上第一款完全以隐身技术设计的飞机，其问世具有划时代的意义，开创了全新的空中作战模式。F-117A是美国空军的“王牌”，也是臭鼬工厂的“王牌”，它承载了臭鼬工厂的辉煌。
到了20世纪80年代初期，美国空军提出了研制作为F-15后继机型的先进战术战斗机（Advanced Tactical Fighter，ATF）项目。当洛克希德公司、波音公司和通用动力公司联合研制小组的方案中标后，作为洛克希德公司得力研发部门的臭鼬工厂也参与到该项目当中，并承担了前机身制造和总装等重量级的任务。该项目原型机编号为YF-22，是现今唯一投入使用的第四代重型隐身战斗机F-22“猛禽”的前身。在设计上具备超声速巡航（不开加力）、超视距作战、高机动性、雷达与红外隐身等先进特性。当然，这些优良特性的实现离不开臭鼬工厂所做的贡献。
2006年，由洛克希德·马丁公司和其他1000家公司组成的“猛禽”研发团队，连同美国空军，获得了科利尔奖。
从20世纪50年代中期的U-2飞机设计开始，到70年代的隐身飞机F-117A，再到80年代后期的第四代战斗机F-22，臭鼬工厂在研制和生产飞机，特别是隐身飞机方面走出了一条成功的道路。这一时期的作品件件都称得上传奇之作，书写了臭鼬工厂历史上最辉煌的一页。
1.6 臭鼬工厂的调整
20世纪90年代～21世纪初，臭鼬工厂处于一个多变的时期。这一时期，臭鼬工厂更换了多任总裁，经历了总部迁址、机构重组、洛克希德公司与马丁公司合并、洛克希德·马丁公司改组以及商标风波等多次调整。然而，在这种不稳定的状态下，臭鼬工厂仍然不辱使命，取得了 JSF X-35 等项目的伟大成功。
1.6.1 机构调整
1990年5月，洛克希德公司总裁丹·特尔普宣布，将臭鼬工厂改组为一个独立的公司——洛克希德预先研究发展公司（Lockheed Advanced Development Company，LADC）。1991 年 1 月，臭鼬工厂正式成为一个财务上独立的公司。当时的臭鼬工厂总裁谢尔曼·穆宁说：“我们不再是1943～1990年期间的那个公司中的公司了……”对此，洛克希德公司总裁特尔普也公开表示，洛克希德公司将全力支持臭鼬工厂未来发展的需求，并期待改组后的臭鼬工厂能在飞机研制上取得更加革命性的突破。
同样是在1990年，洛克希德公司决定，将臭鼬工厂总部由伯班克迁至位于加利福尼亚州西南方靠近爱德华兹空军基地的帕姆戴尔，所有的工程制造设备和工作人员都全部迁移。如此一来，臭鼬工厂拥有了当时世界顶级水平的飞机研制设施，其中包括：总部和工程办公室所在的10号厂房、U-2改型和试飞的2号场所、F-117A改型和试飞的7号场所等，为帕姆戴尔臭鼬工厂竖有U-2和F-177A飞机的一角。有了先进的设施，再加上臭鼬工厂工程师们杰出的设计能力，那时世界上没有哪家航空公司像臭鼬工厂一样具有“全套服务”的能力，也就是研究和开发、预先研究设计、原型机制造和发展、低成本制造、改型和后勤保障的综合能力。
1992年12月，臭鼬工厂（当时是LADC）在帕姆戴尔举行了盛大的庆典，庆祝臭鼬工厂成立50年以来的首次搬迁。总裁谢尔曼·穆宁表示，“从伯班克到帕姆戴尔这一转变将成为臭鼬工厂的一个转折点。因为臭鼬工厂重视成本效益，所以能在世界航空领域占据领先地位。对成本效益的重视将会使工厂更具竞争力，并能赢得更多的合同。”臭鼬工厂总部搬到帕姆戴尔后，规模得以壮大，不管是工厂占地面积，还是员工数量，都有了明显的增加。
1995年，世界两大航空公司——洛克希德公司与马丁·玛丽埃塔公司合并，成立了洛克希德·马丁公司。新公司成立后，臭鼬工厂仍然作为一个独立公司而存在，此时其名称变成了洛克希德·马丁预先研究发展项目部（Lockheed Martin Advanced Development Company，LMADC）。同时，“臭鼬工厂”也从一个昵称变成了预先研究发展项目部的官方名称。这两大公司的合并使臭鼬工厂有了更加广泛的知名度。臭鼬工厂是洛克希德·马丁航空系统部（位于马里兰州贝塞斯达市）3个子公司中的一家，另外两个公司是洛克希德·马丁战术飞机系统公司和洛克希德·马丁航空系统公司，分别位于得克萨斯州的福特沃斯和乔治亚州的玛丽埃塔。
2000年1月28日，洛克希德·马丁公司宣布进行大规模的机构调整，本次调整是对公司过去一年效益不佳和持续存在问题的反应。改组后，保留位于加利福尼亚州的臭鼬工厂原址，并继续从事预先研究发展工作。同属洛克希德·马丁航空系统部的得克萨斯州福特沃斯工厂和乔治亚州玛丽埃塔工厂则致力于飞机的生产和装配。然而，由于结构重组，臭鼬工厂和臭鼬的标识将不得不撤销。2000年2月9日，加利福尼亚州安特洛普谷地媒体针对这一事件发表了名为“洛克希德·马丁要放弃臭鼬工厂？”的头条新闻。臭鼬标识和臭鼬工厂的名字岌岌可危，由首任总裁凯利·约翰逊制定的14条著名原则也从帕姆戴尔总部的墙上拆除。臭鼬工厂将从一个独立的部门转型为新成立的总部位于得克萨斯州福特沃斯的洛克希德·马丁公司下属的预先研究发展项目部。
洛克希德·马丁公司则表示，臭鼬工厂是一个注册商标，洛克希德·马丁公司尚未最终决定是否给帕姆戴尔的分公司使用这一名字。不久后，洛克希德·马丁公司位于福特沃斯的总部签署了一项备忘录，强调“弱化”臭鼬标志，“突出”洛克希德·马丁公司的五星标志。五星标志放置在顶部替代臭鼬标志，后者将被放在右下角。这意味着臭鼬标志已经正式撤出，包括从部门的徽章到员工的工牌。得知这一消息后，很多员工随即将臭鼬标志的贴纸贴在工牌的正反两面以示抗议。2000年秋天，“臭鼬”的标志从帕姆戴尔公司的官方网站上消失，与此同时，臭鼬工厂的工程设计大楼上印上了洛克希德·马丁公司的大五星标志，而且将“www.skunkworks.net”的超链接重新定位到了洛克希德·马丁公司的网址。
其实，洛克希德·马丁公司就如何使用“臭鼬”标志也很头疼。臭鼬标志和臭鼬工厂都是公司传奇的组成部分，从某些方面来说也是他们所赖以生存的部分。同时，洛克希德·马丁公司的客户们也希望延续凯利·约翰逊、本·里奇等的传统，他们在过去几十年里铸就了臭鼬工厂的辉煌。因此，洛克希德·马丁公司强调，位于帕姆戴尔的预先研究发展项目部将致力于为洛克希德·马丁航空系统部提供更强大的研发能力，并立足于整个公司新业务的最前沿。2000年下半年，被“禁用”的“臭鼬”和臭鼬工厂的标志和“预先研究发展项目部之家”（Home of ADP）的题词也一同出现。在许多观察家看来，这代表着一种信号。2001年2月2日，安特洛普谷地媒体报道：“臭鼬归来！”
1.6.2 调整中前行
面对调整和变故，臭鼬工厂仍然不忘使命，继承传统，始终致力于洛克希德·马丁公司的预先研究发展工作，并在多个项目中发挥了重要作用。
1993年，美国国防部提出要研制一种多用途、低成本的JSF。1996年11月，由臭鼬工厂参与的洛克希德·马丁公司的X-35和波音公司的X-32被选为JSF计划演示验证阶段的验证机。在此后的制造、装配以及试飞当中，臭鼬工厂都发挥了至关重要的作用，这也是X-35最终取得成功的主要因素之一。
此外，臭鼬工厂还参与了美国国家航空航天局（National Aeronautics and Space Administration，NASA）于 1995 年 3 月启动的新一代航天运载器X-33研究项目，并负责研发和硬件制造等工作。臭鼬工厂特有的快速研发能力，使得X-33进展迅速。但是由于技术问题导致了计划延期和超支，该项目被迫在2001年初取消。尽管X-33项目失败了，但是它包含了可以应用到单级入轨飞行各个方面的技术，至少在尝试朝实用化航天运输迈进时，知道什么该做什么不该做。20世纪90年代，臭鼬工厂还研制一种名叫“暗星”的隐身无人机，并成功完成试飞，但最终国防部以削减经费为由，将该项目取消。