不光是传说中的神奇宝贝，还有另外一群人也开始行动了，他们开始朝关东地区进发。
“恭平，这一次一定要将卡俄斯的人击败！”
“这是当然的，阿相。”
两名少年从合众地区出发坐船前往了关东地区，在他们的身后则是一名有着双马尾的少女，她名叫芽衣。
“听说卡俄斯的那群人是为了抓捕一只豪火猴，为什么一定要抓它？”
“等过去了就知道他们的目的了。”
在另一艘船上，一男一女望着站在自己面前的少年露出一丝笑意。
“切连，你不呆在桧扇道馆这样可以吗？”
“透也，你要知道，出现了这么大的事，我怎么可能会继续呆在道馆之中。”
一旁的透子正望着大海不知在想什么。
各大电视台相继报道了关于传说神奇宝贝现身的事，而且一致发现它们的方向正是关东地区的彩虹市。
火箭队和神奇宝贝联盟也开始行动了，另外，呆在大木研究所的盖诺赛克特、达克莱伊和美洛耶塔也纷纷离开研究所朝彩虹市而去。
与此同时，在灵悦等人的面前则是一名身穿黑色衣服的少年，无印在看到他后顿时想要逃跑，结果这一幕正好被对方给发现了。
“你想逃到哪里去？”
“哈哈，瞧你说的，我怎么会逃呢..。”
无印花还没有说那名少年就一个箭步来到了他的面前。
“父亲已经知道了炫的事，他让你写一份报告交给他。”
“我知道了，小银哥哥。”
原来这名少年正是坂木的亲生儿子小银，也是无印名义上的哥哥，无印每次见到他心中都会一阵发虚。
而就在这时，阿金也跑了过来，小银看到他后说他太慢了，阿金只是笑了笑，小赤也跑了过来。
在发现火箭队的人居然越来越多后，他立即派出了妙蛙花准备战斗，但令他惊讶的是火箭队的人居然直接将他给无视了，依旧抬着各种各样的设备朝市内走去，不仅如此，就连和他们一向十分不和的神奇宝贝联盟居然在这一刻不计前嫌的和火箭队联起了手。
原本呆在市内的训练家们现在也是稀里糊涂的跟在神奇宝贝联盟的身后，他们根本不知道到底发生了什么事，也就在这时，一声嚎叫突然传入每个人的耳中，紧接着是另一声吼叫。
“这个声音..。时帕鲁奇亚和迪奥鲁加！”
非乐的话音刚落天空就突然出现了剧烈的爆炸，当众人抬起头时发现一粉一蓝两只巨大的神奇宝贝正在相互对持，只是还不到一分钟，二者便再度打了起来，不仅如此，灵悦发现基拉帝纳此时正在和一只绿色的神奇宝贝对战。
“那是裂空座！没想到连它都来了，在它的身后是代欧奇希斯？”
阿金十分惊讶的说道，突然，一道雷光闪过，只见传说神奇宝贝雷皇出现在了众人的面前，它朝着灵悦怒吼了起来，接着朝她猛扑而去，众人见状脸色都是纷纷大变，但就在这时，一道带着烈焰的影子突然冲出来并将雷皇撞了出去。
“那是..炎帝！？”
刚好赶到这里的小蓝惊呼了起来，但她还没有缓过神来，只见一到蓝色的身影突然从她面前掠过，然后和另一只神奇宝贝打了起来。
“骗人的吧，居然是水君和雷吉艾斯！”
沙菲亚来到小蓝的身边一脸难以置信的望着不远处正激烈战斗着的两只神奇宝贝，当路比跑到她的身边之时，代欧奇希斯则和拉迪亚斯以及拉迪奥斯展开了激烈的空战，这一幕同样也被跑过来的戴亚蒙德看到了。
而赶到彩虹市的该盖诺赛克特、达克莱伊和美洛耶塔则被龙卷云、雷电云和土地云拦住了去路，随即展开了交战。
此时在大海上出现了两个巨大的身影，它们在试探性的朝对方发动了一次进攻之后就没有再动手而是相互对持了起来。
“各位电视机前的观众，现在出现在我们面前的正是传说中的神奇宝贝海皇牙和洛基亚，它们的攻击非常强悍，这里是罗玛电视台记者，我们将会为您全程转播。”
在距离彩虹市不到两公里的地方，出现了古拉顿以及雷吉奇卡斯的身影，当它们朝对方发动进攻的那一瞬间，大地都感觉要被掀翻了。
为了对付水君，雷吉洛克和雷吉斯奇鲁也一并加入了进来，它们以及雷吉艾斯一起对水君展开了激烈的包围战，突然，一把能量利剑猛挥而来，将雷吉洛克、雷吉斯奇鲁和雷吉艾斯击退的那一瞬间，在水君的面前出现了四只神奇宝贝。
“那是勾帕路翁、代拉基翁、毕力吉翁和凯路迪欧！！！”
一些认出来的训练家立即指着那四只神奇宝贝惊呼道，不过，凯路迪欧正准备向雷吉艾斯发动进攻的时候一声怒吼突然传了过来，紧接着只见勾帕路翁、代拉基翁和毕力吉翁的脸色都纷纷猛然大变。
在众人的仰望下，酋雷姆进入到了他们的视线之中，与此同时，天空中，裂空座和基拉帝纳的战斗还没有结束，一黑一白两只神奇宝贝就突然闯入到了其中，白色的神奇宝贝是来帮助裂空座的，而黑色的神奇宝贝则是来协助基拉帝纳的。
“是赛克罗姆和雷希拉姆！”
烈焰和雷光不断在天空中划过，剧烈的爆炸和轰鸣的声响让人们心惊胆颤，比克提尼和雪米这两只十分可爱的神奇宝贝现在居然如同生死仇敌一般不断地向对方发动着攻击。
没过多久超梦出现了，就在众人惊呼的时候梦幻也相继现身，超梦望着梦幻，后者也在盯着它，双方谁都没有率先动手，只是静静的在观察的对方。
当达克莱伊将雷电云的攻击躲开的时候却突然遭到了克雷色利亚的攻击，而雷电云更是趁机朝达克莱伊打了过去。
当雷电云的攻击即将落到达克莱伊的身上之时一道闪电突然划破天空，雷电云抬起头望去，只见闪电鸟正如同君王一般俯视着它。
龙卷云和土地云也遇到了同样的事，攻击了它们的正是火焰鸟和急冻鸟。
在大海之上，洛基亚和海皇牙的战斗越演越烈，不仅如此，就连霏欧娜和玛娜霏也参与了进来，而在古拉顿和雷吉奇卡斯战斗的地方出现了雪拉比和基拉祈，阿尔宙斯因为之前将生命宝玉交给了灵悦的原因现在已经陷入到了沉睡之中。
由克希、艾姆利多和亚克诺姆被席多蓝恩给盯上了，美洛耶塔变身为舞步形态跑过去帮助它们对抗席多蓝恩。
盖诺赛克特这时盯上了超梦，它转变为神速形态后立即朝着超梦冲了过去，后者见状立即甩开梦幻然后攻向了盖诺赛克特。
就在梦幻想要再去对付超梦的时候凤王出现了，梦幻见状二话不说立即也变化为了凤王，一时间两只凤王在天空中展开了激战。
哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔和桀迦德、波尔凯尼奥以及蒂安希和阿尔宙斯还有胡巴并没有出现在彩虹市，否则估计场面会更加地混乱，现在全世界都已经将目光投向了彩虹市，不管结局会如何，这一战定会千古留存，万世相传下去。
兵对兵将对将，在传说神奇宝贝相互激战的时候神奇宝贝联盟以及火箭队所组成的联合军和卡俄斯的附属组织弥赛亚发动了进攻，整个彩虹市都被卷入到了战争的漩涡当中，弥赛亚的人实在是太多了，使得那些训练家们也纷纷加入战局，而灵悦等人此刻发现了卡俄斯的成员，他们偷偷跟在那些人的身后，尤其是灵悦，她发誓一定不会让对方的阴谋的得逞，不管怎样她都会全力保护豪火猴。