那管家来到众人跟前下了马，再次高举令箭喝叫郝永忠听令，众人自然都认得督师令箭，一阵短暂的骚动后，一个小头目标模样的人上前回话，说是郝将军不在此处，管家厉声高叫道：“督师有令，众军一律不得抢劫公私财物，掳掠人口，凡有抢劫掳掠者，即刻归还释放，违令不听者，无论官职，杀无赦！”
众军士一时没有了主张，呆在了当场，那小头目要管家稍等，然后一溜烟去了。无片时，那郝摇旗带着十来个手下骑马来到了现场，管家将刚才的话再次重复了一遍，郝摇箍见那管家拿的果真是何腾蛟督师令箭，自然不敢怠慢，先下马来假惺惺地将瞿公抚慰了一番，说是自己治军不力，以至出现了这番局面，下来一定严查严处，然后喝令众军士放人，至于财物，一时也不好细查，便当即胡乱拼凑了数十两银子给瞿公，然后带着众人离开了。
郝摇旗深怕何腾蛟真的来了桂林，不敢与之见面，迅速集合拢部下，匆匆离开了桂林。
皇上和郝摇旗离开桂林后，瞿式耜即刻着手布防，以图强撑，虽然打退了敌人的数次攻城，然而形势却没有丝毫扭转，反而愈来愈危险，正在十万火急之际，适逢原明叛将金声桓、李成栋先后率部反正，打出了“反清归明”的旗号，并先后在江西和广东向清军发起了猛攻，迫使清廷不得不将主要兵力抽调回去对付二人，桂林方才解了燃眉之急。然而好景不长，当清军很快镇压了金、李二人的起义后，定南王孔有德再次挥师广西。当瞿式耜正在竭力筹措粮饷，准备积极迎战之际，不料桂林城中以及周边守将及其大小官员一个个先后望风而逃，所带部队全部用来保护自己的家属逃窜，瞿公见状气得捶胸顿足道：“朝廷用厚禄供你们，百姓用膏血养你们，难道就是为了今天的逃窜吗？”
当孔有德前锋逼近桂林时，城中再也无可用之兵。瞿公绝望之中，早已下了与桂林城共存亡的决心，所以见状倒也并不惊惶，从容将家属作了妥善安排，将邵夫人和冷霜飞一家安置在城外乡下的冷霜飞母亲娘家，然后不顾家人的劝阻，毅然只身返回桂林，独坐署衙饮酒吟诗。却有那门生兼好友张同敞，本是万历年间名相张居正之孙，其时任职广西总督，于黄昏时自灵川来，隔江望见城中光景，估计已为空城。同敞深知瞿公为人，知其必会留守城中不去，于是自漓江东岸泅水入城，赶至留守衙门，果见老师在此，便对他说道，“形势这么危急，老师为甚么还不走？”瞿公答道：“我是本城留守，城存与存，城亡与亡，今为国家而死，倒也死得其所。”然后反问同敞道：“你又不是留守，没有守城任务，却又跑到这里来做甚么？你还是赶快走吧！”同敞大笑道：“要死就让我和你一起死吧，黄泉路上也好有个伴，古人都以独自做君子为耻，莫非先生就不容我和你一同共赴国难么？”言罢就在旁边的椅子上坐了下来，瞿公亦笑道：“那好，为师今天成全你好了！”说罢给同敞斟满酒，二人各自饮了一大杯。然后方慢慢地煮酒论诗，从容熬过那漫漫长夜。东方渐渐发白，清军已经占领了桂林各个城门，一队清军冲进署衙，见到二人便要上前捆绑，瞿公平静地对他们说道：“用不住这么费事，我们不怕死，要逃早就逃了，既然已在这里等了一夜，就不用捆绑了。”说罢和张同敞从容地随清兵走出了署衙。
二人被押至清营见孔有德，孔有德倒是恭敬有加，对二人拱手施礼道：“你们二人谁是瞿阁部先生？”
瞿公昂然道：“只我便是，你要杀便杀，何必多问！”
孔有德依然温和道：“先生不必视本王为仇寇，昔日崇祯皇帝殉难，本部这是协助大清国为明复仇，葬祭成礼，天意可知。本王早就闻得先生大名，你不如且随本王去，我掌兵马，先生掌粮饷，共同为大清效力，如何？”瞿公冷笑道：“本阁是大明忠臣，你却是个甚么东西，焉肯与你共职？”
孔有德依然耐着性子道：“其实本王也是名门之后，昔年孔圣人实乃吾先祖，只为时势所迫，才不得不如此的，有道是‘识时务者为俊杰’，先生也不可太过固执，”
此时站在一旁的张同敞呵呵大笑道：“你这厮原本不过是毛文龙家走狗，专事递手本、倒夜壶，如今却又助纣为虐，残害同胞，竟然还敢冒称先圣后裔，岂还是平白玷污了孔姓一脉？”
那孔有德并不认识张同敞，此时闻言大怒，奋然上前打同敞耳光，并喝令同敞跪下，同敞昂然不跪，口中兀自大骂不已，左右见状，上前用刀背和枪杆一阵乱打，同敞顷刻间便被打瞎了一只眼睛，打折了一条臂膀，一时间血流满面。瞿公见状悲愤难已，挺身上前用身体遮挡同敞，同时厉声高叫道：“这位是总督张同敞，也是国家大臣，也和本阁一样早已抱定了为国捐躯的决心，你们要杀要剐，请给我们个痛快，让我们死在一起，岂可如此野蛮无礼？”
孔有德闻言，方止着了手下，复对二人说道：“本王刚才领教了你们的忠烈，实在是不忍心杀了你们，不过你们这又是何苦呢？不如今日降了大清，来日封王拜爵不是问题，也和本王一样同享荣耀，岂不好么？还请二位三思。”
瞿公正色道：“你原本身为明将，既不能尽忠本朝，又不能自起逐鹿，为虎作伥，却还自夸荣耀，本阁都为你感到羞耻。本阁累爱国恩，位至三公，值此国难当头，自当为国殚精竭虑，驱除异族，扫清中原，今既大志不遂，落于你等之手，本阁自感有负国恩，虽死已晚，岂可厚颜乞命？你若真有体恤之心，就请给我们一个痛快死法，也算是成全我们了。”
孔有德闻言，知道二人一时不会屈服，便将之移诸别室软禁起来，每日好酒好饭相供，还请医者为张同敞治伤，同时轮番派遣说客向二人劝降，二人却全然不理，只以诗词唱和作为消遣。就这样过了月余，瞿公见求死不能，惟恐讹言流传，毁了自己声誉，便写了几道连络诸将的檄文置于案头，故意让清兵搜去献给孔有德。孔有德怕夜长梦多，只得下令将二人处斩。
行刑那天，孔有德命人将二人牵至独秀峰前，瞿公道：“本人生平最爱山水，能得以死在这里，余愿足矣！”言罢正了正衣冠，南面朝拜已罢，和张同敞一道引颈就戮。不料二人受刑时却怪事迭起，本来张同敞刑前一直在高呼“大明”，第三声刚叫得一声“大”，刽子手刀已落下，头颅落地，尚还清晰地叫出了那一声“明”，尸身却直立不仆。而那头颅“明”声刚落，却又猛地跃起，一口咬着了孔有德裤腿，孔有德连甩几下都未甩脱，众人正在惊诧之余，空中突然响起三声霹雳，并隐隐传来一片铁索之声，孔有德大惊之下，连忙伏地请罪，表示愿意保全二人家属和后人，并为二人立双忠庙祭奠，同敞尸身方才倒下，头颅亦复坠地。
瞿式耜就义后，冷霜飞和邵夫人悄悄去二公坟前祭拜过几次，孔有德本已侦知了二人身份和行踪，却也并没有为难她们，却不料郝摇旗那厮一直未对冷霜飞死心，忽一日带着数十手下，也不知从哪里拱将出来，乔装窜至桂林乡下冷霜飞外公家，再次强行将冷霜飞掳走，并称霜飞若是不从，将血洗外公全家。霜飞为保外公一家和邵夫人性命，只得作了屈从。
郝摇旗带着冷霜飞和自己的一些残部，辗转来到川中嘉定府，稍作盘踞，即被明叛将武大定驱逐，部众被杀得七零八落，好不容易逃得性命后不知所踪，冷霜飞便又落到了武大定手中，那武大定要强纳霜飞作小，霜飞深鄙大定为人，宁死也不肯相从，武大定虽然为人毒辣刻薄，在强行夺去霜飞身子后却也不忍加害，便给了霜飞一笔钱让她自行谋生，只是不许离开嘉州，霜飞几次逃走都被抓了回来，一时又没有更多求生技能，便只得在城里盘下这间青楼，当起了鸨母。后值孙可望率部联明抗清，派刘文秀进军四川，在嘉定府将武大定杀得一败涂地，文秀在接管嘉州后得知了冷霜飞的身世，文秀本深感瞿公忠烈，便对冷霜飞尊敬有加，并一再表示得便时会将她带回桂林和家人团聚，这让冷霜飞心中燃起了无限的希望。不想文秀却在保宁铩羽而去，嘉定府又重新落到了清人手中，冷霜飞一时悲愤绝望，便借助琵琶排遣心中惆怅，不料却将少卿引到了这里。